seq1 = pF1KE1122.tfa, 1299 bp
seq2 = pF1KE1122/gi568815597f_155224895.tfa (gi568815597f:155224895_155430568), 205674 bp

>pF1KE1122 1299
>gi568815597f:155224895_155430568 (Chr1)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-126  (100208-100284)   100% ->
127-301  (100422-100596)   100% ->
302-407  (100673-100778)   100% ->
408-454  (100970-101016)   100% ->
455-1007  (101686-102238)   100% ->
1008-1133  (103256-103381)   100% ->
1134-1299  (105509-105674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGAAGCCCAGAGTGGGACTGGTCAGCTGCAGGAGCAGAAGAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGGCAGAAGCCCAGAGTGGGACTGGTCAGCTGCAGGAGCAGAAGAAAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GTCTTCTGATAGCCGTCAGCGTCTCCGTTGATAAAATCATCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGTCTTCTGATAGCCGTCAGCGTCTCCGTTGATAAAATCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCATTTCGGGGCCGCCCGGAACTTGGTGCAGAAG         GCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100250 CGCATTTCGGGGCCGCCCGGAACTTGGTGCAGAAGGTG...CAGGCCCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TTGGGTGATAGCCGGCTGAGCCCGGATGTGGGGCACCTGGTGCTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100428 TTGGGTGATAGCCGGCTGAGCCCGGATGTGGGGCACCTGGTGCTGACCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCTGCCCGGCCCTCCACGCCCTGGTGGCGGACGGGCTGAAGCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100478 CCTCTGCCCGGCCCTCCACGCCCTGGTGGCGGACGGGCTGAAGCCTTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAAGGACCTCATCACCGGGCAGCGCAGGAGCAGCCCCTGGAGCGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100528 GGAAGGACCTCATCACCGGGCAGCGCAGGAGCAGCCCCTGGAGCGTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGCGTCGGTGAAGCCAG         GCTCCAGCACCCGCTCCCTTGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100578 GAGGCGTCGGTGAAGCCAGGTG...CAGGCTCCAGCACCCGCTCCCTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AACCCTGTATAGCCAGGTCAGCCGTCTAGCCCCGCTGAGCAGCAGCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100695 AACCCTGTATAGCCAGGTCAGCCGTCTAGCCCCGCTGAGCAGCAGCCGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCCGCTTCCATGCCTTTATCCTGGGCCTCCTCAA         CACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100745 GCCGCTTCCATGCCTTTATCCTGGGCCTCCTCAAGTG...TAGCACCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTTGGAGCTGTGGTTTTCCAGTCTCCAGGAAGATGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100977 CAGTTGGAGCTGTGGTTTTCCAGTCTCCAGGAAGATGCAGGTC...CAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CCTGCTCTCCCTCCTGTACCTGCCAACAGGATTTTTCTCCCTGGCCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101687 CCTGCTCTCCCTCCTGTACCTGCCAACAGGATTTTTCTCCCTGGCCCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGGTTGTCCCTCCCTGTCCACAGAGCTGCTGCTCCTGCTGCAGCCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101737 GTGGTTGTCCCTCCCTGTCCACAGAGCTGCTGCTCCTGCTGCAGCCATTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TCGGTGCTCACTTTCCACCTGGACCTGCTCTTTGAGCACCACCACCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101787 TCGGTGCTCACTTTCCACCTGGACCTGCTCTTTGAGCACCACCACCACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCCCCTGGGCCCACCTCAGGCCCCTGCCCCTCCAGGCCCACCTCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101837 GCCCCTGGGCCCACCTCAGGCCCCTGCCCCTCCAGGCCCACCTCCAGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAGCAGACTATGCAAGCCATGCTGCACTTTGGGGGCCGGCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101887 TGCAGCAGACTATGCAAGCCATGCTGCACTTTGGGGGCCGGCTGGCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCCTTCGGGGGACTTCCAAGGAAGCTGCTTCAGACCCCTCTGACTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101937 AGCCTTCGGGGGACTTCCAAGGAAGCTGCTTCAGACCCCTCTGACTCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAACCTTCCCACACCAGGGAGCTGGTGGGAGCAGTTGACCCAGGCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101987 AAACCTTCCCACACCAGGGAGCTGGTGGGAGCAGTTGACCCAGGCCTCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGGTCTATGCCTCTGGGGGCACTGAGGGCTTTCCTCTTTCCCGATGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102037 GGGTCTATGCCTCTGGGGGCACTGAGGGCTTTCCTCTTTCCCGATGGGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCGGGGCGTCATGGGACTGCAGCTGAAGAAGGTGCACAGGAGAGACCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102087 CCGGGGCGTCATGGGACTGCAGCTGAAGAAGGTGCACAGGAGAGACCCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GCCCACAGATGAGATGGCACCAGGCAGGGGCCTCTGGTTGGGAAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102137 GCCCACAGATGAGATGGCACCAGGCAGGGGCCTCTGGTTGGGAAGACTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTGGAGTGCCTGGGGGCCCCGCAGAAAATGAGAATGGAGCCCTAAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102187 TTGGAGTGCCTGGGGGCCCCGCAGAAAATGAGAATGGAGCCCTAAAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AG         GAGACCATCTAGCTGGCTGCCCCCGACAGTGAGTGTGTT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102237 AGGTA...TAGGAGACCATCTAGCTGGCTGCCCCCGACAGTGAGTGTGTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGCTCTTGTGAAGCGGGGGGCACCTCCCGAGATGCCTTCTCCTCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103295 GGCTCTTGTGAAGCGGGGGGCACCTCCCGAGATGCCTTCTCCTCAGGAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TTGAGGCCTCAGCACCCAGGATGGTGCAAACCCATAG         GGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 103345 TTGAGGCCTCAGCACCCAGGATGGTGCAAACCCATAGGTA...CAGGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTGCGGGCTCTCTGTGATCACACTGCTGCAAGACCTGACCAGTTGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105513 GTGCGGGCTCTCTGTGATCACACTGCTGCAAGACCTGACCAGTTGAGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CCGGCGTGGGGAAGTGCTGCGTGTCATCACCACAGTGGATGAGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105563 CCGGCGTGGGGAAGTGCTGCGTGTCATCACCACAGTGGATGAGGACTGGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCCGCTGTGGGCGGGATGGCATGGAGGGTCTGGTGCCTGTGGGGTATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105613 TCCGCTGTGGGCGGGATGGCATGGAGGGTCTGGTGCCTGTGGGGTATACC

   1350     .    :
   1288 TCCCTTGTTCTG
        ||||||||||||
 105663 TCCCTTGTTCTG