seq1 = pF1KE1120.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE1120/gi568815575f_154196038.tfa (gi568815575f:154196038_154257619), 61582 bp

>pF1KE1120 1092
>gi568815575f:154196038_154257619 (ChrX)

1-112  (23779-23890)   100% ->
113-409  (28871-29167)   99% ->
410-578  (31155-31323)   100% ->
579-744  (32791-32956)   100% ->
745-984  (34511-34750)   99% ->
985-1092  (37033-37140)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23779 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  23829 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCACCAGAG         GCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
  23879 ACTCCACCAGAGGTG...CAGGCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  28900 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTGCATCCGTTTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  28950 CATTGCATCCGTCTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
  29000 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGACCTGGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCGTTGTGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29050 GCTGACCTGGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCGTTGTGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTCTATGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  29100 GGTCTATGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACCGTCTCCCTGTGTG         GGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  29150 ACACCGTCTCCCTGTGTGGTA...TAGGGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCATTTCCTGGGAGAGATGGATGGTGGTCTGCAAGCCCTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31178 GCCATCATTTCCTGGGAGAGATGGATGGTGGTCTGCAAGCCCTTTGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31228 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGGGCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
  31278 TCTGGGCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579      GTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  31328 ..CAGGTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32836 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACCTGCTGCATCACCCCACTCAGCATCATCGTGCTCTGCTACCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  32886 TCACCTGCTGCATCACCCCACTCAGCATCATCGTGCTCTGCTACCTCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GTGTGGCTGGCCATCCGAGCG         GTGGCAAAGCAGCAGAAAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  32936 GTGTGGCTGGCCATCCGAGCGGTA...TAGGTGGCAAAGCAGCAGAAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34531 GTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGATGGTCCTGGCATTCTGCTTCTGCTGGGGACCATACGCCTTCTTCGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
  34581 TGATGGTCCTGGCATTCTGCTTCTGCTGGGGACCCTACGCCTTCTTCGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGCTACCCCTTCCACCCTTTGATGGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34631 TGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGCTACCCCTTCCACCCTTTGATGGCTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CCTGCCGGCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  34681 CCTGCCGGCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 ATGTCTTTATGAACCGGCAG         TTTCGAAACTGCATCTTGCAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
  34731 ATGTCTTTATGAACCGGCAGGTA...CAGTTTCGAAACTGCATCTTGCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37054 CTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1056 AACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  37104 AACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA