seq1 = pF1KE1120.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KE1120/gi568815575f_154044284.tfa (gi568815575f:154044284_154182677), 138394 bp

>pF1KE1120 1092
>gi568815575f:154044284_154182677 (ChrX)

1-112  (100001-100112)   100% ->
113-409  (106373-106669)   97% ->
410-578  (108657-108825)   100% ->
579-744  (110291-110456)   97% ->
745-984  (112011-112250)   95% ->
985-1092  (114533-114640)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGCAGTGGAGCCTCCAAAGGCTCGCAGGCCGCCATCCGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCTATGAGGACAGCACCCAGTCCAGCATCTTCACCTACACCAACAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTCCACCAGAG         GCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACTCCACCAGAGGTG...CAGGCCCCTTCGAAGGCCCGAATTACCACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106402 GCTCCCAGATGGGTGTACCACCTCACCAGTGTCTGGATGATCTTTGTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATTGCATCCGTTTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT
        || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106452 CACTGCATCCGTCTTCACAAATGGGCTTGTGCTGGCGGCCACCATGAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 106502 TCAAGAAGCTGCGCCACCCGCTGAACTGGATCCTGGTGAACCTGGCGGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTGACCTGGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCGTTGTGAACCA
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 106552 GCTGACCTAGCAGAGACCGTCATCGCCAGCACTATCAGCATTGTGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGTCTATGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106602 GGTCTCTGGCTACTTCGTGCTGGGCCACCCTATGTGTGTCCTGGAGGGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACACCGTCTCCCTGTGTG         GGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106652 ACACCGTCTCCCTGTGTGGTA...TAGGGATCACAGGTCTCTGGTCTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCCATCATTTCCTGGGAGAGATGGATGGTGGTCTGCAAGCCCTTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108680 GCCATCATTTCCTGGGAGAGATGGATGGTGGTCTGCAAGCCCTTTGGCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108730 TGTGAGATTTGATGCCAAGCTGGCCATCGTGGGCATTGCCTTCTCCTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTGGGCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108780 TCTGGGCTGCTGTGTGGACAGCCCCGCCCATCTTTGGTTGGAGCAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    579      GTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108830 ..CAGGTACTGGCCCCACGGCCTGAAGACTTCATGCGGCCCAGACGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110336 CAGCGGCAGCTCGTACCCCGGGGTGCAGTCTTACATGATTGTCCTCATGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACCTGCTGCATCACCCCACTCAGC ATCATCGTGCTCTGCTACCTCCA
        ||||||||||||||| |||||||-||-|||||| ||||||||||||||||
 110386 TCACCTGCTGCATCATCCCACTC GCTATCATCATGCTCTGCTACCTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    723 AGTGTGGCTGGCCATCCGAGCG         GTGGCAAAGCAGCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 110435 AGTGTGGCTGGCCATCCGAGCGGTA...TAGGTGGCAAAGCAGCAGAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    764 AGTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112030 AGTCTGAATCCACCCAGAAGGCAGAGAAGGAAGTGACGCGCATGGTGGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    814 GTGATGGTCCTGGCATTCTGCTTCTGCTGGGGACCATACGCCTTCTTCGC
        |||||| || | || | |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||
 112080 GTGATGATCTTTGCGTACTGCGTCTGCTGGGGACCCTACACCTTCTTCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    864 ATGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGCTACCCCTTCCACCCTTTGATGGCTG
        |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
 112130 ATGCTTTGCTGCTGCCAACCCTGGTTACGCCTTCCACCCTTTGATGGCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914 CCCTGCCGGCCTTCTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATC
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112180 CCCTGCCGGCCTACTTTGCCAAAAGTGCCACTATCTACAACCCCGTTATC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    964 TATGTCTTTATGAACCGGCAG         TTTCGAAACTGCATCTTGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 112230 TATGTCTTTATGAACCGGCAGGTA...CAGTTTCGAAACTGCATCTTGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1005 GCTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114553 GCTTTTCGGGAAGAAGGTTGACGATGGCTCTGAACTCTCCAGCGCCTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1055 AAACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114603 AAACGGAGGTCTCATCTGTGTCCTCGGTATCGCCTGCA