seq1 = pF1KE1119.tfa, 984 bp
seq2 = pF1KE1119/gi568815582r_20680645.tfa (gi568815582r:20680645_20903671), 223027 bp

>pF1KE1119 984
>gi568815582r:20680645_20903671 (Chr16)

(complement)

1-23  (97242-97264)   100% ->
24-91  (100002-100069)   100% ->
92-175  (100156-100239)   100% ->
176-303  (100749-100876)   100% ->
304-460  (102313-102469)   100% ->
461-561  (103270-103370)   99% ->
562-643  (103634-103715)   100% ->
644-732  (104321-104409)   100% ->
733-815  (112740-112822)   98% ->
816-894  (114115-114193)   100% ->
895-984  (122938-123027)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCAAGCGGCTCGCGCG         GCAGCTTGGATTAATTAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
  97242 ATGGCGACCAAGCGGCTCGCGCGGTA...TAGGCAGCTTGGATTAATTAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGAAAGTCAATTGCGCCAGCAAATGGAAATCTCGGAAGAAGCAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100020 GAGAAAGTCAATTGCGCCAGCAAATGGAAATCTCGGAAGAAGCAAATCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92          AGCAGTTGTTTGACTACTTAATTGTCATTGATTTTGAATCG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100070 GTG...CAGAGCAGTTGTTTGACTACTTAATTGTCATTGATTTTGAATCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 ACATGCTGGAATGATGGGAAGCACCACCATAGCCAGGAAATAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100197 ACATGCTGGAATGATGGGAAGCACCACCATAGCCAGGAAATAAGTA...T

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176   TTGAGTTTCCAGCAGTGTTGCTGAACACATCAACTGGACAGATTGACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100747 AGTTGAGTTTCCAGCAGTGTTGCTGAACACATCAACTGGACAGATTGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGAGTTCCAGGCTTATGTTCAACCTCAGGAACATCCAATTCTTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100797 CTGAGTTCCAGGCTTATGTTCAACCTCAGGAACATCCAATTCTTTCAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TTTTGCATGGAATTGACAGGCATAAAGCAG         GCTCAAGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100847 TTTTGCATGGAATTGACAGGCATAAAGCAGGTA...CAGGCTCAAGTTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TGAAGGAGTCCCTCTGAAGATTTGCTTATCTCAGTTCTGTAAATGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102324 TGAAGGAGTCCCTCTGAAGATTTGCTTATCTCAGTTCTGTAAATGGATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATAAGATTCAGCAACAGAAGAACATTATTTTTGCTACTGGGATTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102374 ATAAGATTCAGCAACAGAAGAACATTATTTTTGCTACTGGGATTTCAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CCTTCTGCTTCTGAAGTAAAATTATGTGCATTTGTTACTTGGTCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102424 CCTTCTGCTTCTGAAGTAAAATTATGTGCATTTGTTACTTGGTCAGGTA.

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    461      ACTGGGACTTGGGGGTTTGCCTGGAGTATGAGTGTAAAAGAAAAC
        ..>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 102474 ..CAGACTGGGACTTGGGGGTTTGCCTGGAGTATGAGTGTAAAAGAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGCTGTTAAAACCTGTGTTTTTAAATTCTTGGATTGATCTCAGAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 AGCTGTTAAAACCTGTGTTTTTAAATTCTTGGATTGATCTCAGAGCAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACAAG         CTTTTCTATAGGAGAAAACCAAAAGGACTAAGTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 TACAAGGTA...TAGCTTTTCTATAGGAGAAAACCAAAAGGACTAAGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCCTTGCAGGAAGTAGGAATAGAATTCTCAGGACGAGAACATTCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103669 TGCCTTGCAGGAAGTAGGAATAGAATTCTCAGGACGAGAACATTCTGGTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    644       GGTTGGACGATTCTCGGAATACTGCCCTTCTTGCTTGGAAAATG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103719 ...CAGGGTTGGACGATTCTCGGAATACTGCCCTTCTTGCTTGGAAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 ATCAGAGATGGTTGTGTAATGAAAATTACAAGGTCGTTGAACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104365 ATCAGAGATGGTTGTGTAATGAAAATTACAAGGTCGTTGAACAAGGTT..

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733     GGTCCCTTCCTCTTGCCTTCGTGGACCTGGAACAGTGATCTGGCCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104415 .TAGGGTCCCTTCCTCTTGCCTTCGTGGACCTGGAACAGTGATCTGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 CAGGGGACCAGCATGCTTTTCTTAAGCAAGAATTTGG         CTGT
        ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||>>>...>>>||||
 112786 CAGGGGACCAGCATGCTTTTCTTCAGCAAGAATTTGGGTA...TAGCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGAACCTACAGAACCTTACTTCAGAAGCCCAATATGAGTAAACAGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114119 GGAACCTACAGAACCTTACTTCAGAAGCCCAATATGAGTAAACAGGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGGGAATATTCTCTGGTTGACAATG         GTGTGGCTGTCACTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 114169 GGGGAATATTCTCTGGTTGACAATGGTA...CAGGTGTGGCTGTCACTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CATGTCTGCAAAGGAAAAACTACAATGACTGCATGTTAAACACAGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122954 CATGTCTGCAAAGGAAAAACTACAATGACTGCATGTTAAACACAGCATCA

   1050     .    :    .    :
    961 CAGACTGTTACCACTGAAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||
 123004 CAGACTGTTACCACTGAAAAATTT