seq1 = pF1KE1116.tfa, 600 bp
seq2 = pF1KE1116/gi568815587f_64200657.tfa (gi568815587f:64200657_64404643), 203987 bp

>pF1KE1116 600
>gi568815587f:64200657_64404643 (Chr11)

1-21  (99755-99775)   100% ->
22-352  (100001-100331)   100% ->
353-432  (102826-102905)   100% ->
433-499  (103117-103183)   100% ->
500-600  (103887-103987)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGAAAAGCCTTCGAAA         GTGTCGCTCAAGTCTTCCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  99755 ATGGAGGAAAAGCCTTCGAAAGTA...CAGGTGTCGCTCAAGTCTTCCGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCGCCAAGGCTCGGACGAGGAGAGCGTGCATAGCGACACTCGGGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100021 CCGCCAAGGCTCGGACGAGGAGAGCGTGCATAGCGACACTCGGGACCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGACCACGACCACGCTGTCCCAGGCACAGCTGAACATGCCGCTGTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100071 GGACCACGACCACGCTGTCCCAGGCACAGCTGAACATGCCGCTGTCCGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCTGCGAGGGCTTCGACGAGGAGGGCCGCAACATTAGCAAGACCCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100121 GTCTGCGAGGGCTTCGACGAGGAGGGCCGCAACATTAGCAAGACCCGCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGCACAGCCCGGGGCGGGGCTCGTTGGACGAGGGGTACAAGGCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100171 GTGGCACAGCCCGGGGCGGGGCTCGTTGGACGAGGGGTACAAGGCCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAAGCCGGAGGAACTGGACGAGCACGCGCTGGTGGAGCTGGAGTTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100221 ACAAGCCGGAGGAACTGGACGAGCACGCGCTGGTGGAGCTGGAGTTGCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCGGCAGCTCCATGGAAATCAATCTGGGGGAGAAGGACACTGCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100271 CGCGGCAGCTCCATGGAAATCAATCTGGGGGAGAAGGACACTGCATCCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GATCGAGGCCG         AAAAGTCTTCCTCAATGTCATCACTCAATA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100321 GATCGAGGCCGGTC...CAGAAAAGTCTTCCTCAATGTCATCACTCAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCGAAGCACATGCCCCATCGAGCCTACTGGGCAGAGCAGCAGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102856 TTGCGAAGCACATGCCCCATCGAGCCTACTGGGCAGAGCAGCAGAGCAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433          CTGCCACTGCCCCTGATGGAACTCATGGAGAATGAAGCTCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102906 GTT...CAGCTGCCACTGCCCCTGATGGAACTCATGGAGAATGAAGCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAAATCCTCACCAAAGCCCTCCGGA         GCTACCAGTTAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103158 GGAAATCCTCACCAAAGCCCTCCGGAGTA...TAGGCTACCAGTTAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGGCAGGGACCACTTCCTGACTAAGGAGCTGCAGCGATACATCGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103902 TCGGCAGGGACCACTTCCTGACTAAGGAGCTGCAGCGATACATCGAAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .
    565 CTCAAGAAGCGCCGGAGCAAGAGGCTGTACGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103952 CTCAAGAAGCGCCGGAGCAAGAGGCTGTACGTGAAT