seq1 = pF1KE1110.tfa, 348 bp
seq2 = pF1KE1110/gi568815575f_49204860.tfa (gi568815575f:49204860_49590650), 385791 bp

>pF1KE1110 348
>gi568815575f:49204860_49590650 (ChrX)

1-81  (127879-127962)   95% ->
82-202  (128428-128548)   100% ->
203-328  (131388-131513)   100% ->
329-348  (133977-133996)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTTGGCGAGGAAGATCGACC   TATCGGCCTAGACCAAGACGCTA
        ||||||||||||||||||||||||---||| |||||||||||||||||||
 127879 ATGAGTTGGCGAGGAAGATCGACCTATTATTGGCCTAGACCAAGACGCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     48 CGTAGAGCCTCCTGAAATGATTGGGCCTATGCGG         CCCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 127929 CGTAGAGCCTCCTGAAATGATTGGGCCTATGCGGGTG...CAGCCCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     89 AGTTCAGTGATGAAGTGGAACCAGCAACACCTGAAGAAGGGGAACCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128435 AGTTCAGTGATGAAGTGGAACCAGCAACACCTGAAGAAGGGGAACCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139 ACTCAACGTCAGGATCCTGCAGCTGCTCAGGAGGGAGAGGATGAGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128485 ACTCAACGTCAGGATCCTGCAGCTGCTCAGGAGGGAGAGGATGAGGGAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189 ATCTGCAGGTCAAG         GGCCGAAGCCTGAAGCTGATAGCCAGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 128535 ATCTGCAGGTCAAGGTG...AAGGGCCGAAGCCTGAAGCTGATAGCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    230 AACAGGGTCACCCACAGACTGGGTGTGAGTGTGAAGATGGTCCTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131415 AACAGGGTCACCCACAGACTGGGTGTGAGTGTGAAGATGGTCCTGATGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280 CAGGAGATGGACCCGCCAAATCCAGAGGAGGTGAAAACGCCTGAAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131465 CAGGAGATGGACCCGCCAAATCCAGAGGAGGTGAAAACGCCTGAAGAAGG

    350     .    :    .    :    .
    329         GTGAAAAGCAATCACAGTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||
 131515 TA...CAGGTGAAAAGCAATCACAGTGT