seq1 = pF1KE1099.tfa, 960 bp
seq2 = pF1KE1099/gi568815580f_24327916.tfa (gi568815580f:24327916_24550844), 222929 bp

>pF1KE1099 960
>gi568815580f:24327916_24550844 (Chr18)

1-36  (98842-98877)   100% ->
37-165  (100004-100132)   100% ->
166-218  (100954-101006)   100% ->
219-281  (102407-102469)   100% ->
282-367  (110040-110125)   100% ->
368-490  (112581-112703)   99% ->
491-594  (115134-115237)   100% ->
595-668  (117478-117551)   100% ->
669-759  (120178-120268)   100% ->
760-894  (121904-122038)   100% ->
895-960  (122864-122929)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGGGGACGCAGGGAGCGACCAGAGGCAG         AATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
  98842 ATGGCTGAGGGGGACGCAGGGAGCGACCAGAGGCAGGTG...CAGAATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAAATTGAAGCAATGGCAGCCATTTATGGCGAGGAGTGGTGTGTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 GGAAATTGAAGCAATGGCAGCCATTTATGGCGAGGAGTGGTGTGTCATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGACTGTGCCAAAATATTTTGTATTAGAATTAGCGACGATATAGATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100059 ATGACTGTGCCAAAATATTTTGTATTAGAATTAGCGACGATATAGATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCAAATGGACACTTTGCTTGCAG         GTGATGCTGCCGAATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100109 CCCAAATGGACACTTTGCTTGCAGGTA...TAGGTGATGCTGCCGAATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATACCCAGGTACAGCTCCACCTATCTACCAGTTGAA         TGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100971 ATACCCAGGTACAGCTCCACCTATCTACCAGTTGAAGTA...TAGTGCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTTGGCTTAAAGGGCAAGAACGTGCGGATTTATCAAATAGCCTTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102412 CTTGGCTTAAAGGGCAAGAACGTGCGGATTTATCAAATAGCCTTGAGGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ATATATAT         TCAGAATATCGGTGAAAGTATTCTTTACCTGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 102462 ATATATATGTA...TAGTCAGAATATCGGTGAAAGTATTCTTTACCTGTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 GGTGGAGAAAATAAGAGATGTTCTTATACAAAAATCTCAGATGACAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110073 GGTGGAGAAAATAAGAGATGTTCTTATACAAAAATCTCAGATGACAGAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CAG         GCCCAGATGTAAAGAAGAAAACTGAAGAGGAAGATGTT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110123 CAGGTA...TAGGCCCAGATGTAAAGAAGAAAACTGAAGAGGAAGATGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GAATGTGAAGATGATCTCATTTTAGCATGTCAGCCGGAAAGTTCGGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 112619 GAATGTGAAGATGATCTCATTTTAGCATGTCAGCCGGAAAGTTCGCTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AGCATTGGATTTTGATATCAGTGAAACTCGGACAG         AAGTAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112669 AGCATTGGATTTTGATATCAGTGAAACTCGGACAGGTA...TAGAAGTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAGTAGAAGAATTACCTCCGATTGATCATGGCATTCCTATTACAGACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115140 AAGTAGAAGAATTACCTCCGATTGATCATGGCATTCCTATTACAGACCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGAAGTACTTTTCAGGCACACTTGGCTCCAGTGGTTTGTCCCAAACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 115190 AGAAGTACTTTTCAGGCACACTTGGCTCCAGTGGTTTGTCCCAAACAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595        GTGAAAATGGTTCTTTCCAAATTGTATGAGAATAAGAAAATAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115240 A...AAGGTGAAAATGGTTCTTTCCAAATTGTATGAGAATAAGAAAATAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTAGTGCCACCCACAACATCTATGCCTACAG         AATATATTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117521 CTAGTGCCACCCACAACATCTATGCCTACAGGTG...CAGAATATATTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GAGGATAAACAGACCTTCTTACAGGATTGTGAGGATGATGGGGAAACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120188 GAGGATAAACAGACCTTCTTACAGGATTGTGAGGATGATGGGGAAACAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 AGCTGGTGGGCGTCTTCTTCATCTCATGGAG         ATTTTGAATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120238 AGCTGGTGGGCGTCTTCTTCATCTCATGGAGGTA...CAGATTTTGAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGAAGAATGTCATGGTGGTAGTATCACGCTGGTATGGAGGGATTCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121914 TGAAGAATGTCATGGTGGTAGTATCACGCTGGTATGGAGGGATTCTGCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 GGACCAGATCGCTTTAAACATATCAACAACTGTGCCAGAAACATACTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121964 GGACCAGATCGCTTTAAACATATCAACAACTGTGCCAGAAACATACTAGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGAAAAGAACTACACAAATTCACCT         GAGGAGTCATCTAAGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122014 GGAAAAGAACTACACAAATTCACCTGTA...CAGGAGGAGTCATCTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CTTTGGGAAAGAACAAAAAAGTAAGAAAAGACAAGAAGAGGAATGAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122880 CTTTGGGAAAGAACAAAAAAGTAAGAAAAGACAAGAAGAGGAATGAACAT