seq1 = pF1KE1097.tfa, 1818 bp
seq2 = pF1KE1097/gi568815590f_27549700.tfa (gi568815590f:27549700_27771348), 221649 bp

>pF1KE1097 1818
>gi568815590f:27549700_27771348 (Chr8)

1-106  (99996-100101)   98% ->
107-226  (101809-101928)   100% ->
227-325  (107083-107181)   100% ->
326-1369  (108797-109840)   100% ->
1370-1818  (121201-121649)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAAGTGAGGTCGGCCGGCGGCGATGGAGATGCCTTGTGCGTTACAGA
        || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 ATTATAGTGAGGTCGGCCGGCGGCGATGGAGATGCCTTGTGCGTTACAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGGACCTGGCGGGTGACGACGAGGACATGCCGACCTTCCCATGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 AGAGGACCTGGCGGGTGACGACGAGGACATGCCGACCTTCCCATGCACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGG         GCCGGCCAGGGCCCCGCTGCAGCCGCTGCCAGAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 AGAAGGGTA...CAGGCCGGCCAGGGCCCCGCTGCAGCCGCTGCCAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCTATCTTTGCACACATCGGTGCGGATTCTTTACCTCTTCCTGGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101844 AACCTATCTTTGCACACATCGGTGCGGATTCTTTACCTCTTCCTGGCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTCCTGGTGGCCGTGGCTGTGTTGGCCTCTCTGG         TTTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101894 GCTCCTGGTGGCCGTGGCTGTGTTGGCCTCTCTGGGTG...CAGTTTTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAAAAGTGGACTCTCTCTCCGAAGACATCTCCTTGACCCAGTCTATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107089 GAAAAGTGGACTCTCTCTCCGAAGACATCTCCTTGACCCAGTCTATTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GACAAGAAGCTTGTGTTAATGCAGAAAAATCTCCAGGGCCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 107139 GACAAGAAGCTTGTGTTAATGCAGAAAAATCTCCAGGGCCTGGGTA...A

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   ATCCGAAAGCCCTGAACAACTGCTCTTTCTGCCATGAAGCTGGGCAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108795 AGATCCGAAAGCCCTGAACAACTGCTCTTTCTGCCATGAAGCTGGGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGGGGCCAGAGATCCGAAAACTGCAGGAGGAGCTGGAGGGAATTCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108845 TGGGGCCAGAGATCCGAAAACTGCAGGAGGAGCTGGAGGGAATTCAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGCTTCTGGCCCAGGAGGTGCAGCTGGACCAGACCTTACAGGCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108895 CTGCTTCTGGCCCAGGAGGTGCAGCTGGACCAGACCTTACAGGCCCAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTGCTCTCCACCACCAGCAGACAAATCTCCCAGGAGATGGGCAGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108945 GGTGCTCTCCACCACCAGCAGACAAATCTCCCAGGAGATGGGCAGTTGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTTCTCCATCCACCAGGTTAACCAGTCTCTGGGGCTCTTCCTGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108995 CCTTCTCCATCCACCAGGTTAACCAGTCTCTGGGGCTCTTCCTGGCCCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTGAGAGGCTGGCAGGCCACCACAGCTGGCCTGGACCTCTCTCTGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109045 GTGAGAGGCTGGCAGGCCACCACAGCTGGCCTGGACCTCTCTCTGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CCTCACCCAGGAGTGCTACGATGTCAAGGCTGCAGTGCACCAGATCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109095 CCTCACCCAGGAGTGCTACGATGTCAAGGCTGCAGTGCACCAGATCAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCACCGTGGGGCAGACTTCCGAGTGGATCCACGGGATCCAGCGGAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109145 TCACCGTGGGGCAGACTTCCGAGTGGATCCACGGGATCCAGCGGAAGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACGAGGAGACCCTGACCCTCCAGAAGATTGTCACCGACTGGCAGAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109195 GACGAGGAGACCCTGACCCTCCAGAAGATTGTCACCGACTGGCAGAACTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CACACGGCTCTTCAGCGGCCTGCGCACCACCTCCACCAAGACTGGAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109245 CACACGGCTCTTCAGCGGCCTGCGCACCACCTCCACCAAGACTGGAGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 CGGTCAAGAACATCCAGGCCACCCTGGGGGCCTCCTCACAGCGCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109295 CGGTCAAGAACATCCAGGCCACCCTGGGGGCCTCCTCACAGCGCATCAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CAGAACTCAGAGAGCATGCACGACCTGGTACTCCAGGTCATGGGCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109345 CAGAACTCAGAGAGCATGCACGACCTGGTACTCCAGGTCATGGGCTTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GCTGCAGCTGGATAACATCTCGTCCTTCCTGGATGACCACGAAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109395 GCTGCAGCTGGATAACATCTCGTCCTTCCTGGATGACCACGAAGAGAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGCATGATCTTCAGTACCATACCCACTACGCCCAGAACCGCACTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109445 TGCATGATCTTCAGTACCATACCCACTACGCCCAGAACCGCACTGTGGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 AGGTTTGAGTCTCTGGAAGGACGCATGGCTTCTCACGAGATTGAAATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109495 AGGTTTGAGTCTCTGGAAGGACGCATGGCTTCTCACGAGATTGAAATTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CACCATCTTCACCAACATCAATGCCACCGACAACCACGTGCACAGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109545 CACCATCTTCACCAACATCAATGCCACCGACAACCACGTGCACAGCATGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TCAAGTACCTGGATGACGTGCGGCTCTCCTGCACGCTGGGCTTCCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109595 TCAAGTACCTGGATGACGTGCGGCTCTCCTGCACGCTGGGCTTCCACACC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CATGCCGAGGAGCTCTACTACCTGAACAAGTCTGTCTCCATCATGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109645 CATGCCGAGGAGCTCTACTACCTGAACAAGTCTGTCTCCATCATGCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 CACCACAGACCTGCTCCGGGAGCGCTTCAGCCTGCTCAGTGCCCGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109695 CACCACAGACCTGCTCCGGGAGCGCTTCAGCCTGCTCAGTGCCCGGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACCTCAACGTCCGGAACCTCTCCATGATCGTGGAGGAGATGAAGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109745 ACCTCAACGTCCGGAACCTCTCCATGATCGTGGAGGAGATGAAGGCAGTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GACACACAGCATGGAGAAATCCTTCGCAATGTCACCATCCTACGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 109795 GACACACAGCATGGAGAAATCCTTCGCAATGTCACCATCCTACGAGGTA.

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370      GTGCCCCCGGCCCTCCAGGACCAAGAGGATTCAAAGGAGATATGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109845 ..CAGGTGCCCCCGGCCCTCCAGGACCAAGAGGATTCAAAGGAGATATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCGTGAAAGGGCCTGTTGGCGGCAGAGGCCCGAAAGGAGACCCCGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121246 GCGTGAAAGGGCCTGTTGGCGGCAGAGGCCCGAAAGGAGACCCCGGCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 TTGGGCCCCCTGGGACCCCAGGGTCCTCAGGGGCAACCTGGAGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121296 TTGGGCCCCCTGGGACCCCAGGGTCCTCAGGGGCAACCTGGAGAGGCCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GCCTGTGGGAGAAAGGGGCCCTGTTGGCCCTCGAGGGTTCCCAGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121346 GCCTGTGGGAGAAAGGGGCCCTGTTGGCCCTCGAGGGTTCCCAGGCCTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 AAGGCTCAAAGGGCAGCTTTGGAACTGGAGGGCCGAGAGGACAGCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121396 AAGGCTCAAAGGGCAGCTTTGGAACTGGAGGGCCGAGAGGACAGCCAGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 CCAAAAGGGGACATAGGGCCCCCAGGGCCAGAAGGGCCCCCGGGGTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121446 CCAAAAGGGGACATAGGGCCCCCAGGGCCAGAAGGGCCCCCGGGGTCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 AGGGCCCTCAGGGCCTCAGGGAAAACCGGGAATTGCAGGGAAGACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121496 AGGGCCCTCAGGGCCTCAGGGAAAACCGGGAATTGCAGGGAAGACAGGGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CACCAGGCCAGCGGGGGGCCATGGGGCCTAAGGGTGAACCAGGGATCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121546 CACCAGGCCAGCGGGGGGCCATGGGGCCTAAGGGTGAACCAGGGATCCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 GGTCCCCCTGGTCTCCCGGGGCCTCCAGGTCCACCAGGAAGCCAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121596 GGTCCCCCTGGTCTCCCGGGGCCTCCAGGTCCACCAGGAAGCCAGAGCTT

   1850 
   1815 CTAC
        ||||
 121646 CTAC