seq1 = pF1KE1095.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KE1095/gi568815575r_48974806.tfa (gi568815575r:48974806_49178095), 203290 bp

>pF1KE1095 1080
>gi568815575r:48974806_49178095 (ChrX)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-130  (100185-100259)   100% ->
131-235  (100349-100453)   100% ->
236-341  (101346-101451)   100% ->
342-436  (101572-101666)   100% ->
437-516  (102151-102230)   100% ->
517-725  (102343-102551)   100% ->
726-827  (102631-102732)   100% ->
828-973  (102815-102960)   100% ->
974-1080  (103184-103290)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTCAACAGCCACTTCGAGGAGTGACCAGCCTGCGTTTCAACCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACTCAACAGCCACTTCGAGGAGTGACCAGCCTGCGTTTCAACCAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAA         GCTGCTTTTGCTGCGCCATGGAGACAGGTGTGCGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAAGTG...CAGGCTGCTTTTGCTGCGCCATGGAGACAGGTGTGCGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTACAACGTGGAGCCCTTGATGGAGAAGGGGCATCTGG         AC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100221 TCTACAACGTGGAGCCCTTGATGGAGAAGGGGCATCTGGGTG...CAGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CACGAGCAGGTGGGCAGCATGGGCTTGGTGGAGATGCTGCACCGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CACGAGCAGGTGGGCAGCATGGGCTTGGTGGAGATGCTGCACCGCTCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTTCTGGCCTTGGTGGGCGGTGGTAGTAGTCCCAAGTTCTCAGAGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCTTCTGGCCTTGGTGGGCGGTGGTAGTAGTCCCAAGTTCTCAGAGATCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAG         TGCTGATCTGGGACGATGCCCGGGAGGGCAAGGACTCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CAGGTA...CAGTGCTGATCTGGGACGATGCCCGGGAGGGCAAGGACTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGGAGAAGCTGGTGCTGGAGTTCACCTTCACCAAGCCAGTGCTTTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101384 AAGGAGAAGCTGGTGCTGGAGTTCACCTTCACCAAGCCAGTGCTTTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCGCATGCGCCATGACAA         GATCGTGATCGTGCTGAAGAACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101434 GCGCATGCGCCATGACAAGTG...CAGGATCGTGATCGTGCTGAAGAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GCATCTATGTGTACTCCTTCCCCGACAATCCCCGAAAGCTGTTTGAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101595 GCATCTATGTGTACTCCTTCCCCGACAATCCCCGAAAGCTGTTTGAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GATACCCGGGACAACCCCAAGG         GGCTCTGTGACCTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101645 GATACCCGGGACAACCCCAAGGGTG...TAGGGCTCTGTGACCTCTGCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CAGCCTGGAGAAGCAACTGCTAGTGTTCCCGGGACACAAGTGTGGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102170 CAGCCTGGAGAAGCAACTGCTAGTGTTCCCGGGACACAAGTGTGGGAGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCAACTTGTG         GACCTGGCGAGCACAAAGCCTGGCACCTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102220 TGCAACTTGTGGTG...CAGGACCTGGCGAGCACAAAGCCTGGCACCTCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TCTGCTCCATTCACGATCAATGCACATCAGAGTGACATAGCCTGTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102373 TCTGCTCCATTCACGATCAATGCACATCAGAGTGACATAGCCTGTGTGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCTAAACCAGCCAGGCACTGTAGTGGCCTCAGCCTCCCAGAAGGGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102423 TCTAAACCAGCCAGGCACTGTAGTGGCCTCAGCCTCCCAGAAGGGTACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTATTCGCCTCTTTGACACACAATCCAAGGAGAAACTGGTGGAGCTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102473 TTATTCGCCTCTTTGACACACAATCCAAGGAGAAACTGGTGGAGCTGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CGAGGCACTGACCCTGCCACCCTCTACTG         CATTAACTTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102523 CGAGGCACTGACCCTGCCACCCTCTACTGGTG...TAGCATTAACTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCACGACTCCTCCTTCCTCTGCGCTTCCAGTGATAAGGGTACTGTCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102643 CCACGACTCCTCCTTCCTCTGCGCTTCCAGTGATAAGGGTACTGTCCATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TCTTTGCTCTCAAGGATACCCGCCTCAACCGCCGCTCCGC         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102693 TCTTTGCTCTCAAGGATACCCGCCTCAACCGCCGCTCCGCGTG...CAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CTGGCTCGCGTGGGCAAGGTGGGGCCTATGATTGGGCAGTACGTGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102816 CTGGCTCGCGTGGGCAAGGTGGGGCCTATGATTGGGCAGTACGTGGACTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TCAGTGGAGCCTGGCGAGCTTCACTGTGCCTGCTGAGTCAGCTTGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102866 TCAGTGGAGCCTGGCGAGCTTCACTGTGCCTGCTGAGTCAGCTTGCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GCGCCTTCGGTCGCAATACTTCCAAGAACGTCAACTCTGTCATTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 102916 GCGCCTTCGGTCGCAATACTTCCAAGAACGTCAACTCTGTCATTGGTG..

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974     CCATCTGCGTAGATGGGACCTTCCACAAATATGTCTTCACTCCTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102966 .CAGCCATCTGCGTAGATGGGACCTTCCACAAATATGTCTTCACTCCTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGAAACTGCAACAGAGAGGCTTTCGACGTGTACCTTGACATCTGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103230 TGGAAACTGCAACAGAGAGGCTTTCGACGTGTACCTTGACATCTGTGATG

   1150     .    :
   1070 ATGATGACTTT
        |||||||||||
 103280 ATGATGACTTT