seq1 = pF1KE1090.tfa, 1785 bp
seq2 = pF1KE1090/gi568815586f_121032971.tfa (gi568815586f:121032971_121284799), 251829 bp

>pF1KE1090 1785
>gi568815586f:121032971_121284799 (Chr12)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-294  (121815-121983)   100% ->
295-363  (123109-123177)   100% ->
364-436  (127932-128004)   100% ->
437-533  (129454-129550)   98% ->
534-614  (132387-132467)   100% ->
615-744  (133088-133217)   99% ->
745-881  (134518-134654)   99% ->
882-972  (142418-142508)   100% ->
973-1038  (144177-144242)   100% ->
1039-1188  (144327-144476)   100% ->
1189-1290  (147384-147485)   100% ->
1291-1785  (151335-151829)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGCCTGCTGCAGCTGCAGTGATGTTTTCCAGTATGAGACGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGCCTGCTGCAGCTGCAGTGATGTTTTCCAGTATGAGACGAACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGTCACTCGGATCCAGAGCATGAATTATGGCACCATTAAGTGGTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGTCACTCGGATCCAGAGCATGAATTATGGCACCATTAAGTGGTTCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGTGATCATCTTTTCCTACGTTTG         CTTTGCTCTGGTGAGT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 ACGTGATCATCTTTTCCTACGTTTGGTA...TAGCTTTGCTCTGGTGAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GACAAGCTGTACCAGCGGAAAGAGCCTGTCATCAGTTCTGTGCACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121831 GACAAGCTGTACCAGCGGAAAGAGCCTGTCATCAGTTCTGTGCACACCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTGAAGGGGATAGCAGAGGTGAAAGAGGAGATCGTGGAGAATGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121881 GGTGAAGGGGATAGCAGAGGTGAAAGAGGAGATCGTGGAGAATGGAGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGAAGTTGGTGCACAGTGTCTTTGACACCGCAGACTACACCTTCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121931 AGAAGTTGGTGCACAGTGTCTTTGACACCGCAGACTACACCTTCCCTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAG         GGGAACTCTTTCTTCGTGATGACAAACTTTCTCAAAAC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121981 CAGGTG...CAGGGGAACTCTTTCTTCGTGATGACAAACTTTCTCAAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGGCCAAGAGCAGCGGTTGTGTCCCGAG         TATCCCACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123147 AGAAGGCCAAGAGCAGCGGTTGTGTCCCGAGGTA...CAGTATCCCACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAGGACGCTCTGTTCCTCTGACCGAGGTTGTAAAAAGGGATGGATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127942 GCAGGACGCTCTGTTCCTCTGACCGAGGTTGTAAAAAGGGATGGATGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCGCAGAGCAAAG         GAATTCAGACCGGAAGGTGTGTAGTGCA
        |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||| |
 127992 CCGCAGAGCAAAGGTA...TAGGAATTCAGACCGGAAGGTGTGTAGTGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGAAGGGAACCAGAAGACCTGTGAAGTCTCTGCCTGGTGCCCCATCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129482 TGAAGGGAACCAGAAGACCTGTGAAGTCTCTGCCTGGTGCCCCATCGAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGTGGAAGAGGCCCCCCG         GCCTGCTCTCTTGAACAGTGCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 129532 CAGTGGAAGAGGCCCCCCGGTG...CAGGCCTGCTCTCTTGAACAGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GAAAACTTCACTGTGCTCATCAAGAACAATATCGACTTCCCCGGCCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132409 GAAAACTTCACTGTGCTCATCAAGAACAATATCGACTTCCCCGGCCACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTACACCAC         GAGAAACATCCTGCCAGGTTTGAACATCACTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||| ||||||||||
 132459 CTACACCACGTA...CAGGAGAAACATCCTGCCAGGTTTAAACATCACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTACCTTCCACAAGACTCAGAATCCACAGTGTCCCATTTTCCGACTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133120 GTACCTTCCACAAGACTCAGAATCCACAGTGTCCCATTTTCCGACTAGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACATCTTCCGAGAAACAGGCGATAATTTTTCAGATGTGGCAATTCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 133170 GACATCTTCCGAGAAACAGGCGATAATTTTTCAGATGTGGCAATTCAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745        GGCGGAATAATGGGCATTGAGATCTACTGGGACTGCAACCTAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133220 T...CAGGGCGGAATAATGGGCATTGAGATCTACTGGGACTGCAACCTAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCGTTGGTTCCATCACTGCCATCCCAAATACAGTTTCCGTCGCCTTGAC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 134561 ACCGTTGGTTCCATCACTGCCGTCCCAAATACAGTTTCCGTCGCCTTGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GACAAGACCACCAACGTGTCCTTGTACCCTGGCTACAACTTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 134611 GACAAGACCACCAACGTGTCCTTGTACCCTGGCTACAACTTCAGGTA...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882    ATACGCCAAGTACTACAAGGAAAACAATGTTGAGAAACGGACTCTGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142415 CAGATACGCCAAGTACTACAAGGAAAACAATGTTGAGAAACGGACTCTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TAAAAGTCTTCGGGATCCGTTTTGACATCCTGGTTTTTGGCACC      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 142465 TAAAAGTCTTCGGGATCCGTTTTGACATCCTGGTTTTTGGCACCGTA...

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973    GGAGGAAAATTTGACATTATCCAGCTGGTTGTGTACATCGGCTCAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144174 TAGGGAGGAAAATTTGACATTATCCAGCTGGTTGTGTACATCGGCTCAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCTCTCCTACTTCGGTCTG         GCCGCTGTGTTCATCGACTTCC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 144224 CCTCTCCTACTTCGGTCTGGTA...CAGGCCGCTGTGTTCATCGACTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TCATCGACACTTACTCCAGTAACTGCTGTCGCTCCCATATTTATCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144349 TCATCGACACTTACTCCAGTAACTGCTGTCGCTCCCATATTTATCCCTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TGCAAGTGCTGTCAGCCCTGTGTGGTCAACGAATACTACTACAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144399 TGCAAGTGCTGTCAGCCCTGTGTGGTCAACGAATACTACTACAGGAAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTGCGAGTCCATTGTGGAGCCAAAGCCG         ACATTAAAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 144449 GTGCGAGTCCATTGTGGAGCCAAAGCCGGTG...TAGACATTAAAGTATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TGTCCTTTGTGGATGAATCCCACATTAGGATGGTGAACCAGCAGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147397 TGTCCTTTGTGGATGAATCCCACATTAGGATGGTGAACCAGCAGCTACTA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 GGGAGAAGTCTGCAAGATGTCAAGGGCCAAGAAGTCCCA         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 147447 GGGAGAAGTCTGCAAGATGTCAAGGGCCAAGAAGTCCCAGTA...CAGAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACCTGCGATGGACTTCACAGATTTGTCCAGGCTGCCCCTGGCCCTCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151337 ACCTGCGATGGACTTCACAGATTTGTCCAGGCTGCCCCTGGCCCTCCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 ACACACCCCCGATTCCTGGACAACCAGAGGAGATACAGCTGCTTAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151387 ACACACCCCCGATTCCTGGACAACCAGAGGAGATACAGCTGCTTAGAAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GAGGCGACTCCTAGATCCAGGGATAGCCCCGTCTGGTGCCAGTGTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151437 GAGGCGACTCCTAGATCCAGGGATAGCCCCGTCTGGTGCCAGTGTGGAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CTGCCTCCCATCTCAACTCCCTGAGAGCCACAGGTGCCTGGAGGAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151487 CTGCCTCCCATCTCAACTCCCTGAGAGCCACAGGTGCCTGGAGGAGCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GCTGCCGGAAAAAGCCGGGGGCCTGCATCACCACCTCAGAGCTGTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151537 GCTGCCGGAAAAAGCCGGGGGCCTGCATCACCACCTCAGAGCTGTTCAGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAGCTGGTCCTGTCCAGACACGTCCTGCAGTTCCTCCTGCTCTACCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151587 AAGCTGGTCCTGTCCAGACACGTCCTGCAGTTCCTCCTGCTCTACCAGGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 GCCCTTGCTGGCGCTGGATGTGGATTCCACCAACAGCCGGCTGCGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151637 GCCCTTGCTGGCGCTGGATGTGGATTCCACCAACAGCCGGCTGCGGCACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 GTGCCTACAGGTGCTACGCCACCTGGCGCTTCGGCTCCCAGGACATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151687 GTGCCTACAGGTGCTACGCCACCTGGCGCTTCGGCTCCCAGGACATGGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 GACTTTGCCATCCTGCCCAGCTGCTGCCGCTGGAGGATCCGGAAAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151737 GACTTTGCCATCCTGCCCAGCTGCTGCCGCTGGAGGATCCGGAAAGAGTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TCCGAAGAGTGAAGGGCAGTACAGTGGCTTCAAGAGTCCTTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151787 TCCGAAGAGTGAAGGGCAGTACAGTGGCTTCAAGAGTCCTTAC