seq1 = pF1KE1079.tfa, 3216 bp
seq2 = pF1KE1079/gi568815594f_119139760.tfa (gi568815594f:119139760_119393208), 253449 bp

>pF1KE1079 3216
>gi568815594f:119139760_119393208 (Chr4)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-237  (105578-105670)   100% ->
238-372  (108989-109123)   100% ->
373-486  (116487-116600)   100% ->
487-567  (116682-116764)   97% ->
568-672  (120061-120166)   99% ->
673-819  (120748-120894)   100% ->
820-969  (121956-122105)   100% ->
970-1132  (127561-127723)   100% ->
1133-1285  (128509-128661)   100% ->
1286-1432  (129932-130078)   100% ->
1433-2171  (131537-132275)   100% ->
2172-2248  (133873-133949)   100% ->
2249-2345  (151406-151502)   100% ->
2346-3216  (152579-153449)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCATGGGTAAAATTCTTACGGAAACCTGGTGGCAATCTTGGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCATGGGTAAAATTCTTACGGAAACCTGGTGGCAATCTTGGAAAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTATCAGCCTGGAAGTATGCTATCACTAGCCCCTACCAAAGGCTTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTATCAGCCTGGAAGTATGCTATCACTAGCCCCTACCAAAGGCTTGTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGAACCAGGACAAAACAGCTGCTTTCTTAATAGCGCTGTACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 ATGAACCAGGACAAAACAGCTGCTTTCTTAATAGCGCTGTACAGGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GTTTTATGGCAATTGGATATATTCCGACGAAGCTTGCGGGTTTTGAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105575 TAGGTTTTATGGCAATTGGATATATTCCGACGAAGCTTGCGGGTTTTGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGACATGTTTGTCAGGGAGATGCCTGTATATTTTGTGCATTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105625 TGGACATGTTTGTCAGGGAGATGCCTGTATATTTTGTGCATTGAAGGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      ACGATATTTGCACAGTTCCAACACAGTCGAGAAAAAGCACTTCCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105675 ..CAGACGATATTTGCACAGTTCCAACACAGTCGAGAAAAAGCACTTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCAGATAACATAAGGCATGCTCTTGCAGAAAGTTTCAAAGATGAGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109034 TCAGATAACATAAGGCATGCTCTTGCAGAAAGTTTCAAAGATGAGCAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTTCAACTTGGCCTTATGGATGATGCTGCGGAGTGCTTT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109084 ATTTCAACTTGGCCTTATGGATGATGCTGCGGAGTGCTTTGTA...TAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAATATGTTGGAGAGGATTCATTTTCACATAGTGCCAAGCAGAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116488 AAAATATGTTGGAGAGGATTCATTTTCACATAGTGCCAAGCAGAGATGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACATGTGTACCTCTAAATCTTGTATCACTCACCAGAAGTTTGCTATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116538 GACATGTGTACCTCTAAATCTTGTATCACTCACCAGAAGTTTGCTATGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCTGTATGAACAG         TGTGTGTGTCGTAGCTGTGGAGCATCGT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116588 TCTGTATGAACAGGTG...TAGTGTGTGTGTCGTAGCTGTGGAGCATCGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CAGATCCTCTACCTTTTACAGAATTTGTGCGGTACATTTCTACAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116710 CAGATCCTCTACCTTTTACAGAATTTGTGCGGTACATTTCTACAACAGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTA            AATGAGGTTGAAAGAATGTTGGAAAGGCATGAACG
        |||-->>>...>>>-|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116760 TTATGGTA...TAGCAATGAGGTTGAAAGAATGTTGGAAAGGCATGAACG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    603 CTTTAAACCTGAAATGTTTGCAGAATTGCTACAAGCAGCAAATACAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120097 CTTTAAACCTGAAATGTTTGCAGAATTGCTACAAGCAGCAAATACAACAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    653 ATGACTATAGGAAATGTCCT         AGTAACTGTGGCCAAAAAATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120147 ATGACTATAGGAAATGTCCTGTA...TAGAGTAACTGTGGCCAAAAAATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    694 AAAATTCGCCGTGTTTTAATGAATTGCCCAGAGATTGTTACAATTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120769 AAAATTCGCCGTGTTTTAATGAATTGCCCAGAGATTGTTACAATTGGTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    744 AGTCTGGGACTCCGAGCATTCTGACTTGACCGAAGCTGTTGTTCGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120819 AGTCTGGGACTCCGAGCATTCTGACTTGACCGAAGCTGTTGTTCGGAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794 TAGCAACACATCTTTATCTTCCTGGG         CTTTTTTATAGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 120869 TAGCAACACATCTTTATCTTCCTGGGGTA...CAGCTTTTTTATAGAGTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    835 ACTGATGAAAATGCCAAAAATAGTGAACTTAACCTTGTTGGTATGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121971 ACTGATGAAAATGCCAAAAATAGTGAACTTAACCTTGTTGGTATGATCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    885 CTACACCAGCCAACATTATTGTGCCTTTGCATTTCACACCAAAAGTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122021 CTACACCAGCCAACATTATTGTGCCTTTGCATTTCACACCAAAAGTTCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    935 AATGGGTATTTTTTGATGATGCAAATGTGAAAGAG         ATTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122071 AATGGGTATTTTTTGATGATGCAAATGTGAAAGAGGTA...AAGATTGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    976 ACTAGATGGAAAGATGTTGTCTCCAAATGCATTCGATGCCACTTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127567 ACTAGATGGAAAGATGTTGTCTCCAAATGCATTCGATGCCACTTTCAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1026 ACTACTTTTGTTTTATGCAAACCCAGATGGCACAGCAGTTTCTACTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127617 ACTACTTTTGTTTTATGCAAACCCAGATGGCACAGCAGTTTCTACTGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076 ATGCACTCAGGCAGGTCATCAGCTGGTCACATTACAAATCTGTTGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127667 ATGCACTCAGGCAGGTCATCAGCTGGTCACATTACAAATCTGTTGCAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126 AATATGG         GATGTGAAAAGCCTGTAATTCATAAGTCAGATAA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127717 AATATGGGTA...AAGGATGTGAAAAGCCTGTAATTCATAAGTCAGATAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1167 TTTAAAAGAAAATGGATTTGGTGATCAGGCAAAGCAGAGAGAAAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128543 TTTAAAAGAAAATGGATTTGGTGATCAGGCAAAGCAGAGAGAAAATCAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1217 AATTTCCAACTGATAATATTTCATCATCTAATCGGAGCCACAGTCACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128593 AATTTCCAACTGATAATATTTCATCATCTAATCGGAGCCACAGTCACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1267 GGTGTAGGGAAAGGACCAG         CTAAGTTAAGTCACATTGATCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 128643 GGTGTAGGGAAAGGACCAGGTA...CAGCTAAGTTAAGTCACATTGATCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1308 AAGGGAAAAGATAAAAGACATTTCCAGAGAATGTGCTCTGAAAGCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129954 AAGGGAAAAGATAAAAGACATTTCCAGAGAATGTGCTCTGAAAGCTATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1358 AACAGAAAAACTTACTTTCTTCACAAAGGAAAGATTTAGAGAAGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130004 AACAGAAAAACTTACTTTCTTCACAAAGGAAAGATTTAGAGAAGGGACAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1408 AGAAAAGATTTAGGACGACATAGAG         ATTTGGTTGATGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 130054 AGAAAAGATTTAGGACGACATAGAGGTA...AAGATTTGGTTGATGAAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1449 CCTTTCACATTTCCAATCTGGATCACCTCCTGCCCCAAATGGTTTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131553 CCTTTCACATTTCCAATCTGGATCACCTCCTGCCCCAAATGGTTTTAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1499 AACATGGGAATCCACATCTATATCATAGTCAAGGAAAAGGATCATATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131603 AACATGGGAATCCACATCTATATCATAGTCAAGGAAAAGGATCATATAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1549 CATGACCGAGTTGTACCTCAGAGTCGAGCTTCTGCACAAATAATAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131653 CATGACCGAGTTGTACCTCAGAGTCGAGCTTCTGCACAAATAATAAGTTC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1599 AAGTAAATCCCAGATTCTTGCTCCAGGAGAGAAAATAACTGGCAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131703 AAGTAAATCCCAGATTCTTGCTCCAGGAGAGAAAATAACTGGCAAAGTTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1649 AGAGTGACAATGGCACTGGATATGACACAGACAGCAGCCAAGATTCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131753 AGAGTGACAATGGCACTGGATATGACACAGACAGCAGCCAAGATTCTAGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1699 GATAGAGGAAACAGCTGTGATAGCAGCAGTAAAAGCCGGAACCGAGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131803 GATAGAGGAAACAGCTGTGATAGCAGCAGTAAAAGCCGGAACCGAGGTTG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1749 GAAACCTATGAGAGAAACATTAAATGTTGATAGTATTTTTAGTGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131853 GAAACCTATGAGAGAAACATTAAATGTTGATAGTATTTTTAGTGAAAGTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1799 AAAAAAGACAGCATAGTCCAAGACATAAACCAAATATCAGTAATAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131903 AAAAAAGACAGCATAGTCCAAGACATAAACCAAATATCAGTAATAAGCCT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1849 AAATCTAGCAAGGATCCGAGTTTTAGTAATTGGCCAAAAGAGAATCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131953 AAATCTAGCAAGGATCCGAGTTTTAGTAATTGGCCAAAAGAGAATCCAAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1899 GCAAAAAGGTTTAATGACCATATATGAAGATGAAATGAAGCAGGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132003 GCAAAAAGGTTTAATGACCATATATGAAGATGAAATGAAGCAGGAAATAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1949 GAAGCAGAAGTTCCCTTGAATCTAATGGAAAAGGAGCAGAGAAAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132053 GAAGCAGAAGTTCCCTTGAATCTAATGGAAAAGGAGCAGAGAAAAATAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1999 GGCCTTGTAGAGGGTAAAGTGCATGGTGATAATTGGCAGATGCAAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132103 GGCCTTGTAGAGGGTAAAGTGCATGGTGATAATTGGCAGATGCAAAGGAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2049 TGAGTCTGGATATGAAAGCAGTGATCACATCAGTAATGGTTCTACTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132153 TGAGTCTGGATATGAAAGCAGTGATCACATCAGTAATGGTTCTACTAATT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2099 TGGACTCACCTGTTATCGATGGAAATGGTACAGTAATGGATATCAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132203 TGGACTCACCTGTTATCGATGGAAATGGTACAGTAATGGATATCAGTGGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2149 GTTAAAGAAACAGTATGCTTCAG         TGACCAGATTACGACAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 132253 GTTAAAGAAACAGTATGCTTCAGGTA...TAGTGACCAGATTACGACAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2190 CAACCTAAATAAAGAACGTGGGGACTGTACCTCCCTTCAGAGCCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133891 CAACCTAAATAAAGAACGTGGGGACTGTACCTCCCTTCAGAGCCAACATC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2240 ACTTAGAAG         GCTTTAGAAAAGAACTCAGGAATTTGGAAGCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 133941 ACTTAGAAGGTA...TAGGCTTTAGAAAAGAACTCAGGAATTTGGAAGCA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2281 GGCTATAAATCTCATGAATTCCACCCAGAATCACATTTACAAATAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151438 GGCTATAAATCTCATGAATTCCACCCAGAATCACATTTACAAATAAAAAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2331 TCATTTGATAAAAAG         ATCACATGTACATGAAGACAATGGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 151488 TCATTTGATAAAAAGGTA...CAGATCACATGTACATGAAGACAATGGAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2372 AGTTATTTCCTTCATCCAGTCTACAAATACCCAAGGACCATAATGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152605 AGTTATTTCCTTCATCCAGTCTACAAATACCCAAGGACCATAATGCAAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2422 GAACATATCCACCAGTCAGATGAACAGAAACTTGAAAAACCGAATGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152655 GAACATATCCACCAGTCAGATGAACAGAAACTTGAAAAACCGAATGAATG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2472 CAAATTTTCTGAGTGGCTTAATATAGAAAATTCTGAGAGAACAGGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152705 CAAATTTTCTGAGTGGCTTAATATAGAAAATTCTGAGAGAACAGGTTTGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2522 CTTTTCACGTTGATAACTCTGCTTCTGGGAAGAGAGTGAACAGTAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152755 CTTTTCACGTTGATAACTCTGCTTCTGGGAAGAGAGTGAACAGTAATGAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2572 CCATCTTCATTATGGTCTTCACACCTAAGAACTGTTGGGTTAAAGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152805 CCATCTTCATTATGGTCTTCACACCTAAGAACTGTTGGGTTAAAGCCAGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2622 AACTGCTCCTCTCATCCAGCAACAAAATATCATGGATCAATGTTACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152855 AACTGCTCCTCTCATCCAGCAACAAAATATCATGGATCAATGTTACTTTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2672 AGAACTCTCTATCCACAGAATGTATAATTCGGTCAGCCAGCAGATCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152905 AGAACTCTCTATCCACAGAATGTATAATTCGGTCAGCCAGCAGATCTGAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2722 GGGTGTCAGATGCCAAAACTTTTTTGCCAGAATCTACCACCCCCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152955 GGGTGTCAGATGCCAAAACTTTTTTGCCAGAATCTACCACCCCCTTTGCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2772 ACCAAAGAAATATGCTATAACCAGTGTGCCACAGTCAGAGAAAAGCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153005 ACCAAAGAAATATGCTATAACCAGTGTGCCACAGTCAGAGAAAAGCGAAT

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2822 CTACACCTGATGTCAAACTTACAGAGGTGTTTAAAGCTACCTCTCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153055 CTACACCTGATGTCAAACTTACAGAGGTGTTTAAAGCTACCTCTCATCTT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2872 CCGAAGCACAGTTTAAGTACAGCTTCAGAACCAAGTTTAGAAGTGAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153105 CCGAAGCACAGTTTAAGTACAGCTTCAGAACCAAGTTTAGAAGTGAGTAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2922 ACATATGAATGATGAAAGACATAAAGAAACATTTCAAGTGAGAGAATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153155 ACATATGAATGATGAAAGACATAAAGAAACATTTCAAGTGAGAGAATGTT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2972 TTGGCAACACACCAAACTGTCCATCCAGCTCCTCAACTAACGATTTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153205 TTGGCAACACACCAAACTGTCCATCCAGCTCCTCAACTAACGATTTTCAG

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3022 GCAAACTCAGGTGCCATTGATGCATTTTGCCAACCAGAACTAGACTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153255 GCAAACTCAGGTGCCATTGATGCATTTTGCCAACCAGAACTAGACTCTAT

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3072 TTCTACCTGTCCAAATGAGACAGTTTCATTAACTACCTATTTTTCAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153305 TTCTACCTGTCCAAATGAGACAGTTTCATTAACTACCTATTTTTCAGTTG

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3122 ATAGCTGCATGACGGATACATATAGATTGAAATACCATCAGAGGCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153355 ATAGCTGCATGACGGATACATATAGATTGAAATACCATCAGAGGCCCAAG

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3172 CTCTCTTTTCCAGAGAGCAGTGGCTTTTGTAATAATTCACTATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153405 CTCTCTTTTCCAGAGAGCAGTGGCTTTTGTAATAATTCACTATCT