seq1 = pF1KE1077.tfa, 684 bp
seq2 = pF1KE1077/gi568815578f_49836413.tfa (gi568815578f:49836413_50052138), 215726 bp

>pF1KE1077 684
>gi568815578f:49836413_50052138 (Chr20)

1-140  (100001-100140)   100% ->
141-291  (105149-105299)   100% ->
292-398  (108970-109076)   100% ->
399-513  (109724-109838)   100% ->
514-621  (112836-112943)   100% ->
622-684  (115664-115726)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGCAACAGCGGGACTGCGGGGGTGCTGCGCAGCTGGCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGCAACAGCGGGACTGCGGGGGTGCTGCGCAGCTGGCGGGGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGGCGGAGGCTGACCCCCTAGGACGCTTCACGTGTCCCGTGTGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGGCGGAGGCTGACCCCCTAGGACGCTTCACGTGTCCCGTGTGCTTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGTGTACGAGAAGCCGGTACAGGTGCCCTGCGGACACGT         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100101 AGGTGTACGAGAAGCCGGTACAGGTGCCCTGCGGACACGTGTA...TAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTTGCTCTGCATGCCTGCAGGAATGTCTGAAGCCGAAGAAGCCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105150 TTTTGCTCTGCATGCCTGCAGGAATGTCTGAAGCCGAAGAAGCCTGTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGGTGTGTCGCAGCGCTCTGGCACCTGGCGTCCGAGCCGTGGAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105200 TGGGGTGTGTCGCAGCGCTCTGGCACCTGGCGTCCGAGCCGTGGAGCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGCGGCAGATCGAGAGCACAGAGACTTCTTGCCATGGCTGCCGTAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105250 AGCGGCAGATCGAGAGCACAGAGACTTCTTGCCATGGCTGCCGTAAGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292          TTCTTCCTGTCCAAGATCCGGTCCCACGTGGCTACTTGTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105300 GTA...GAGTTCTTCCTGTCCAAGATCCGGTCCCACGTGGCTACTTGTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAAATACCAGAATTACATCATGGAAGGTGTGAAGGCCACCATTAAGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109011 CAAATACCAGAATTACATCATGGAAGGTGTGAAGGCCACCATTAAGGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATCTCTTCAGCCAAG         GAATGTTCCAAACCGTTACACCTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109061 CATCTCTTCAGCCAAGGTA...CAGGAATGTTCCAAACCGTTACACCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCTTGTCCTTACTGTCCTGAGAAGAACTTTGATCAGGAAGGACTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109749 CCTTGTCCTTACTGTCCTGAGAAGAACTTTGATCAGGAAGGACTTGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACACTGCAAATTATTCCATAGCACGGATACCAAATCTGTG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 109799 ACACTGCAAATTATTCCATAGCACGGATACCAAATCTGTGGTG...AAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTTGTCCGATATGTGCCTCGATGCCCTGGGGAGACCCCAACTACCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112837 TTTGTCCGATATGTGCCTCGATGCCCTGGGGAGACCCCAACTACCGCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCAACTTCAGAGAGCACATCCAGCGCCGGCACCGGTTTTCTTATGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112887 GCCAACTTCAGAGAGCACATCCAGCGCCGGCACCGGTTTTCTTATGACAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTTGTG         GATTATGATGTTGATGAAGAGGACATGATGAATC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112937 TTTTGTGGTA...TAGGATTATGATGTTGATGAAGAGGACATGATGAATC

    700     .    :    .    :    .
    656 AGGTGTTGCAGCGCTCCATCATCGACCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 115698 AGGTGTTGCAGCGCTCCATCATCGACCAG