seq1 = pF1KE1076.tfa, 888 bp
seq2 = pF1KE1076/gi568815587f_57612619.tfa (gi568815587f:57612619_57840242), 227624 bp

>pF1KE1076 888
>gi568815587f:57612619_57840242 (Chr11)

1-189  (100001-100189)   100% ->
190-250  (124990-125050)   100% ->
251-364  (125295-125408)   100% ->
365-441  (125736-125812)   100% ->
442-548  (126046-126152)   100% ->
549-614  (126356-126421)   100% ->
615-744  (126513-126642)   100% ->
745-888  (127481-127624)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTCTTGGCACCTCTAATTGCTCTCGTGTATTCGGTGCCGCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTCTTGGCACCTCTAATTGCTCTCGTGTATTCGGTGCCGCGACT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCACGATGGCTCGCCCAACCTTACTACCTTCTGTCGGCCCTGCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCACGATGGCTCGCCCAACCTTACTACCTTCTGTCGGCCCTGCTCTCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGCCTTCCTACTCGTGAGGAAACTGCCGCCGCTCTGCCACGGTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGCCTTCCTACTCGTGAGGAAACTGCCGCCGCTCTGCCACGGTCTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACCCAACGCGAAGACGGTAACCCGTGTGACTTTGACTGG         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100151 ACCCAACGCGAAGACGGTAACCCGTGTGACTTTGACTGGGTG...CAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAAGTGGAGATCCTGATGTTTCTCAGTGCCATTGTGATGATGAAGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124992 AGAAGTGGAGATCCTGATGTTTCTCAGTGCCATTGTGATGATGAAGAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCAGATCCA         TCACTGTGGAGCAACATATAGGCAACATTTTC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125042 GCAGATCCAGTA...CAGTCACTGTGGAGCAACATATAGGCAACATTTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGTTTAGTAAAGTGGCCAACACAATTCTTTTCTTCCGCTTGGATATTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125327 ATGTTTAGTAAAGTGGCCAACACAATTCTTTTCTTCCGCTTGGATATTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATGGGCCTACTTTACATCACACTCTGCATAG         TGTTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125377 CATGGGCCTACTTTACATCACACTCTGCATAGGTG...TAGTGTTCCTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGACGTGCAAACCCCCCCTATATATGGGCCCTGAGTATATCAAGTACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125745 TGACGTGCAAACCCCCCCTATATATGGGCCCTGAGTATATCAAGTACTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AATGATAAAACCATTGAT         GAGGAACTAGAACGGGACAAGAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 125795 AATGATAAAACCATTGATGTG...CAGGAGGAACTAGAACGGGACAAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTCACTTGGATTGTGGAGTTCTTTGCCAATTGGTCTAATGACTGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126069 GGTCACTTGGATTGTGGAGTTCTTTGCCAATTGGTCTAATGACTGCCAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CATTTGCCCCTATCTATGCTGACCTCTCCCTTAA         ATACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126119 CATTTGCCCCTATCTATGCTGACCTCTCCCTTAAGTG...CAGATACAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TGTACAGGGCTAAATTTTGGGAAGGTGGATGTTGGACGCTATACTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126363 TGTACAGGGCTAAATTTTGGGAAGGTGGATGTTGGACGCTATACTGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAGTACGCG         GTACAAAGTGAGCACATCACCCCTCACCAAGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 126413 TAGTACGCGGTA...CAGGTACAAAGTGAGCACATCACCCCTCACCAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AACTCCCTACCCTGATCCTGTTCCAAGGTGGCAAGGAGGCAATGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126545 AACTCCCTACCCTGATCCTGTTCCAAGGTGGCAAGGAGGCAATGCGGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCACAGATTGACAAGAAAGGACGGGCTGTCTCATGGACCTTCTCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 126595 CCACAGATTGACAAGAAAGGACGGGCTGTCTCATGGACCTTCTCTGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745        GAGAATGTGATCCGAGAATTTAACTTAAATGAGCTATACCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126645 A...CAGGAGAATGTGATCCGAGAATTTAACTTAAATGAGCTATACCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGCCAAGAAACTATCAAAGGCTGGAGACAATATCCCTGAGGAGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127524 GGGCCAAGAAACTATCAAAGGCTGGAGACAATATCCCTGAGGAGCAGCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTGGCTTCAACCCCCACCACAGTGTCAGATGGGGAAAACAAGAAGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127574 GTGGCTTCAACCCCCACCACAGTGTCAGATGGGGAAAACAAGAAGGATAA

    950 
    888 A
        |
 127624 A