seq1 = pF1KE1074.tfa, 2130 bp
seq2 = pF1KE1074/gi568815596f_206666694.tfa (gi568815596f:206666694_206891799), 225106 bp

>pF1KE1074 2130
>gi568815596f:206666694_206891799 (Chr2)

1-777  (100001-100777)   100% ->
778-881  (103398-103501)   100% ->
882-990  (104489-104597)   100% ->
991-1114  (105201-105324)   100% ->
1115-1254  (105488-105627)   100% ->
1255-1427  (107532-107704)   100% ->
1428-1594  (120040-120206)   100% ->
1595-1813  (121244-121462)   100% ->
1814-1898  (122126-122210)   100% ->
1899-2013  (123879-123993)   100% ->
2014-2130  (124990-125106)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGACAACTTTGAAGCCATTTGGAAGTGTTTCAGTGGAGAGCAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTGACAACTTTGAAGCCATTTGGAAGTGTTTCAGTGGAGAGCAAAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATAACAAAGCGGGCTCCTTTTTCTGGAACCTTAGACAATTCAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATAACAAAGCGGGCTCCTTTTTCTGGAACCTTAGACAATTCAGTACAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGTTTCAACAAGCAGAACTATGAGGCTATGTTGTTTGGGACTTTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGTTTCAACAAGCAGAACTATGAGGCTATGTTGTTTGGGACTTTGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCAAAAATAGTTCATTCAAACTGGAACATTTTAAATAACTTTCATAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCAAAAATAGTTCATTCAAACTGGAACATTTTAAATAACTTTCATAACAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AATGCAATCAACTGATATCATTAGATATCTCTTTCAGGATGCATTCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AATGCAATCAACTGATATCATTAGATATCTCTTTCAGGATGCATTCATTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTAAATCAGATGTTGGCTTTCAAACAAAGGGCATAAGCACTCTAACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTAAATCAGATGTTGGCTTTCAAACAAAGGGCATAAGCACTCTAACAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTTAGAATTGAAAGACTACTTTATGCTAAAAGACTGTTTTTTGACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTTAGAATTGAAAGACTACTTTATGCTAAAAGACTGTTTTTTGACTCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGTCTCTTGTCCCTGTTGATAAATCTGATGATGAATTGAAGAAAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGTCTCTTGTCCCTGTTGATAAATCTGATGATGAATTGAAGAAAGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACCTTAATCATGAAGTCTCCAATGAAGATGTTCTTACCAAGGAAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACCTTAATCATGAAGTCTCCAATGAAGATGTTCTTACCAAGGAAACAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCAAACCGTATCAGCAGTAGAAAACTGTCTGAGGAATGTAATTCCCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCAAACCGTATCAGCAGTAGAAAACTGTCTGAGGAATGTAATTCCCTGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGATGTGTTAGATGCATTTTCAAAAGCGCCCACATTTCCTAGTAGCAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGATGTGTTAGATGCATTTTCAAAAGCGCCCACATTTCCTAGTAGCAACT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATTTCACAGCAATGTGGACAATTGCCAAAAGACTGTCTGATGACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 ATTTCACAGCAATGTGGACAATTGCCAAAAGACTGTCTGATGACCAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCTTTGAAAAACGACTGATGTTTAGCCACCCTGCATTTAATCAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCTTTGAAAAACGACTGATGTTTAGCCACCCTGCATTTAATCAGCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TGAACATATGATGAGAGAAGCCAAGATCATGCAGTATAAGTACCTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TGAACATATGATGAGAGAAGCCAAGATCATGCAGTATAAGTACCTACTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TCAGTCTTCACGCCATAGTGAAGCTTGGAATCCCTCAGAACACTATTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TCAGTCTTCACGCCATAGTGAAGCTTGGAATCCCTCAGAACACTATTTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GTGCAGACTTTGCTGAGGGTGACCCAG         GAACGTATCAATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100751 GTGCAGACTTTGCTGAGGGTGACCCAGGTA...TAGGAACGTATCAATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTGTGATGAGATATGCCTTTCAGTTTTGTCAACTGTTTTAGAGGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103412 GTGTGATGAGATATGCCTTTCAGTTTTGTCAACTGTTTTAGAGGCAATGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 AACCATGCAAGAATGTTCATGTTCTACGAACGGGATTCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103462 AACCATGCAAGAATGTTCATGTTCTACGAACGGGATTCAGGTG...CAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 ATACTAGTTGATCAGCAAGTTTGGAAAATAGAAGATGTCTTCACATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104490 ATACTAGTTGATCAGCAAGTTTGGAAAATAGAAGATGTCTTCACATTACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGTTGTGATGAAGTGTATTGGAAAAGATGCACCGATTGCTCTTAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104540 AGTTGTGATGAAGTGTATTGGAAAAGATGCACCGATTGCTCTTAAGAGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AACTGGAG         ATGAAAGCCTTGAGGGAATTAGACAGATTTTCT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104590 AACTGGAGGTA...TAGATGAAAGCCTTGAGGGAATTAGACAGATTTTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 GTTTTGAATAGCCAACACATGTTTGAAGTACTAGCTGCCATGAATCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105234 GTTTTGAATAGCCAACACATGTTTGAAGTACTAGCTGCCATGAATCACCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ATCTCTTATACTCCTGGATGAATGCAGTAAGGTGGTCCTAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 105284 ATCTCTTATACTCCTGGATGAATGCAGTAAGGTGGTCCTAGGTA...AAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 ATAATATCCATGGGTGTCCTTTAAGAATAATGATCAACATATTGCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105488 ATAATATCCATGGGTGTCCTTTAAGAATAATGATCAACATATTGCAGTCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 TGCAAAGACCTCCAGTACCATAATTTGGATCTCTTCAAGGGACTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105538 TGCAAAGACCTCCAGTACCATAATTTGGATCTCTTCAAGGGACTTGCAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 TTATGTGGCTGCAACTTTCGACATCTGGAAGTTCAGAAAA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105588 TTATGTGGCTGCAACTTTCGACATCTGGAAGTTCAGAAAAGTG...AAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TTCTTTTTATCCTCATTTTATTTGAAAACCTTGGCTTTCGACCTGTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107533 TTCTTTTTATCCTCATTTTATTTGAAAACCTTGGCTTTCGACCTGTTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1306 TTAATGGACCTGTTTATGAAGAGAATAGTAGAGGATCCTGAATCCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107583 TTAATGGACCTGTTTATGAAGAGAATAGTAGAGGATCCTGAATCCCTAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1356 CATGAAAAACATTCTATCTATTCTTCATACTTACTCTTCTCTCAATCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107633 CATGAAAAACATTCTATCTATTCTTCATACTTACTCTTCTCTCAATCATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TCTACAAATGCCAGAACAAAGA         ACAGTTCGTGGAAGTTATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 107683 TCTACAAATGCCAGAACAAAGAGTA...CAGACAGTTCGTGGAAGTTATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 GCTAGTGCTCTGACTGGTTATCTTCACACTATTTCTTCTGAAAACTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120059 GCTAGTGCTCTGACTGGTTATCTTCACACTATTTCTTCTGAAAACTTATT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1497 GGATGCAGTATATTCATTTTGCTTGATGAATTACTTTCCCCTGGCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120109 GGATGCAGTATATTCATTTTGCTTGATGAATTACTTTCCCCTGGCTCCTT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 TTAATCAGCTTCTGCAAAAAGACATCATCAGTGAGCTGCTGACATCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 120159 TTAATCAGCTTCTGCAAAAAGACATCATCAGTGAGCTGCTGACATCAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1595        ATGACATGAAGAATGCTTACAAGCTGCATACTTTGGATACTTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120209 A...TAGATGACATGAAGAATGCTTACAAGCTGCATACTTTGGATACTTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1638 TCTAAAACTTGATGATACTGTCTATCTGAGGGACATAGCCTTGTCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121287 TCTAAAACTTGATGATACTGTCTATCTGAGGGACATAGCCTTGTCACTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1688 CACAGCTGCCGCGGGAGCTGCCATCGTCACATACAAATGCAAAGGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121337 CACAGCTGCCGCGGGAGCTGCCATCGTCACATACAAATGCAAAGGTGGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1738 GAGGTGCTGAGCAGCCTTCTGGGAGGTGAAGGACACTTCTCAAAGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121387 GAGGTGCTGAGCAGCCTTCTGGGAGGTGAAGGACACTTCTCAAAGGATGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 GCACTTGCCACACAATTATCATATTG         ATTTTGAAATCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 121437 GCACTTGCCACACAATTATCATATTGGTA...CAGATTTTGAAATCAGAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1829 TGGACACTAACAGGAATCAAGTGCTACCACTTTCTGATGTGGATACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122141 TGGACACTAACAGGAATCAAGTGCTACCACTTTCTGATGTGGATACAACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 TCTGCTACAGATATTCAAAG         AGTAGCTGTGCTATGTGTTTC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122191 TCTGCTACAGATATTCAAAGGTT...CAGAGTAGCTGTGCTATGTGTTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 CAGATCTGCTTATTGTTTGGGTTCAAGCCACCCCAGAGGATTCCTTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123900 CAGATCTGCTTATTGTTTGGGTTCAAGCCACCCCAGAGGATTCCTTGCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TGAAAATGCGGCATTTGAATGCAATGGGTTTTCATGTGATCTTG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 123950 TGAAAATGCGGCATTTGAATGCAATGGGTTTTCATGTGATCTTGGTG...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2014    GTCAATAACTGGGAGATGGACAAACTAGAGATGGAAGATGCAGTCAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124987 AAGGTCAATAACTGGGAGATGGACAAACTAGAGATGGAAGATGCAGTCAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 ATTTTTGAAGACTAAAATCTATTCAGTAGAAGCTCTTCCTGTTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125037 ATTTTTGAAGACTAAAATCTATTCAGTAGAAGCTCTTCCTGTTGCTGCTG

   2200     .    :    .    :
   2111 TAAATGTGCAAAGCACACAA
        ||||||||||||||||||||
 125087 TAAATGTGCAAAGCACACAA