seq1 = pF1KE1073.tfa, 2433 bp
seq2 = pF1KE1073/gi568815595f_57657652.tfa (gi568815595f:57657652_58027385), 369734 bp

>pF1KE1073 2433
>gi568815595f:57657652_58027385 (Chr3)

1-198  (100001-100198)   100% ->
199-346  (173732-173879)   100% ->
347-419  (183648-183720)   100% ->
420-456  (189546-189582)   100% ->
457-519  (192103-192165)   100% ->
520-615  (200082-200177)   100% ->
616-687  (200437-200508)   100% ->
688-828  (203048-203188)   100% ->
829-966  (204298-204435)   100% ->
967-1135  (206897-207065)   100% ->
1136-1198  (213985-214047)   100% ->
1199-1258  (232390-232449)   100% ->
1259-1339  (238860-238940)   100% ->
1340-1399  (239222-239281)   98% ->
1400-1522  (250233-250355)   100% ->
1523-1597  (251425-251499)   100% ->
1598-1918  (254730-255050)   100% ->
1919-2036  (255507-255624)   100% ->
2037-2208  (259255-259426)   100% ->
2209-2343  (265238-265372)   100% ->
2344-2433  (269645-269734)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTCAGCCTTGGCCATCTTCACTTGCCGCCCGAACTCGCACCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTCAGCCTTGGCCATCTTCACTTGCCGCCCGAACTCGCACCCGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGAGCGTCATGTCTACCTGGACGAGCCCATCAAAATCGGCCGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGAGCGTCATGTCTACCTGGACGAGCCCATCAAAATCGGCCGCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCCGCTGTCGACCAGCGCAGAATAATGCCACTTTTGATTGCAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCCGCTGTCGACCAGCGCAGAATAATGCCACTTTTGATTGCAAAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTATCAAGGAACCACGCTCTCGTCTGGTTTGATCACAAGACGGGCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 CTATCAAGGAACCACGCTCTCGTCTGGTTTGATCACAAGACGGGCAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        TTTTATCTTCAAGACACTAAAAGTAGTAATGGTACTTTTATAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 A...CAGTTTTATCTTCAAGACACTAAAAGTAGTAATGGTACTTTTATAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATAGCCAGAGATTGAGTCGAGGCTCTGAAGAAAGTCCACCATGTGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173775 ATAGCCAGAGATTGAGTCGAGGCTCTGAAGAAAGTCCACCATGTGAAATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTTCCGGTGACATTATCCAGTTTGGAGTAGACGTGACAGAGAATACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173825 CTTTCCGGTGACATTATCCAGTTTGGAGTAGACGTGACAGAGAATACACG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAAG         TTACCCATGGGTGTATTGTTTCCACAATAAAACTTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173875 GAAAGGTA...CAGTTACCCATGGGTGTATTGTTTCCACAATAAAACTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCTACCAGATGGTATGGAAGCCCGGCTCCGCTCAGA         TGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 183684 TTCTACCAGATGGTATGGAAGCCCGGCTCCGCTCAGAGTG...CAGTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCCATGCACCATTACCAAGTCCTGTTGACAAA         GTTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 189550 ATCCATGCACCATTACCAAGTCCTGTTGACAAAGTA...TAGGTTGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAACACTCCAAGTATGTACTCTCAGGAACTATTCCAGCTTTCTCAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192111 TAACACTCCAAGTATGTACTCTCAGGAACTATTCCAGCTTTCTCAGTATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TACAG         GAGGCCTTACATCGGGAACAAATGTTGGAACAGAAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192161 TACAGGTA...TAGGAGGCCTTACATCGGGAACAAATGTTGGAACAGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTAGCCACGCTTCAGCGGCTACTAGCCATCACCCAAGAGGCTTCAGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200118 TTAGCCACGCTTCAGCGGCTACTAGCCATCACCCAAGAGGCTTCAGATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGTTGGCAG         GCTTTAATAGATGAAGATAGACTCTTATCAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 200168 CAGTTGGCAGGTA...TAGGCTTTAATAGATGAAGATAGACTCTTATCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GGTTAGAAGTTATGGGAAACCAATTACAGGCATGCTCCAAA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 200468 GGTTAGAAGTTATGGGAAACCAATTACAGGCATGCTCCAAAGTA...TAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AATCAAACAGAAGATAGTTTACGAAAGGAACTTATAGCATTACAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203048 AATCAAACAGAAGATAGTTTACGAAAGGAACTTATAGCATTACAAGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAACATAACTATGAGACAACAGCCAAAGAGTCCCTGAGGCGGGTTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203098 TAAACATAACTATGAGACAACAGCCAAAGAGTCCCTGAGGCGGGTTCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGGAGAAAATTGAAGTGGTTAGAAAACTTTCAGAAGTTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 203148 AGGAGAAAATTGAAGTGGTTAGAAAACTTTCAGAAGTTGAGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CGAAGTCTGAGTAATACTGAAGATGAATGTACCCATCTGAAAGAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204298 CGAAGTCTGAGTAATACTGAAGATGAATGTACCCATCTGAAAGAAATGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGAAAGGACTCAGGAAGAATTAAGAGAATTAGCCAACAAATATAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204348 TGAAAGGACTCAGGAAGAATTAAGAGAATTAGCCAACAAATATAATGGAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CAGTTAATGAGATTAAAGATTTATCTGATAAATTAAAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 204398 CAGTTAATGAGATTAAAGATTTATCTGATAAATTAAAGGTA...TAGGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCAGAGGGAAAACAAGAGGAAATCCAACAGAAGGGACAGGCTGAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206900 GCAGAGGGAAAACAAGAGGAAATCCAACAGAAGGGACAGGCTGAGAAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAATTACAACATAAAATAGATGAAATGGAAGAAAAAGAACAGGAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 206950 AGAATTACAACATAAAATAGATGAAATGGAAGAAAAAGAACAGGAGCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AGGCAAAAATAGAAGCTTTGCAAGCTGATAATGATTTCACCAATGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 207000 AGGCAAAAATAGAAGCTTTGCAAGCTGATAATGATTTCACCAATGAAAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CTAACAGCTTTACAAG         AGCACTTGCTTTCAAAGAGTGGCGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 207050 CTAACAGCTTTACAAGGTA...TAGAGCACTTGCTTTCAAAGAGTGGCGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GGACTGCACTTTTATTCATCAATTCATAGAATGCCAGA         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 214010 GGACTGCACTTTTATTCATCAATTCATAGAATGCCAGAGTG...CAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 AGCTGATCGTCGAAGGGCATCTAACCAAAGCGGTAGAAGAAACAAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232393 AGCTGATCGTCGAAGGGCATCTAACCAAAGCGGTAGAAGAAACAAAGCTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 TCAAAAG         AAAATCAGACAAGAGCAAAAGAATCTGATTTTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232443 TCAAAAGGTT...TAGAAAATCAGACAAGAGCAAAAGAATCTGATTTTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGATACTCTGAGTCCAAGCAAGGAAAAAAGCAGTGACGACACTACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 238894 AGATACTCTGAGTCCAAGCAAGGAAAAAAGCAGTGACGACACTACAGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1340       ATGCCCAAATGGATGAGCAAGACCTAAATGAGCCTCTTGCCAAA
        ...>>>| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 238944 ...TAGACGCCCAAATGGATGAGCAAGACCTAAATGAGCCTCTTGCCAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GTGTCCCTTTTAAAAG         ATGACTTGCAGGGTGCACAGTCAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 239266 GTGTCCCTTTTAAAAGGTA...CAGATGACTTGCAGGGTGCACAGTCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425 AATTGAGGCAAAGCAAGAAATACAGCATCTTCGAAAGGAATTGATCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250258 AATTGAGGCAAAGCAAGAAATACAGCATCTTCGAAAGGAATTGATCGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1475 CCCAGGAGCTAGCTAGAACAAGTAAACAAAAATGCTTTGAACTTCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 250308 CCCAGGAGCTAGCTAGAACAAGTAAACAAAAATGCTTTGAACTTCAAGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1523        CTCTTTTGGAAGAAGAAAGAAAAGCCTATCGAAATCAAGTTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250358 G...TAGCTCTTTTGGAAGAAGAAAGAAAAGCCTATCGAAATCAAGTTGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 GGAATCCACTAAACAAATACAGGTTCTTCAAG         CCCAATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 251468 GGAATCCACTAAACAAATACAGGTTCTTCAAGGTA...CAGCCCAATTGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1607 AGAGGTTACACATCGATACTGAGAATCTCCGGGAGGAGAAGGACAGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254739 AGAGGTTACACATCGATACTGAGAATCTCCGGGAGGAGAAGGACAGTGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1657 ATCACAAGTACTAGAGATGAATTGCTTAGTGCCCGAGATGAAATTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254789 ATCACAAGTACTAGAGATGAATTGCTTAGTGCCCGAGATGAAATTTTGCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CCTTCATCAAGCAGCAGCAAAGGTTGCCTCTGAGCGGGACACTGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254839 CCTTCATCAAGCAGCAGCAAAGGTTGCCTCTGAGCGGGACACTGACATTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 CTTCTTTACAAGAAGAGCTTAAGAAGGTGAGAGCTGAGCTTGAGCGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254889 CTTCTTTACAAGAAGAGCTTAAGAAGGTGAGAGCTGAGCTTGAGCGGTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 CGGAAAGCAGCGTCTGAATATGAGAAAGAAATCACAAGTCTGCAAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254939 CGGAAAGCAGCGTCTGAATATGAGAAAGAAATCACAAGTCTGCAAAACAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TTTTCAGCTTAGATGTCAACAGTGTGAGGACCAGCAGAGAGAAGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 254989 TTTTCAGCTTAGATGTCAACAGTGTGAGGACCAGCAGAGAGAAGAAGCAA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 CAAGGTTGCAAG         GTGAACTAGAGAAGTTGAGAAAGGAATGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 255039 CAAGGTTGCAAGGTG...TAGGTGAACTAGAGAAGTTGAGAAAGGAATGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 AATGCATTGGAAACCGAATGCCATTCTCTAAAAAGGGAAAATGTTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255536 AATGCATTGGAAACCGAATGCCATTCTCTAAAAAGGGAAAATGTTTTGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 ATCATCAGAACTGCAACGGCAAGAAAAAGAATTGCACAA         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 255586 ATCATCAGAACTGCAACGGCAAGAAAAAGAATTGCACAAGTA...CAGTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 CTCAGAAGCAGAGTTTAGAGCTTACCAGTGATCTCAGCATCCTTCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259257 CTCAGAAGCAGAGTTTAGAGCTTACCAGTGATCTCAGCATCCTTCAAATG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 TCTAGGAAAGAACTTGAGAATCAAGTGGGATCCTTGAAAGAACAGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259307 TCTAGGAAAGAACTTGAGAATCAAGTGGGATCCTTGAAAGAACAGCATCT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 TCGGGATTCAGCTGATTTAAAAACTCTTCTCAGTAAGGCAGAAAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 259357 TCGGGATTCAGCTGATTTAAAAACTCTTCTCAGTAAGGCAGAAAACCAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 CAAAGGATGTGCAGAAAGAG         TATGAAAAGACACAGACTGTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 259407 CAAAGGATGTGCAGAAAGAGGTA...TAGTATGAAAAGACACAGACTGTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 CTCTCAGAACTGAAGTTGAAGTTTGAAATGACTGAGCAGGAAAAGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265259 CTCTCAGAACTGAAGTTGAAGTTTGAAATGACTGAGCAGGAAAAGCAGTC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 AATCACAGATGAGCTCAAACAGTGTAAAAACAACCTGAAGCTGCTCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 265309 AATCACAGATGAGCTCAAACAGTGTAAAAACAACCTGAAGCTGCTCCGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2330 AGAAAGGAAATAAT         AAACCCTGGCCCTGGATGCCCATGTTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 265359 AGAAAGGAAATAATGTA...CAGAAACCCTGGCCCTGGATGCCCATGTTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 GCTGCCCTGGTTGCAGTAACAGCCATCGTGCTGTACGTGCCAGGTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 269672 GCTGCCCTGGTTGCAGTAACAGCCATCGTGCTGTACGTGCCAGGTCTGGC

   2600     .    :
   2421 CAGAGCTTCTCCA
        |||||||||||||
 269722 CAGAGCTTCTCCA