seq1 = pF1KE1071.tfa, 2295 bp
seq2 = pF1KE1071/gi568815575r_115013219.tfa (gi568815575r:115013219_115334041), 320823 bp

>pF1KE1071 2295
>gi568815575r:115013219_115334041 (ChrX)

(complement)

1-349  (100001-100349)   100% ->
350-494  (145672-145816)   100% ->
495-621  (149505-149631)   100% ->
622-727  (154291-154396)   100% ->
728-864  (154479-154615)   100% ->
865-998  (163610-163743)   100% ->
999-1086  (167700-167787)   100% ->
1087-1198  (168090-168201)   100% ->
1199-1296  (168387-168484)   100% ->
1297-1355  (168579-168637)   100% ->
1356-1463  (170259-170366)   100% ->
1464-1529  (177375-177440)   100% ->
1530-1578  (183972-184020)   100% ->
1579-1695  (184099-184215)   100% ->
1696-1740  (203843-203887)   100% ->
1741-1791  (207149-207199)   100% ->
1792-1849  (210040-210097)   100% ->
1850-1962  (210850-210962)   100% ->
1963-2100  (211145-211282)   100% ->
2101-2178  (211438-211515)   100% ->
2179-2295  (220707-220823)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGAGTCAGGGAGGAGGCGGTAACAGTGGGGGCGGCGGTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGAGTCAGGGAGGAGGCGGTAACAGTGGGGGCGGCGGTTGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGAGGTGGAAGTAGCGGTGGCTGTGGCACGGCTGGAGGGGGAGGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGAGGTGGAAGTAGCGGTGGCTGTGGCACGGCTGGAGGGGGAGGTGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCTGGAGGGGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGGACCCTGGTGGTCCCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCTGGAGGGGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGGACCCTGGTGGTCCCCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGTACCGACTCTTTTCGGTCAGCCGTTCCCCAACGGGCCGCCGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGTACCGACTCTTTTCGGTCAGCCGTTCCCCAACGGGCCGCCGTGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGGGGAGCCTGCAGCCTCAGCACACCGTGAGGAGCCTGGACCGGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGGGGAGCCTGCAGCCTCAGCACACCGTGAGGAGCCTGGACCGGGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGAAGAGGCGGGCAGCTCCGGCATCCTGAGCCTCAGTGGTCGGAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGAAGAGGCGGGCAGCTCCGGCATCCTGAGCCTCAGTGGTCGGAAACTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGAGACTTCCCGGGCAGCGGCTACGACCTGACGGACACCACCCAAGCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100301 CGAGACTTCCCGGGCAGCGGCTACGACCTGACGGACACCACCCAAGCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350         ATCTTTCCAGAAATCGTTTTACAGAAATTCCTTCTGATGTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TG...CAGATCTTTCCAGAAATCGTTTTACAGAAATTCCTTCTGATGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGTTATTTGCACCCCTTGAAACATTAAATTTATATCATAATTGCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145714 GGTTATTTGCACCCCTTGAAACATTAAATTTATATCATAATTGCATCAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ACCATTCCTGAAGCCATTAAAAATCTGCAGATGTTAACATACCTTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145764 ACCATTCCTGAAGCCATTAAAAATCTGCAGATGTTAACATACCTTAACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TAG         CCGAAATCTTTTATCAACATTGCCAAAATACCTATTTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145814 TAGGTA...CAGCCGAAATCTTTTATCAACATTGCCAAAATACCTATTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCTTCCCCTTAAAGTTTTGGTCGTCAGTAATAATAAACTGGTATCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149543 ATCTTCCCCTTAAAGTTTTGGTCGTCAGTAATAATAAACTGGTATCCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCAGAAGAAATTGGGAAGTTAAAAGATTTAATGGAATTG         GA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 149593 CCAGAAGAAATTGGGAAGTTAAAAGATTTAATGGAATTGGTG...TAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TATTAGCTGCAATGAGATTCAAGTCCTTCCCCAACAAATGGGAAAATTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154293 TATTAGCTGCAATGAGATTCAAGTCCTTCCCCAACAAATGGGAAAATTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATTCACTTAGAGAGCTAAATATAAGAAGAAATAATCTTCATGTTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154343 ATTCACTTAGAGAGCTAAATATAAGAAGAAATAATCTTCATGTTTTGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GATG         AATTAGGAGACCTTCCCTTAGTCAAGCTGGATTTCTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154393 GATGGTA...CAGAATTAGGAGACCTTCCCTTAGTCAAGCTGGATTTCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TTGTAATAAAGTGACCGAAATTCCAGTTTGTTACAGAAAGCTGCATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154516 TTGTAATAAAGTGACCGAAATTCCAGTTTGTTACAGAAAGCTGCATCATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TACAAGTAATAATTTTGGATAACAATCCATTGCAAGTACCACCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154566 TACAAGTAATAATTTTGGATAACAATCCATTGCAAGTACCACCAGCACAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865          ATATGTTTAAAGGGTAAGGTGCACATATTTAAGTACTTAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154616 GTT...CAGATATGTTTAAAGGGTAAGGTGCACATATTTAAGTACTTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TATTCAAGCATGTTGCAGAATGGATAAGAAACCAGATTCCCTGGATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163651 TATTCAAGCATGTTGCAGAATGGATAAGAAACCAGATTCCCTGGATCTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CATCATTGAGTAAACGAATGCCCTCACAGCCTCTCACAGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 163701 CATCATTGAGTAAACGAATGCCCTCACAGCCTCTCACAGACAGGTA...T

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    999   TATGGAAGATTTTTATCCAAATAAAAATCATGGCCCTGACTCTGGAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167698 AGTATGGAAGATTTTTATCCAAATAAAAATCATGGCCCTGACTCTGGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGAAGTGATAATGGAGAGAAACGATTATCCACAACAGAA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 167748 TGGAAGTGATAATGGAGAGAAACGATTATCCACAACAGAAGTG...TAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CATCAGATGATGACACAGTCAGCCTTCATTCTCAAGTCTCAGAATCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168091 CATCAGATGATGACACAGTCAGCCTTCATTCTCAAGTCTCAGAATCAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AGAGAGCAGACATCAAGAAATGACAGTCACATAATAGGAAGTAAGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168141 AGAGAGCAGACATCAAGAAATGACAGTCACATAATAGGAAGTAAGACTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TTCTCAGAAAG         ACCAGGAGGTATATGATTTTGTTGACCCCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 168191 TTCTCAGAAAGGTA...TAGACCAGGAGGTATATGATTTTGTTGACCCCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACACAGAAGATGTAGCAGTTCCTGAACAGGGAAATGCACATATTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168417 ACACAGAAGATGTAGCAGTTCCTGAACAGGGAAATGCACATATTGGATCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TTTGTATCATTCTTTAAG         GGAAAAGAAAAATGTTCTGAAAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 168467 TTTGTATCATTCTTTAAGGTA...AAGGGAAAAGAAAAATGTTCTGAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATCTCGGAAAAATGAAGAATTAGGAGATGAAAAAAG         ACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 168602 ATCTCGGAAAAATGAAGAATTAGGAGATGAAAAAAGGTA...CAGACTTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AGAAAGAACAGTTACTGGCAGAGGAAGAGGATGATGATTTGAAGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170264 AGAAAGAACAGTTACTGGCAGAGGAAGAGGATGATGATTTGAAGGAAGTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ACTGATTTGAGGAAAATAGCTGCTCAGTTATTGCAGCAAGAACAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170314 ACTGATTTGAGGAAAATAGCTGCTCAGTTATTGCAGCAAGAACAGAAGAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAG         GATTCTTAATCATTCAACTTCTGTGATGAGAAACAAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170364 CAGGTA...TAGGATTCTTAATCATTCAACTTCTGTGATGAGAAACAAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 CAAAACAAACTGTGGAATGTGAAAAGAG         TGTCTCAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 177413 CAAAACAAACTGTGGAATGTGAAAAGAGGTA...TAGTGTCTCAGCAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAAGTTAATTCACCATTATCACCCCTCACCTGGCAG         CCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 183985 GAAGTTAATTCACCATTATCACCCCTCACCTGGCAGGTA...TAGCCCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 AGAAAATCAGAAGGATCAAATAGATGAACAACCGTGGCCAGAATCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184104 AGAAAATCAGAAGGATCAAATAGATGAACAACCGTGGCCAGAATCTCACC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 CTATAATCTGGCAGAGTGAAGAAAGGAGGCGGAGCAAACAGATTAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184154 CTATAATCTGGCAGAGTGAAGAAAGGAGGCGGAGCAAACAGATTAGAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GAATATTTCAAG         TATAAATCAATGAGGAAGAGTTCAAGTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 184204 GAATATTTCAAGGTA...CAGTATAAATCAATGAGGAAGAGTTCAAGTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CAATGAAAATGATGAG         CAAGACAGTGATAATGCTAATATGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 203872 CAATGAAAATGATGAGGTG...TAGCAAGACAGTGATAATGCTAATATGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 CAACACAATCTCCAGTATCATCTGAG         GAATATGACAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 207174 CAACACAATCTCCAGTATCATCTGAGGTA...TAGGAATATGACAGAACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GATGGTTTTTCACACAGTCCCTTTGGCTTGAAGCCTAGATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 210055 GATGGTTTTTCACACAGTCCCTTTGGCTTGAAGCCTAGATCAGGTA...T

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1850   CTTTTAGCCGCTCATCTCGCCAAGAATATGGGGCAGCAGATCCAGGAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210848 AGCTTTTAGCCGCTCATCTCGCCAAGAATATGGGGCAGCAGATCCAGGAT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 TTACAATGAGAAGAAAGATGGAACATTTACGGGAAGAGCGAGAGCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210898 TTACAATGAGAAGAAAGATGGAACATTTACGGGAAGAGCGAGAGCAAATA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 CGACAACTTCGCAAC         AATCTTGAATCCAGGTTAAAAGTAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 210948 CGACAACTTCGCAACGTA...TAGAATCTTGAATCCAGGTTAAAAGTAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 TTTGCCTGATGACATTGGAGCTGCACTGATGGATGGGGTTGTTCTTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211171 TTTGCCTGATGACATTGGAGCTGCACTGATGGATGGGGTTGTTCTTTGCC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 ATTTAGCCAATCATATAAGGCCACGTTCTGTTGCTAGTATTCATGTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211221 ATTTAGCCAATCATATAAGGCCACGTTCTGTTGCTAGTATTCATGTACCA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2089 TCACCAGCAGTG         CCCAAACTGAGCATGGCAAAATGTCGAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 211271 TCACCAGCAGTGGTA...CAGCCCAAACTGAGCATGGCAAAATGTCGAAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2130 AAATGTAGAAAATTTTCTTGATGCTTGTAAAAAGTTGGGTGTCTCACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 211467 AAATGTAGAAAATTTTCTTGATGCTTGTAAAAAGTTGGGTGTCTCACAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179         GAAAGACTTTGTTTGCCTCATCATATTTTGGAAGAACGAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211517 TA...CAGGAAAGACTTTGTTTGCCTCATCATATTTTGGAAGAACGAGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2221 CTTGTGAAAGTTGGTGTCACAGTTCAGGCGCTCCTTGAATTACCAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220749 CTTGTGAAAGTTGGTGTCACAGTTCAGGCGCTCCTTGAATTACCAACAAC

   2450     .    :    .    :    .
   2271 CAAGGCATCTCAGCTTTCTGTGGCT
        |||||||||||||||||||||||||
 220799 CAAGGCATCTCAGCTTTCTGTGGCT