seq1 = pF1KE1068.tfa, 1731 bp
seq2 = pF1KE1068/gi568815580f_36729139.tfa (gi568815580f:36729139_37322224), 593086 bp

>pF1KE1068 1731
>gi568815580f:36729139_37322224 (Chr18)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-94  (105182-105217)   100% ->
95-237  (106096-106238)   98% ->
238-332  (115070-115164)   100% ->
333-448  (156419-156534)   100% ->
449-576  (230170-230297)   100% ->
577-1232  (337752-338407)   99% ->
1233-1414  (431062-431243)   100% ->
1415-1523  (443835-443943)   100% ->
1524-1731  (492879-493086)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGTGGCGGGCCCCTCCCGCCCCAGTGCCGCGGCGTTCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGTGGCGGGCCCCTCCCGCCCCAGTGCCGCGGCGTTCTGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGACT         TTTCTGATGAAGAACAATCAGTAGTATACGTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGACTGTA...TAGTTTCTGATGAAGAACAATCAGTAGTATACGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAG         GAATTTCTGCTGAAGGAAATGTCAGATCAAGACACAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105215 CAGGTA...TAGGAATTTCTGCTGAAGGAAATGTCAGATCAAGACACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CTGATGAGTCCAAAAGCTGATGTTAAACTTAAGACTTCCAGGGTGACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106134 CTGATGAGTCCAAAAGCTGATGTTAAACTTAAGACTTCCAGGGTGACTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTTCAATCTCCATGGAGTCCTTAAAAGGCACAGGAGATTCAGCAGATG
        || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 106184 TGCTTCAATCTCCATGGAGTCCTTAAAAGGCACAGGAGATTCAGTAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACAG         AATTCCTGCAGGGGAGAAATAAAGAGTGCATCATTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106234 AACAGGTT...AAGAATTCCTGCAGGGGAGAAATAAAGAGTGCATCATTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGGATTTATGTCTTGAAGACAAAAGACGCATTGCAAACTTAATTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115106 AAGGATTTATGTCTTGAAGACAAAAGACGCATTGCAAACTTAATTAAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACTGGCCAG         AGTAAGTGAGGAAAAGGAAGTGACAGAGGAAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115156 ACTGGCCAGGTG...CAGAGTAAGTGAGGAAAAGGAAGTGACAGAGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GACTGAAAGCTGAGCAGGAGTCATTTGAGAAGAAGATCAGGCAGTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156451 GACTGAAAGCTGAGCAGGAGTCATTTGAGAAGAAGATCAGGCAGTTGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAACAGAATGAACTGATCATCAAAGAAAGGGAAG         CTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 156501 GAACAGAATGAACTGATCATCAAAGAAAGGGAAGATA...CACCTCTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCTACAGTATAGAGAATGCCAAGAACTTCTAAGCCTGTATCAGAAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230177 GCTACAGTATAGAGAATGCCAAGAACTTCTAAGCCTGTATCAGAAATATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TATCAGAACAACAGGAGAAGCTCACCATGTCTCTCTCAGAACTTGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230227 TATCAGAACAACAGGAGAAGCTCACCATGTCTCTCTCAGAACTTGGTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTAGAATGCAGGAACAGCAG         GTATCCAGTAGAAAAAGCAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 230277 GCTAGAATGCAGGAACAGCAGGTA...TAGGTATCCAGTAGAAAAAGCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TCTCCAGTGTTCATCTGTGGAACTGGATGGTTCCTACTTGAGCATAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337772 TCTCCAGTGTTCATCTGTGGAACTGGATGGTTCCTACTTGAGCATAGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GACCACAGACCTACTATCAAACCAAGCAAAGACCTAAGTCTGCAGTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337822 GACCACAGACCTACTATCAAACCAAGCAAAGACCTAAGTCTGCAGTCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATTCAGCTTCAGAATCCCTTATAGCATTTAGGAATAATTCTTTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337872 GATTCAGCTTCAGAATCCCTTATAGCATTTAGGAATAATTCTTTGAAACC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGTAACCCTTCATCATCCCAAAGATGATCTAGATAAGATACCATCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337922 AGTAACCCTTCATCATCCCAAAGATGATCTAGATAAGATACCATCAGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CCACAACATGTAATTGTGAATCTCCAGGGAGAAAACCTGCAGTCCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 337972 CCACAACATGTAATTGTGAATCTCCAGGGAGAAAACCTGCAGTCCCAACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAAAATGCCACAAGAAGAATTGCACATGAAGGAATGTCCACATCTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338022 GAGAAAATGCCACAAGAAGAATTGCACATGAAGGAATGTCCACATCTTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCACTCCTAGTCAATGCTGTGGTCATAGACTTGCTGCAGATCGTGTTC
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338072 GCCTACTCCTAGTCAATGCTGTGGTCATAGACTTGCTGCAGATCGTGTTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGACAGCCATCCTACAAACATGACCCCTCAACATCCTAAGACACATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338122 ATGACAGCCATCCTACAAACATGACCCCTCAACATCCTAAGACACATCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAATCATGCAGTTATTGTCGGCTTTCTTGGGCATCTCTGGTGCATGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338172 GAATCATGCAGTTATTGTCGGCTTTCTTGGGCATCTCTGGTGCATGGTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGGGGCACTGCAACCCATTGAAACTTTGAAAAAGCAGATCTCAGAAGATA
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338222 TGGGGCACTGCAACCCATTGAAACTTTGAAAAAGCAGATCTCAGAAGATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GAAAGCAGCAACTGATGCTTCAGAAAATGGAACTGGAAATTGAAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338272 GAAAGCAGCAACTGATGCTTCAGAAAATGGAACTGGAAATTGAAAAGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CGCCTTCAGCATCTGCTGGCCCAGCAGGAGACAAAGCTTCTTCTAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 338322 CGCCTTCAGCATCTGCTGGCCCAGCAGGAGACAAAGCTTCTTCTAAAACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GCAGCAGCTTCACCAGTCTCGACTGGATTACAATTG         TTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 338372 GCAGCAGCTTCACCAGTCTCGACTGGATTACAATTGGTG...CAGTTTAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGAAGTCAAACTGTGATGGCTGGCTGCTTGGAACATCATCATCTATTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431067 TGAAGTCAAACTGTGATGGCTGGCTGCTTGGAACATCATCATCTATTAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AAGCACCAAGACCCCCCAAACAGTGGAGAGAATAGGAAGGAGAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431117 AAGCACCAAGACCCCCCAAACAGTGGAGAGAATAGGAAGGAGAGGAAGAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AGTTGGGTTTCATTCGCATATGAAAGATGATGCCCAGTGGTCATGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 431167 AGTTGGGTTTCATTCGCATATGAAAGATGATGCCCAGTGGTCATGTCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AGAAAGATACATGTAGACCCCAAAGAG         GGACAGTGACAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 431217 AGAAAGATACATGTAGACCCCAAAGAGGTA...TAGGGACAGTGACAGGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTTAGAAAAGATGCGTCTACATCTCCTATGCCAACAGGAAGCCTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443849 GTTAGAAAAGATGCGTCTACATCTCCTATGCCAACAGGAAGCCTAAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 TTTTGTCACCACAGCCTCACCATCATTACAGCACACCACCTCCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 443899 TTTTGTCACCACAGCCTCACCATCATTACAGCACACCACCTCCCGGTA..

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524     GTATGAGACATCTTTGTTGGATTTGGTTCAGTCTCTGAGCCCAAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 443949 .CAGGTATGAGACATCTTTGTTGGATTTGGTTCAGTCTCTGAGCCCAAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TCTGCGCCCAAACCTCAGCGCTATCCCTCCAGAGAAGCTGGGGCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 492925 TCTGCGCCCAAACCTCAGCGCTATCCCTCCAGAGAAGCTGGGGCCTGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TCATGGTACTTTCCGACTCAGTCCTCTAAAATCAACCCGGAAGAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 492975 TCATGGTACTTTCCGACTCAGTCCTCTAAAATCAACCCGGAAGAAGATGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GGATGCACAGAACCCCTGAAGAGTTGGAGGAGAATCAGATTCTGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 493025 GGATGCACAGAACCCCTGAAGAGTTGGAGGAGAATCAGATTCTGGAAGAT

   1800     .    :
   1720 ATATTTTTCATT
        ||||||||||||
 493075 ATATTTTTCATT