seq1 = pF1KE1067.tfa, 1518 bp
seq2 = pF1KE1067/gi568815597f_161970178.tfa (gi568815597f:161970178_162467464), 497287 bp

>pF1KE1067 1518
>gi568815597f:161970178_162467464 (Chr1)

1-105  (100001-100105)   100% ==
177-270  (317166-317259)   100% ->
271-344  (330456-330529)   100% ->
345-453  (362840-362948)   100% ->
454-595  (373658-373799)   100% ->
596-762  (385010-385176)   100% ->
763-939  (386783-386959)   100% ->
940-1105  (395227-395392)   100% ->
1106-1518  (396875-397287)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTAGCAAAACCAAGTACAACCTTGTGGACGATGGGCACGACCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTAGCAAAACCAAGTACAACCTTGTGGACGATGGGCACGACCTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCCCTTGCACAACGAGGACGCCTTCCAGCACGGCATCTGCTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCCCTTGCACAACGAGGACGCCTTCCAGCACGGCATCTGCTTTGAGG

    100     .
    101 CCAAG
        |||||
 100101 CCAAG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    177 GTATGAGTTTAAAGCCAAGAACATCAAGAAGAAGAAAGTGAGCATTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 317166 GTATGAGTTTAAAGCCAAGAACATCAAGAAGAAGAAAGTGAGCATTATGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    227 TTTCAGTGGATGGAGTGAAAGTGATTCTGAAGAAGAAGAAAAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 317216 TTTCAGTGGATGGAGTGAAAGTGATTCTGAAGAAGAAGAAAAAGGTA...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    271    CTTCTTTTATTGCAGAAAAAGGAATGGACGTGGGATGAGAGCAAGAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330453 CAGCTTCTTTTATTGCAGAAAAAGGAATGGACGTGGGATGAGAGCAAGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    318 GCTGGTGATGCAGGACCCCATCTACAG         GATCTTCTATGTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 330503 GCTGGTGATGCAGGACCCCATCTACAGGTA...TAGGATCTTCTATGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    359 CTCATGATTCCCAAGACTTGAAGATCTTCAGCTATATCGCTCGAGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362854 CTCATGATTCCCAAGACTTGAAGATCTTCAGCTATATCGCTCGAGATGGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    409 GCCAGCAATATCTTCAGGTGTAACGTCTTTAAATCCAAGAAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 362904 GCCAGCAATATCTTCAGGTGTAACGTCTTTAAATCCAAGAAGAAGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    454     AGCCAAGCTATGAGAATCGTTCGGACGGTGGGGCAGGCCTTTGAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 362954 .CAGAGCCAAGCTATGAGAATCGTTCGGACGGTGGGGCAGGCCTTTGAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 TCTGCCACAAGCTGAGCCTGCAGCACACGCAGCAGAATGCAGATGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373704 TCTGCCACAAGCTGAGCCTGCAGCACACGCAGCAGAATGCAGATGGCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 GAAGATGGAGAGAGCGAGAGGAACAGCAACAGCTCAGGAGACCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 373754 GAAGATGGAGAGAGCGAGAGGAACAGCAACAGCTCAGGAGACCCAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    596      GCCGCCAGCTCACTGGAGCCGAGAGGGCCTCCACGGCCACTGCAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 373804 ..CAGGCCGCCAGCTCACTGGAGCCGAGAGGGCCTCCACGGCCACTGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    641 AGGAGACTGACATCGATGCGGTGGAGGTCCCACTTCCAGGGAATGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385055 AGGAGACTGACATCGATGCGGTGGAGGTCCCACTTCCAGGGAATGATGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    691 CTGGAATTCAGCCGAGGTGTGACTGATCTAGATGCTGTAGGGAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 385105 CTGGAATTCAGCCGAGGTGTGACTGATCTAGATGCTGTAGGGAAGGAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741 AGGCTCTCACACAGGCTCCAAG         GTTTCGCACCCCCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 385155 AGGCTCTCACACAGGCTCCAAGGTA...CAGGTTTCGCACCCCCAGGAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782 CCATGCTGACAGCCTCACCCAGGATGCTGCTCCCTTCTTCTTCCTCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386802 CCATGCTGACAGCCTCACCCAGGATGCTGCTCCCTTCTTCTTCCTCGAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    832 CCTCCAGGCCTGGGCACAGAGACACCGCTGTCCACTCACCACCAGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386852 CCTCCAGGCCTGGGCACAGAGACACCGCTGTCCACTCACCACCAGATGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    882 GCTCCTCCAGCAGCTCCTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGACACAAGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 386902 GCTCCTCCAGCAGCTCCTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGACACAAGTGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    932 TGGCCCAG         GTACACTTGCTGAAGGACCAGTTGGCTGCTGAG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 386952 TGGCCCAGGTT...CAGGTACACTTGCTGAAGGACCAGTTGGCTGCTGAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    973 GCTGCGGCGCGGCTGGAGGCCCAGGCTCGCGTGCATCAGCTTTTGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395260 GCTGCGGCGCGGCTGGAGGCCCAGGCTCGCGTGCATCAGCTTTTGCTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1023 GAACAAGGACATGCTCCAGCACATCTCCCTGCTGGTCAAGCAGGTGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 395310 GAACAAGGACATGCTCCAGCACATCTCCCTGCTGGTCAAGCAGGTGCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1073 AGCTGGAACTGAAGCTGTCAGGACAGAACGCCA         TGGGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 395360 AGCTGGAACTGAAGCTGTCAGGACAGAACGCCAGTA...CAGTGGGCTCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1114 CAGGACAGCTTGCTGGAGATCACCTTCCGCTCCGGAGCCCTGCCCGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 396883 CAGGACAGCTTGCTGGAGATCACCTTCCGCTCCGGAGCCCTGCCCGTGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1164 CTGTGACCCCACGACCCCTAAGCCAGAGGACCTGCATTCGCCGCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 396933 CTGTGACCCCACGACCCCTAAGCCAGAGGACCTGCATTCGCCGCCGCTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1214 GCGCGGGCTTGGCTGACTTTGCCCACCCTGCGGGCAGCCCCTTAGGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 396983 GCGCGGGCTTGGCTGACTTTGCCCACCCTGCGGGCAGCCCCTTAGGTAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264 CGCGACTGCTTGGTGAAGCTGGAGTGCTTTCGCTTTCTTCCGCCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397033 CGCGACTGCTTGGTGAAGCTGGAGTGCTTTCGCTTTCTTCCGCCCGAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1314 CACCCCGCCCCCAGCGCAGGGCGAGGCGCTCCTGGGCGGTCTGGAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397083 CACCCCGCCCCCAGCGCAGGGCGAGGCGCTCCTGGGCGGTCTGGAGCTCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1364 TCAAGTTCCGAGAGTCAGGCATCGCCTCGGAGTACGAGTCCAACACGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397133 TCAAGTTCCGAGAGTCAGGCATCGCCTCGGAGTACGAGTCCAACACGGAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1414 GAGAGCGAGGAGCGCGACTCGTGGTCCCAGGAGGAGCTGCCGCGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397183 GAGAGCGAGGAGCGCGACTCGTGGTCCCAGGAGGAGCTGCCGCGCCTGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1464 GAATGTCCTGCAGAGGCAGGAACTGGGCGACGGCCTGGATGATGAGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 397233 GAATGTCCTGCAGAGGCAGGAACTGGGCGACGGCCTGGATGATGAGATCG

   1400     .
   1514 CCGTG
        |||||
 397283 CCGTG