seq1 = pF1KE1066.tfa, 1476 bp
seq2 = pF1KE1066/gi568815584r_55269622.tfa (gi568815584r:55269622_55511822), 242201 bp

>pF1KE1066 1476
>gi568815584r:55269622_55511822 (Chr14)

(complement)

1-221  (100001-100221)   100% ->
222-284  (114389-114451)   100% ->
285-327  (115841-115883)   100% ->
328-409  (120831-120912)   100% ->
410-647  (125727-125964)   100% ->
648-877  (129632-129861)   100% ->
878-995  (131133-131250)   100% ->
996-1086  (133749-133839)   100% ->
1087-1172  (133919-134004)   100% ->
1173-1476  (141898-142201)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCTCCCAGTGGGAAGGGAGCCCGGGCGCTGGAGGCTCCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTCTCCCAGTGGGAAGGGAGCCCGGGCGCTGGAGGCTCCTGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGCCCCGGCCGCTCGCCCGGGACCTGGTGGACTCCGTGGACGATGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGCCCCGGCCGCTCGCCCGGGACCTGGTGGACTCCGTGGACGATGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGGGGCTGTACGTGGCTGTGGAGCGCTGCCCGCTGTGCAACACTACCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGGGGCTGTACGTGGCTGTGGAGCGCTGCCCGCTGTGCAACACTACCCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGGCGGCTGACCTGCGCCAAATGCGTTCAGAGCGGCGATTTCGTCTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGGCGGCTGACCTGCGCCAAATGCGTTCAGAGCGGCGATTTCGTCTACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGACGGCCGCGACCGGGAGAG         GTTTATCGACAAGAAGGAAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100201 CGACGGCCGCGACCGGGAGAGGTA...CAGGTTTATCGACAAGAAGGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTTAAGCCGACTTAAGAGCAAGCAAGAAGAATTTCAGAAAGA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114409 GGTTAAGCCGACTTAAGAGCAAGCAAGAAGAATTTCAGAAAGAGTG...C

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    285   AGTGTTAAAAGCTATGGAAGGAAAATGGATAACAGATCAGTTG     
        >>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115839 AGAGTGTTAAAAGCTATGGAAGGAAAATGGATAACAGATCAGTTGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    328     AGATGGAAAATAATGTCCTGCAAGATGAGGATTGAACAGTTAAAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115889 .CAGAGATGGAAAATAATGTCCTGCAAGATGAGGATTGAACAGTTAAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAACAATATGTAAAGGAAATGAAGAAATGGAGAAAA         ATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 120877 AAACAATATGTAAAGGAAATGAAGAAATGGAGAAAAGTA...TAGATTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAAGGCCTTCTCAAAACCAAGGAAAAGAATCAGAAGCTTTACAGTCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125732 GAAGGCCTTCTCAAAACCAAGGAAAAGAATCAGAAGCTTTACAGTCGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ACAACGGCACCAAGAGAAAAAGGAGAAGATTCAGAGGCATAATCGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125782 ACAACGGCACCAAGAGAAAAAGGAGAAGATTCAGAGGCATAATCGCAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGGTGACCTGGTAGAAAAAAAGACCATTGACTTAAGAAGTCATTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125832 TTGGTGACCTGGTAGAAAAAAAGACCATTGACTTAAGAAGTCATTATGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGTCTGGCAAATCTTCGACGATCCCATATATTAGAGCTCACCTCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125882 CGTCTGGCAAATCTTCGACGATCCCATATATTAGAGCTCACCTCTGTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTTTCCAATCGAGGAAGTAAAGACGGGTGTGAG         AGACCCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 125932 TTTTCCAATCGAGGAAGTAAAGACGGGTGTGAGGTA...TAGAGACCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGATGTGTCTTCAGAGAGTGACAGTGCCATGACCTCCAGCACTGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129640 CAGATGTGTCTTCAGAGAGTGACAGTGCCATGACCTCCAGCACTGTGAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAGCTTGCTGAAGCCCGGAGGACAACTTACCTCTCAGGACGATGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129690 AAGCTTGCTGAAGCCCGGAGGACAACTTACCTCTCAGGACGATGGGTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGACGATCACAACGGAGACACCAGCATTAGCATTACAGGGCCTTGGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129740 TGACGATCACAACGGAGACACCAGCATTAGCATTACAGGGCCTTGGATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCCTCCCTAACAATGGGGACTACTCTGCCTACTACAGCTGGGTGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129790 GCCTCCCTAACAATGGGGACTACTCTGCCTACTACAGCTGGGTGGAGGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAGAAAACAACCCAGGGGCCTG         ACATGGAGCAGAGTAACCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 129840 AAGAAAACAACCCAGGGGCCTGGTG...CAGACATGGAGCAGAGTAACCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCTACACCATCAGTGCTGCGCTGTGCTATGCAACTCAGCTGGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131152 TGCCTACACCATCAGTGCTGCGCTGTGCTATGCAACTCAGCTGGTCAACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTCTGTCTCATATACTTGATGTAAATCTTCCCAAAAAGCTCTGCAACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 131202 TTCTGTCTCATATACTTGATGTAAATCTTCCCAAAAAGCTCTGCAACAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    996         TGAATTTTGTGGCGAAAATCTAAGCAAGCAGAAATTTACTCG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131252 CA...CAGTGAATTTTGTGGCGAAAATCTAAGCAAGCAGAAATTTACTCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGCAGTGAAGAAACTGAATGCAAATATTCTTTACCTTTGTTTTTCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 133791 AGCAGTGAAGAAACTGAATGCAAATATTCTTTACCTTTGTTTTTCTCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1087         CATGTAAATTTAGATCAATTACAACCACTGCATACCCTCAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133841 TA...TAGCATGTAAATTTAGATCAATTACAACCACTGCATACCCTCAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AATCTAATGTACCTGGTCAGTCCAAGCTCTGAACACCTAGGCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 133961 AATCTAATGTACCTGGTCAGTCCAAGCTCTGAACACCTAGGCAGGTA...

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1173    GTCAGGGCCCTTTGAAGTACGAGCAGACCTTGAGGAGTCCATGGAAT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141895 CAGGTCAGGGCCCTTTGAAGTACGAGCAGACCTTGAGGAGTCCATGGAAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TTGTGGATCCCGGAGTTGCTGGAGAATCAGATGAGAGCGGAGATGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141945 TTGTGGATCCCGGAGTTGCTGGAGAATCAGATGAGAGCGGAGATGAGCGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GTCAGCGATGAAGAAACCGACCTGGGCACAGACTGGGAGAACTTGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141995 GTCAGCGATGAAGAAACCGACCTGGGCACAGACTGGGAGAACTTGCCTAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCCCCGGTTTTGTGATATCCCTTCCCAGTCTGTGGAAGTCTCCCAGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142045 TCCCCGGTTTTGTGATATCCCTTCCCAGTCTGTGGAAGTCTCCCAGAGTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAGCACCCAGGCGTCCCCACCCATCGCGAGCAGCAGTGCAGGTGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142095 AGAGCACCCAGGCGTCCCCACCCATCGCGAGCAGCAGTGCAGGTGGGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATCTCCTCTGCAGCAGCCTCGGTGACCTCCTGGTTTAAAGCTTACACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142145 ATCTCCTCTGCAGCAGCCTCGGTGACCTCCTGGTTTAAAGCTTACACTGG

   1550     .
   1470 ACACCGT
        |||||||
 142195 ACACCGT