seq1 = pF1KE1065.tfa, 2964 bp
seq2 = pF1KE1065/gi568815576r_43104000.tfa (gi568815576r:43104000_43443261), 339262 bp

>pF1KE1065 2964
>gi568815576r:43104000_43443261 (Chr22)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-220  (104027-104158)   100% ->
221-349  (123197-123325)   100% ->
350-484  (152082-152216)   100% ->
485-610  (180417-180542)   100% ->
611-727  (184927-185043)   100% ->
728-844  (204308-204424)   100% ->
845-967  (211387-211509)   100% ->
968-1084  (214074-214190)   100% ->
1085-1207  (215766-215888)   100% ->
1208-1327  (220046-220165)   100% ->
1328-1432  (220520-220624)   100% ->
1433-1549  (221973-222089)   100% ->
1550-1687  (222675-222812)   100% ->
1688-1891  (224804-225007)   100% ->
1892-2058  (229011-229176)   98% ->
2059-2221  (230675-230837)   100% ->
2222-2383  (232179-232340)   100% ->
2384-2581  (233022-233219)   100% ->
2582-2734  (235038-235190)   100% ->
2735-2814  (235649-235728)   100% ->
2815-2964  (239113-239262)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGCGGCGGCCGTGCGCTGGCACTTGTGCGTGCTGCTGGCCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGCGGCGGCCGTGCGCTGGCACTTGTGCGTGCTGCTGGCCCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACACGCGGGCGGCTGGCCGGGGGCAGCGGGCTCCCAG         GGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 CACACGCGGGCGGCTGGCCGGGGGCAGCGGGCTCCCAGGTA...CAGGGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CAGTCGACGTGGATGAGTGCTCAGAGGGCACAGATGACTGCCACATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104030 CAGTCGACGTGGATGAGTGCTCAGAGGGCACAGATGACTGCCACATCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCATCTGTCAGAACACGCCCAAGTCCTACAAATGCCTCTGCAAGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104080 GCCATCTGTCAGAACACGCCCAAGTCCTACAAATGCCTCTGCAAGCCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTACAAGGGGGAAGGCAAGCAGTGTGAAG         ACATTGACGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 104130 CTACAAGGGGGAAGGCAAGCAGTGTGAAGGTG...CAGACATTGACGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGAGAATGACTACTACAATGGGGGCTGTGTCCACGAGTGCATCAACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123209 GTGAGAATGACTACTACAATGGGGGCTGTGTCCACGAGTGCATCAACATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGGGGAACTACAGGTGTACCTGCTTTGATGGCTTCATGCTGGCACACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123259 CCGGGGAACTACAGGTGTACCTGCTTTGATGGCTTCATGCTGGCACACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGACACAACTGCCTGG         ATGTGGACGAGTGTCAGGACAATA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123309 TGGACACAACTGCCTGGGTG...CAGATGTGGACGAGTGTCAGGACAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGTGGCTGCCAGCAGATCTGCGTCAATGCCATGGGCAGCTACGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152106 ATGGTGGCTGCCAGCAGATCTGCGTCAATGCCATGGGCAGCTACGAGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGTGCCACAGTGGCTTCTTCCTTAGTGACAACCAGCATACCTGCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152156 CAGTGCCACAGTGGCTTCTTCCTTAGTGACAACCAGCATACCTGCATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCGCTCCAATG         AGGGTATGAACTGCATGAACAAAGACCATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 152206 CCGCTCCAATGGTG...CAGAGGGTATGAACTGCATGAACAAAGACCATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCTGTGCCCACATCTGCCGGGAGACGCCCAAAGGTGGGGTGGCCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180447 GCTGTGCCCACATCTGCCGGGAGACGCCCAAAGGTGGGGTGGCCTGCGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGCAGGCCCGGCTTTGACCTTGCCCAAAACCAGAAGGACTGCACAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 180497 TGCAGGCCCGGCTTTGACCTTGCCCAAAACCAGAAGGACTGCACACGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611      TAACCTGTAATTATGGAAACGGAGGCTGCCAGCACAGCTGTGAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180547 ..TAGTAACCTGTAATTATGGAAACGGAGGCTGCCAGCACAGCTGTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACACAGACACAGGCCCCACGTGTGGTTGCCACCAGAAGTACGCCCTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184972 ACACAGACACAGGCCCCACGTGTGGTTGCCACCAGAAGTACGCCCTCCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TCAGACGGTCGCACGTGCATCG         AGACGTGCGCAGTCAATAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 185022 TCAGACGGTCGCACGTGCATCGGTA...CAGAGACGTGCGCAGTCAATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CGGAGGCTGCGACCGGACATGCAAGGACACAGCCACTGGCGTGCGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204327 CGGAGGCTGCGACCGGACATGCAAGGACACAGCCACTGGCGTGCGATGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCTGCCCCGTTGGATTCACACTGCAGCCGGACGGGAAGACATGCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 204377 GCTGCCCCGTTGGATTCACACTGCAGCCGGACGGGAAGACATGCAAAGGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845        ACATCAACGAGTGCCTGGTCAACAACGGAGGCTGCGACCACTT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204427 C...CAGACATCAACGAGTGCCTGGTCAACAACGGAGGCTGCGACCACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTGCCGCAACACCGTGGGCAGCTTCGAGTGCGGCTGCCGGAAGGGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211430 CTGCCGCAACACCGTGGGCAGCTTCGAGTGCGGCTGCCGGAAGGGCTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCTGCTCACCGACGAGCGCACCTGCCAGG         ACATCGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 211480 AGCTGCTCACCGACGAGCGCACCTGCCAGGGTG...CAGACATCGACGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGCTCCTTCGAGCGGACCTGTGACCACATCTGCATCAACTCCCCGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214085 TGCTCCTTCGAGCGGACCTGTGACCACATCTGCATCAACTCCCCGGGCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CTTCCAGTGCCTGTGTCACCGCGGCTACATCCTCTACGGGACAACCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214135 CTTCCAGTGCCTGTGTCACCGCGGCTACATCCTCTACGGGACAACCCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GCGGAG         ATGTGGACGAGTGCAGCATGAGCAACGGGAGCTGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214185 GCGGAGGTC...CAGATGTGGACGAGTGCAGCATGAGCAACGGGAGCTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GACCAGGGCTGCGTCAACACCAAGGGCAGCTACGAGTGCGTCTGTCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215801 GACCAGGGCTGCGTCAACACCAAGGGCAGCTACGAGTGCGTCTGTCCCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGGAGGCGGCTCCACTGGAACGGGAAGGATTGCGTGG         AGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 215851 GGGGAGGCGGCTCCACTGGAACGGGAAGGATTGCGTGGGTA...TAGAGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGGCAAGTGTCTTTCTCGCGCCAAGACCTCCCCCCGGGCCCAGCTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220049 CAGGCAAGTGTCTTTCTCGCGCCAAGACCTCCCCCCGGGCCCAGCTGTCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TGCAGCAAGGCAGGCGGTGTGGAGAGCTGCTTCCTTTCCTGCCCGGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220099 TGCAGCAAGGCAGGCGGTGTGGAGAGCTGCTTCCTTTCCTGCCCGGCTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CACACTCTTCGTGCCAG         ACTCGGAAAATAGCTACGTCCTGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 220149 CACACTCTTCGTGCCAGGTA...CAGACTCGGAAAATAGCTACGTCCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCTGCGGAGTTCCAGGGCCGCAGGGCAAGGCGCTGCAGAAACGCAACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220544 GCTGCGGAGTTCCAGGGCCGCAGGGCAAGGCGCTGCAGAAACGCAACGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACCAGCTCTGGCCTCGGGCCCAGCTGCTCAG         ATGCCCCCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 220594 ACCAGCTCTGGCCTCGGGCCCAGCTGCTCAGGTA...CAGATGCCCCCAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 CACCCCCATCAAACAGAAGGCCCGCTTCAAGATCCGAGATGCCAAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 221983 CACCCCCATCAAACAGAAGGCCCGCTTCAAGATCCGAGATGCCAAGTGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 ACCTCCGGCCCCACAGCCAGGCACGAGCAAAGGAGACCGCCAGGCAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222033 ACCTCCGGCCCCACAGCCAGGCACGAGCAAAGGAGACCGCCAGGCAGCCG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 CTGCTGG         ACCACTGCCATGTGACTTTCGTGACCCTCAAGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222083 CTGCTGGGTG...CAGACCACTGCCATGTGACTTTCGTGACCCTCAAGTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 TGACTCCTCCAAGAAGAGGCGCCGTGGCCGCAAGTCCCCATCCAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222709 TGACTCCTCCAAGAAGAGGCGCCGTGGCCGCAAGTCCCCATCCAAGGAGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TGTCCCACATCACAGCAGAGTTTGAGATCGAGACAAAGATGGAAGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222759 TGTCCCACATCACAGCAGAGTTTGAGATCGAGACAAAGATGGAAGAGGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 TCAG         ACACATGCGAAGCGGACTGCTTGCGGAAGCGAGCAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222809 TCAGGTA...CAGACACATGCGAAGCGGACTGCTTGCGGAAGCGAGCAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 ACAGAGCCTGCAGGCCGCCATCAAGACCCTGCGCAAGTCCATCGGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224841 ACAGAGCCTGCAGGCCGCCATCAAGACCCTGCGCAAGTCCATCGGCCGGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 AGCAGTTCTATGTCCAGGTCTCAGGCACTGAGTACGAGGTAGCCCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224891 AGCAGTTCTATGTCCAGGTCTCAGGCACTGAGTACGAGGTAGCCCAGAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 CCAGCCAAGGCGCTGGAGGGGCAGGGGGCATGTGGCGCAGGCCAGGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224941 CCAGCCAAGGCGCTGGAGGGGCAGGGGGCATGTGGCGCAGGCCAGGTGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 ACAGGACAGCAAATGCG         TTGCCTGTGGGCCTGGCACCCACT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 224991 ACAGGACAGCAAATGCGGTG...CAGTTGCCTGTGGGCCTGGCACCCACT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 TCGGTGGTGAGCTCGGCCAGTGTGTGTCATGTATGCCAGGAACATACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229035 TCGGTGGTGAGCTCGGCCAGTGTGTGTCATGTATGCCAGGAACATACCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 GACATGGAAGGCCAGCTCAGTTGCACACCGTGCCCCAGCAGCGACGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229085 GACATGGAAGGCCAGCTCAGTTGCACACCGTGCCCCAGCAGCGACGGGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 TGGTCTGCCTGGTGCCCGCAACGTGTCGGAATGTGGAGGCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |->>>...>
 229135 TGGTCTGCCTGGTGCCCGCAACGTGTCGGAATGTGGAGGCAA GTG...C

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2059   TGTTCTCCAGGCTTCTTCTCGGCCGATGGCTTCAAGCCCTGCCAGGCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230673 AGTGTTCTCCAGGCTTCTTCTCGGCCGATGGCTTCAAGCCCTGCCAGGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 TGCCCCGTGGGCACGTACCAGCCTGAGCCCGGGCGCACCGGCTGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230723 TGCCCCGTGGGCACGTACCAGCCTGAGCCCGGGCGCACCGGCTGCTTCCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CTGTGGAGGGGGTTTGCTCACCAAACACGAAGGCACCACCTCCTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230773 CTGTGGAGGGGGTTTGCTCACCAAACACGAAGGCACCACCTCCTTCCAGG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 ACTGCGAGGCTAAAG         TGCACTGCTCCCCCGGCCACCACTAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 230823 ACTGCGAGGCTAAAGGTG...CAGTGCACTGCTCCCCCGGCCACCACTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AACACCACCACCCACCGCTGCATCCGCTGCCCCGTCGGCACCTACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232205 AACACCACCACCCACCGCTGCATCCGCTGCCCCGTCGGCACCTACCAGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CGAGTTTGGCCAGAACCACTGCATCACCTGTCCGGGCAACACCAGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232255 CGAGTTTGGCCAGAACCACTGCATCACCTGTCCGGGCAACACCAGCACAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 ACTTCGATGGCTCCACCAACGTCACACACTGCAAAA         ACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 232305 ACTTCGATGGCTCCACCAACGTCACACACTGCAAAAGTG...CAGACCAG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2389 CACTGCGGCGGCGAGCTTGGTGACTACACCGGCTACATCGAGTCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233027 CACTGCGGCGGCGAGCTTGGTGACTACACCGGCTACATCGAGTCCCCCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2439 CTACCCTGGCGACTACCCAGCCAACGCTGAATGCGTCTGGCACATCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233077 CTACCCTGGCGACTACCCAGCCAACGCTGAATGCGTCTGGCACATCGCGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 CTCCCCCAAAGCGCAGGATCCTCATCGTGGTCCCTGAGATCTTCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233127 CTCCCCCAAAGCGCAGGATCCTCATCGTGGTCCCTGAGATCTTCCTGCCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 ATCGAGGATGAGTGCGGCGATGTTCTGGTCATGAGGAAGAGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 233177 ATCGAGGATGAGTGCGGCGATGTTCTGGTCATGAGGAAGAGTGGTA...C

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2582   CCTCTCCCACGTCCATCACCACCTATGAGACCTGCCAGACCTACGAGA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235036 AGCCTCTCCCACGTCCATCACCACCTATGAGACCTGCCAGACCTACGAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2630 GGCCCATCGCCTTCACCTCCCGCTCCCGCAAGCTCTGGATCCAGTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235086 GGCCCATCGCCTTCACCTCCCGCTCCCGCAAGCTCTGGATCCAGTTCAAA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2680 TCCAATGAAGGCAACAGCGGCAAAGGCTTCCAAGTGCCCTATGTCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235136 TCCAATGAAGGCAACAGCGGCAAAGGCTTCCAAGTGCCCTATGTCACCTA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 CGATG         AGGACTACCAGCAACTCATAGAGGACATCGTGCGCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235186 CGATGGTA...CAGAGGACTACCAGCAACTCATAGAGGACATCGTGCGCG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2771 ATGGGCGCCTGTACGCCTCGGAGAACCACCAGGAAATTTTGAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 235685 ATGGGCGCCTGTACGCCTCGGAGAACCACCAGGAAATTTTGAAAGTG...

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2815    GACAAGAAGCTGATCAAGGCCCTCTTCGACGTGCTGGCGCATCCCCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239110 CAGGACAAGAAGCTGATCAAGGCCCTCTTCGACGTGCTGGCGCATCCCCA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2862 GAACTACTTCAAGTACACAGCCCAGGAATCCAAGGAGATGTTCCCACGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239160 GAACTACTTCAAGTACACAGCCCAGGAATCCAAGGAGATGTTCCCACGGT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2912 CCTTCATCAAACTGCTGCGCTCCAAAGTGTCTCGGTTCCTGCGGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239210 CCTTCATCAAACTGCTGCGCTCCAAAGTGTCTCGGTTCCTGCGGCCCTAC

   3150 
   2962 AAA
        |||
 239260 AAA