seq1 = pF1KE1063.tfa, 1743 bp
seq2 = pF1KE1063/gi568815575r_46399846.tfa (gi568815575r:46399846_46628912), 229067 bp

>pF1KE1063 1743
>gi568815575r:46399846_46628912 (ChrX)

(complement)

4-142  (99994-100130)   97% ->
143-253  (100468-100578)   100% ->
254-1743  (127578-129067)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      4 GCCATGTCCCAGGAATCATTGACCTTCAAGGACGTGTTTGTGGACTTCAC
        ||| |-| |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99994 GCCGT TAC AGGAATCATTGACCTTCAAGGACGTGTTTGTGGACTTCAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     54 CCTGGAGGAGTGGCAGCAACTGGACTCTGCCCAGAAGAACCTCTACAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100042 CCTGGAGGAGTGGCAGCAACTGGACTCTGCCCAGAAGAACCTCTACAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    104 ATGTCATGCTTGAGAACTACAGCCACCTGGTGTCCGTGG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100092 ATGTCATGCTTGAGAACTACAGCCACCTGGTGTCCGTGGGTG...CAGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145 CATCTAGTTGGGAAGCCAGATGTGATCTTCAGGTTGGGACCAGGTGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100470 CATCTAGTTGGGAAGCCAGATGTGATCTTCAGGTTGGGACCAGGTGACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GTCCTGGATGGCAGATGGAGGGACCCCGGTACGGACCTGTGCAGGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100520 GTCCTGGATGGCAGATGGAGGGACCCCGGTACGGACCTGTGCAGGTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 ACAGGCCAG         AAGTCTGGGAAGTTGACGAGCAGATAGATCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100570 ACAGGCCAGGTG...TAGAAGTCTGGGAAGTTGACGAGCAGATAGATCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286 TACAAGGAAAGCCAAGACAAATTTCTGTGGCAAGCTGCATTCATAGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127610 TACAAGGAAAGCCAAGACAAATTTCTGTGGCAAGCTGCATTCATAGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 GGAAACACTGAAGGATGAAAGTGGTCAAGAATGTAAAATATGTAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127660 GGAAACACTGAAGGATGAAAGTGGTCAAGAATGTAAAATATGTAGAAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 TCATTTATCTCAACACAGACTTTGTTTCTGTAAAACAAAGACTCCCTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127710 TCATTTATCTCAACACAGACTTTGTTTCTGTAAAACAAAGACTCCCTAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 TATTATTCATGGGAAAGGTGTTCAAAACATCATTTAAACTTTCTTGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127760 TATTATTCATGGGAAAGGTGTTCAAAACATCATTTAAACTTTCTTGGTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    486 AAATAGAAGCTATGTAAGAAAGAAAGATGATGGATGTAAGGCATATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127810 AAATAGAAGCTATGTAAGAAAGAAAGATGATGGATGTAAGGCATATTGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    536 AAGTATGCCTCCATTATAATCTTCATAAAGCTCAACCTGCAGAGAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127860 AAGTATGCCTCCATTATAATCTTCATAAAGCTCAACCTGCAGAGAGATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    586 TTTGACCCTAATCAACGAGGGAAAGCCCTCCACCAAAAGCAAGCCCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127910 TTTGACCCTAATCAACGAGGGAAAGCCCTCCACCAAAAGCAAGCCCTTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    636 AAAAAGTCAGAGAAGTCAAACTGGGGAGAAACTCTACAAATGTACTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127960 AAAAAGTCAGAGAAGTCAAACTGGGGAGAAACTCTACAAATGTACTGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    686 GTGGAAAAGTGTTTATCCAGAAAGCAAACTTAGTTGTACATCAAAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128010 GTGGAAAAGTGTTTATCCAGAAAGCAAACTTAGTTGTACATCAAAGAACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    736 CACACCGGAGAGAAACCTTATGAATGCTGCGAATGTGCAAAAGCCTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128060 CACACCGGAGAGAAACCTTATGAATGCTGCGAATGTGCAAAAGCCTTCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    786 CCAGAAGTCAACCCTCATAGCACACCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128110 CCAGAAGTCAACCCTCATAGCACACCAGAGAACTCACACAGGGGAGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    836 CCTATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACCTTTATCCAGAAGTCAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128160 CCTATGAATGCAGTGAATGTGGAAAAACCTTTATCCAGAAGTCAACTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886 ATTAAACATCAACGAACTCATACAGGAGAGAAACCATTTGTATGTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128210 ATTAAACATCAACGAACTCATACAGGAGAGAAACCATTTGTATGTGACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    936 ATGTCCAAAAGCCTTTAAGAGTTCATATCATCTTATTAGACATGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128260 ATGTCCAAAAGCCTTTAAGAGTTCATATCATCTTATTAGACATGAAAAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986 CACACATTAGACAAGCATTTTATAAAGGTATTAAATGTACTACGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128310 CACACATTAGACAAGCATTTTATAAAGGTATTAAATGTACTACGTCCAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 CTTATATATCAAAGAATTCACACAAGTGAGAAACCTCAGTGCAGTGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128360 CTTATATATCAAAGAATTCACACAAGTGAGAAACCTCAGTGCAGTGAACA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1086 TGGGAAAGCCTCTGATGAGAAGCCCAGTCCCACTAAACATTGGAGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128410 TGGGAAAGCCTCTGATGAGAAGCCCAGTCCCACTAAACATTGGAGAACTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 ATACAAAAGAGAACATTTATGAGTGTAGTAAATGTGGGAAAAGCTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128460 ATACAAAAGAGAACATTTATGAGTGTAGTAAATGTGGGAAAAGCTTCAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 GGAAAGTCACACCTCTCTGTTCATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128510 GGAAAGTCACACCTCTCTGTTCATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAAACC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1236 CTATGAATGTAGTATATGTGGGAAGACTTTCAGTGGAAAGTCACACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128560 CTATGAATGTAGTATATGTGGGAAGACTTTCAGTGGAAAGTCACACCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286 CTGTCCATCATAGAACTCATACAGGAGAGAAACCTTATGAATGCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128610 CTGTCCATCATAGAACTCATACAGGAGAGAAACCTTATGAATGCAGAAGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1336 TGTGGGAAAGCCTTTGGGGAGAAGTCAACCCTTATTGTACATCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128660 TGTGGGAAAGCCTTTGGGGAGAAGTCAACCCTTATTGTACATCAGAGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1386 GCATACAGGAGAGAAACCCTATAAATGCAACGAATGTGGGAAAGCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128710 GCATACAGGAGAGAAACCCTATAAATGCAACGAATGTGGGAAAGCCTTTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1436 GTGAGAAGTCACCACTGATTAAACATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128760 GTGAGAAGTCACCACTGATTAAACATCAGAGAATTCATACAGGAGAGAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1486 CCCTATGAATGCACTGACTGTAAAAAAGCCTTCAGTAGGAAGTCAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128810 CCCTATGAATGCACTGACTGTAAAAAAGCCTTCAGTAGGAAGTCAACTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1536 CATCAAACATCAGAGAATTCATACAGGAGAAAAACCTTACAAATGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128860 CATCAAACATCAGAGAATTCATACAGGAGAAAAACCTTACAAATGTAGTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1586 AATGTGGGAAGGCCTTCAGTGTGAAATCAACTCTCATTGTGCATCACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128910 AATGTGGGAAGGCCTTCAGTGTGAAATCAACTCTCATTGTGCATCACAGA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1636 ACTCATACAGGAGAGAAACCTTATGAATGCAGAGACTGTGGGAAAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128960 ACTCATACAGGAGAGAAACCTTATGAATGCAGAGACTGTGGGAAAGCATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1686 CAGTGGGAAGTCAACTCTCATTAAACATCAGAGAAGTCACACAGGAGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129010 CAGTGGGAAGTCAACTCTCATTAAACATCAGAGAAGTCACACAGGAGATA

   1750     .
   1736 AAAACCTA
        ||||||||
 129060 AAAACCTA