seq1 = pF1KE1054.tfa, 1611 bp
seq2 = pF1KE1054/gi568815589f_84570749.tfa (gi568815589f:84570749_84967432), 396684 bp

>pF1KE1054 1611
>gi568815589f:84570749_84967432 (Chr9)

1-212  (100001-100212)   100% ->
213-287  (131411-131485)   100% ->
288-359  (131600-131671)   100% ->
360-428  (137096-137164)   100% ->
429-583  (139889-140043)   100% ->
584-720  (152825-152961)   100% ->
721-853  (153476-153608)   100% ->
854-1159  (156906-157211)   100% ->
1160-1195  (171144-171179)   100% ->
1196-1296  (174225-174325)   100% ->
1297-1396  (181238-181337)   100% ->
1397-1585  (296495-296683)   100% ->
1586-1611  (301041-301066)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTCCTGGATAAGGTGGCATGGACCCGCCATGGCGCGGCTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTCCTGGATAAGGTGGCATGGACCCGCCATGGCGCGGCTCTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCTGCTGGCTGGTTGTGGGCTTCTGGAGGGCCGCTTTCGCCTGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCTGCTGGCTGGTTGTGGGCTTCTGGAGGGCCGCTTTCGCCTGTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTCCTGCAAATGCAGTGCCTCTCGGATCTGGTGCAGCGACCCTTCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTCCTGCAAATGCAGTGCCTCTCGGATCTGGTGCAGCGACCCTTCTCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCATCGTGGCATTTCCGAGATTGGAGCCTAACAGTGTAGATCCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCATCGTGGCATTTCCGAGATTGGAGCCTAACAGTGTAGATCCTGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATCACCGAAAT         TTTCATCGCAAACCAGAAAAGGTTAGAAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATCACCGAAATGTG...CAGTTTCATCGCAAACCAGAAAAGGTTAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCATCAACGAAGATGATGTTGAAGCTTATGTGGGACTGAGAAATCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131440 TCATCAACGAAGATGATGTTGAAGCTTATGTGGGACTGAGAAATCTGTG.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288      GACAATTGTGGATTCTGGATTAAAATTTGTGGCTCATAAAGCATT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131490 ..CAGGACAATTGTGGATTCTGGATTAAAATTTGTGGCTCATAAAGCATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCTGAAAAACAGCAACCTGCAGCACAT         CAATTTTACCCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 131645 TCTGAAAAACAGCAACCTGCAGCACATGTA...CAGCAATTTTACCCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAAACTGACGAGTTTGTCTAGGAAACATTTCCGTCACCTTGACTTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137110 ACAAACTGACGAGTTTGTCTAGGAAACATTTCCGTCACCTTGACTTGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACT         GATCCTGGTGGGCAATCCATTTACATGCTCCTGTGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137160 GAACTGTA...TAGGATCCTGGTGGGCAATCCATTTACATGCTCCTGTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CATTATGTGGATCAAGACTCTCCAAGAGGCTAAATCCAGTCCAGACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139925 CATTATGTGGATCAAGACTCTCCAAGAGGCTAAATCCAGTCCAGACACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGGATTTGTACTGCCTGAATGAAAGCAGCAAGAATATTCCCCTGGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139975 AGGATTTGTACTGCCTGAATGAAAGCAGCAAGAATATTCCCCTGGCAAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGCAGATACCCAATTGTG         GTTTGCCATCTGCAAATCTGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 140025 CTGCAGATACCCAATTGTGGTA...TAGGTTTGCCATCTGCAAATCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGCACCTAACCTCACTGTGGAGGAAGGAAAGTCTATCACATTATCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152847 CGCACCTAACCTCACTGTGGAGGAAGGAAAGTCTATCACATTATCCTGTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGTGGCAGGTGATCCGGTTCCTAATATGTATTGGGATGTTGGTAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152897 GTGTGGCAGGTGATCCGGTTCCTAATATGTATTGGGATGTTGGTAACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTTTCCAAACATATG         AATGAAACAAGCCACACACAGGGCTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 152947 GTTTCCAAACATATGGTA...TAGAATGAAACAAGCCACACACAGGGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTAAGGATAACTAACATTTCATCCGATGACAGTGGGAAGCAGATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153502 CTTAAGGATAACTAACATTTCATCCGATGACAGTGGGAAGCAGATCTCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GTGTGGCGGAAAATCTTGTAGGAGAAGATCAAGATTCTGTCAACCTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153552 GTGTGGCGGAAAATCTTGTAGGAGAAGATCAAGATTCTGTCAACCTCACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGCATT         TTGCACCAACTATCACATTTCTCGAATCTCCAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153602 GTGCATTGTA...TAGTTGCACCAACTATCACATTTCTCGAATCTCCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CTCAGACCACCACTGGTGCATTCCATTCACTGTGAAAGGCAACCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156940 CTCAGACCACCACTGGTGCATTCCATTCACTGTGAAAGGCAACCCCAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGCGCTTCAGTGGTTCTATAACGGGGCAATATTGAATGAGTCCAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156990 CAGCGCTTCAGTGGTTCTATAACGGGGCAATATTGAATGAGTCCAAATAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ATCTGTACTAAAATACATGTTACCAATCACACGGAGTACCACGGCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157040 ATCTGTACTAAAATACATGTTACCAATCACACGGAGTACCACGGCTGCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCAGCTGGATAATCCCACTCACATGAACAATGGGGACTACACTCTAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157090 CCAGCTGGATAATCCCACTCACATGAACAATGGGGACTACACTCTAATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCAAGAATGAGTATGGGAAGGATGAGAAACAGATTTCTGCTCACTTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157140 CCAAGAATGAGTATGGGAAGGATGAGAAACAGATTTCTGCTCACTTCATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GGCTGGCCTGGAATTGACGATG         GTGCAAACCCAAATTATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 157190 GGCTGGCCTGGAATTGACGATGGTG...TAGGTGCAAACCCAAATTATCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGATGTAATTTATGAAG         ATTATGGAACTGCAGCGAATGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 171163 TGATGTAATTTATGAAGGTA...AAGATTATGGAACTGCAGCGAATGACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TCGGGGACACCACGAACAGAAGTAATGAAATCCCTTCCACAGACGTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174249 TCGGGGACACCACGAACAGAAGTAATGAAATCCCTTCCACAGACGTCACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GATAAAACCGGTCGGGAACATCTCTCG         GTCTATGCTGTGGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 174299 GATAAAACCGGTCGGGAACATCTCTCGGTG...TAGGTCTATGCTGTGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GGTGATTGCGTCTGTGGTGGGATTTTGCCTTTTGGTAATGCTGTTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181252 GGTGATTGCGTCTGTGGTGGGATTTTGCCTTTTGGTAATGCTGTTTCTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TTAAGTTGGCAAGACACTCCAAGTTTGGCATGAAAG         GCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 181302 TTAAGTTGGCAAGACACTCCAAGTTTGGCATGAAAGGTA...CAGGCCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GCCTCCGTTATCAGCAATGATGATGACTCTGCCAGCCCACTCCATCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296500 GCCTCCGTTATCAGCAATGATGATGACTCTGCCAGCCCACTCCATCACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CTCCAATGGGAGTAACACTCCATCTTCTTCGGAAGGTGGCCCAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296550 CTCCAATGGGAGTAACACTCCATCTTCTTCGGAAGGTGGCCCAGATGCTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 TCATTATTGGAATGACCAAGATCCCTGTCATTGAAAATCCCCAGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 296600 TCATTATTGGAATGACCAAGATCCCTGTCATTGAAAATCCCCAGTACTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGCATCACCAACAGTCAGCTCAAGCCAGACACAT         GGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 296650 GGCATCACCAACAGTCAGCTCAAGCCAGACACATGTA...CAGGGCCCAG

   1700     .    :    .
   1593 AGGTTCCCCCAAGACCGCC
        |||||||||||||||||||
 301048 AGGTTCCCCCAAGACCGCC