seq1 = pF1KE1052.tfa, 1125 bp
seq2 = pF1KE1052/gi568815590f_17477253.tfa (gi568815590f:17477253_17742798), 265546 bp

>pF1KE1052 1125
>gi568815590f:17477253_17742798 (Chr8)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-353  (112216-112513)   100% ->
354-505  (143799-143950)   100% ->
506-799  (151235-151528)   99% ->
800-939  (156822-156961)   100% ->
940-1125  (165361-165546)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTCTGGCTGCTGCTTGGTCTTCTGCTGGTGCACGAAGCGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGTCTGGCTGCTGCTTGGTCTTCTGCTGGTGCACGAAGCGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGATG         TTACTGGCCAACACCTTCCCAAGAACAAGCGTCCAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGATGGTG...CAGTTACTGGCCAACACCTTCCCAAGAACAAGCGTCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAACCAGGAGAGAATAGAATCAAACCTACCAACAAGAAGGTGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112252 AAGAACCAGGAGAGAATAGAATCAAACCTACCAACAAGAAGGTGAAGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAATTCCTAAAATGAAGGACAGGGACTCAGCCAATTCAGCACCAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112302 AAAATTCCTAAAATGAAGGACAGGGACTCAGCCAATTCAGCACCAAAGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGTCTATCATGATGCAAGTGCTGGATAAAGGTCGCTTCCAGAAACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112352 GCAGTCTATCATGATGCAAGTGCTGGATAAAGGTCGCTTCCAGAAACCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCGCTACCCTGAGTCTGCTGGCGGGGCAAACTGTAGAGCTTCGATGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112402 CCGCTACCCTGAGTCTGCTGGCGGGGCAAACTGTAGAGCTTCGATGTAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGAGTAGAATTGGGTGGAGCTACCCTGCGTATCTGGACACCTTTAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112452 GGGAGTAGAATTGGGTGGAGCTACCCTGCGTATCTGGACACCTTTAAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTCTCGCCTCAG         CGTCAAGCAGAATGAGCGCTACGGCCAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112502 TTCTCGCCTCAGGTA...TAGCGTCAAGCAGAATGAGCGCTACGGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGACTCTGGTCAACTCCACCTCGGCAGACACAGGTGAATTCAGCTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143828 TGACTCTGGTCAACTCCACCTCGGCAGACACAGGTGAATTCAGCTGCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCAGCTCTGCAGCGGCTACATCTGCAGGAAGGACGAGGCCAAAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143878 GTGCAGCTCTGCAGCGGCTACATCTGCAGGAAGGACGAGGCCAAAACGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTCCACCTACATCTTTTTTACAG         AGAAAGGAGAACTCTTTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 143928 CTCCACCTACATCTTTTTTACAGGTA...CAGAGAAAGGAGAACTCTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TACCTTCTCCCAGCTACTTCGATGTTGTCTACTTGAACCCGGACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151253 TACCTTCTCCCAGCTACTTCGATGTTGTCTACTTGAACCCGGACAGACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCTGTGGTTCCTTGTCGGGTGACCGTGCTGTCGGCCAAAGTCACGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151303 GCTGTGGTTCCTTGTCGGGTGACCGTGCTGTCGGCCAAAGTCACGCTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGGGAATTCCCAGCCAAGGAGATCCCAGCCAATGGAACGGACATTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151353 CAGGGAATTCCCAGCCAAGGAGATCCCAGCCAATGGAACGGACATTGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ATGACATGAAGCGGGGCTTTGTGTATCTGCAACCTCATTCCGAGCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151403 ATGACATGAAGCGGGGCTTTGTGTATCTGCAACCTCATTCCGAGCACCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GGTGTGGTTTACTGCAGGGCGGAGGCCGGGGGCAGATCTCAGATCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151453 GGTGTGGTTTACTGCAGGGCGGAGGCCGGGGGCAGATCTCAGATCTCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CAAGTACCAGCTGCTCTACGTGGCGG         TTCCCAGTGGCCCTC
        |||||||||||||||||| |||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 151503 CAAGTACCAGCTGCTCTATGTGGCGGGTA...CAGTTCCCAGTGGCCCTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCTCAACAACCATCTTGGCTTCTTCAAACAAAGTGAAAAGTGGGGACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156837 CCTCAACAACCATCTTGGCTTCTTCAAACAAAGTGAAAAGTGGGGACGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 ATCAGTGTGCTCTGCACTGTCCTGGGGGAGCCCGATGTGGAGGTGGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156887 ATCAGTGTGCTCTGCACTGTCCTGGGGGAGCCCGATGTGGAGGTGGAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 CACCTGGATCTTCCCAGGGCAGAAG         GATGAAAGGCCTGTGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 156937 CACCTGGATCTTCCCAGGGCAGAAGGTA...CAGGATGAAAGGCCTGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CGATCCAAGACACTTGGAGGTTGATCCACAGAGGACTGGGACACACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165377 CGATCCAAGACACTTGGAGGTTGATCCACAGAGGACTGGGACACACCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGAATCTCCCAGAGTGTCATTACAGTGGAAGACTTCGAGACGATTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 165427 AGAATCTCCCAGAGTGTCATTACAGTGGAAGACTTTGAGACGATTGATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 AGGATATTACATTTGCACTGCTCAGAATCTTCAAGGACAGACCACAGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165477 AGGATATTACATTTGCACTGCTCAGAATCTTCAAGGACAGACCACAGTAG

   1150     .    :    .    :
   1106 CTACCACTGTTGAGTTTTCC
        ||||||||||||||||||||
 165527 CTACCACTGTTGAGTTTTCC