seq1 = pF1KE1049.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KE1049/gi568815592f_146443872.tfa (gi568815592f:146443872_146654602), 210731 bp

>pF1KE1049 675
>gi568815592f:146443872_146654602 (Chr6)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-528  (105593-105870)   100% ->
529-675  (110585-110731)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCGGAGGAGCCGGGGACCCCGGCCTGGGGGCGGCCGCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCGGAGGAGCCGGGGACCCCGGCCTGGGGGCGGCCGCCGCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGCCCGAGACCCGCGAGCACCTCTTCAAGGTGCTGGTGATCGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGCCCGAGACCCGCGAGCACCTCTTCAAGGTGCTGGTGATCGGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGGCGTGGGCAAGACCAGCATCATCAAGCGCTACGTCCACCAGCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTGGCGTGGGCAAGACCAGCATCATCAAGCGCTACGTCCACCAGCTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCAGCACTACCGGGCCACCATCGGGGTGGACTTCGCCCTCAAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCAGCACTACCGGGCCACCATCGGGGTGGACTTCGCCCTCAAGGTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACTGGGACAGCAGGACTCTGGTGCGCCTGCAGCTGTGGGACATCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACTGGGACAGCAGGACTCTGGTGCGCCTGCAGCTGTGGGACATCGCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GGCAGGAGCGATTTGGCAACATGACCCGAGTATACTACAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTA...TAGGGCAGGAGCGATTTGGCAACATGACCCGAGTATACTACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGCTGTTGGTGCTTTTGTAGTCTTTGATATATCAAGAAGTTCCACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105634 GAAGCTGTTGGTGCTTTTGTAGTCTTTGATATATCAAGAAGTTCCACATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGAGGCAGTCTTAAAATGGAAAAGTGATCTGGATAGTAAAGTTCATCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105684 TGAGGCAGTCTTAAAATGGAAAAGTGATCTGGATAGTAAAGTTCATCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAAATGGCAGCCCTATCCCTGCTGTCCTCTTGGCTAACAAATGTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105734 CAAATGGCAGCCCTATCCCTGCTGTCCTCTTGGCTAACAAATGTGACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACAAGGACAGTAGCCAGAGTCCTTCCCAGGTGGACCAATTCTGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105784 AACAAGGACAGTAGCCAGAGTCCTTCCCAGGTGGACCAATTCTGCAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ACATGGCTTTGCCGGATGGTTTGAAACCTCTGCAAAG         GATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 105834 ACATGGCTTTGCCGGATGGTTTGAAACCTCTGCAAAGGTG...CAGGATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACATAAACATAGAGGAAGCTGCCCGGTTCCTAGTGGAGAAGATTCTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110589 ACATAAACATAGAGGAAGCTGCCCGGTTCCTAGTGGAGAAGATTCTTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AACCACCAAAGCTTTCCTAATGAAGAAAACGATGTGGACAAAATTAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110639 AACCACCAAAGCTTTCCTAATGAAGAAAACGATGTGGACAAAATTAAGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGATCAAGAGACCTTGAGAGCAGAGAACAAATCCCAGTGTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110689 AGATCAAGAGACCTTGAGAGCAGAGAACAAATCCCAGTGTTGC