seq1 = pF1KE1048.tfa, 1191 bp
seq2 = pF1KE1048/gi568815580r_49683850.tfa (gi568815580r:49683850_49902855), 219006 bp

>pF1KE1048 1191
>gi568815580r:49683850_49902855 (Chr18)

(complement)

1-16  (89372-89387)   100% ->
17-183  (100003-100169)   100% ->
184-312  (105262-105390)   100% ->
313-429  (106975-107091)   100% ->
430-577  (108429-108576)   100% ->
578-753  (110529-110704)   100% ->
754-883  (111257-111386)   100% ->
884-954  (115495-115565)   100% ->
955-1109  (117505-117659)   100% ->
1110-1191  (118925-119006)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTGCTCCGAG         GTGTGTTTGTAGTTGCTGCTAAGCG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  89372 ATGGCTCTGCTCCGAGGTG...TAGGTGTGTTTGTAGTTGCTGCTAAGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AACGCCCTTTGGAGCTTACGGAGGCCTTCTGAAAGACTTCACTGCTACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 AACGCCCTTTGGAGCTTACGGAGGCCTTCTGAAAGACTTCACTGCTACTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACTTGTCTGAATTTGCTGCCAAGGCTGCCTTGTCTGCTGGCAAAGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 ACTTGTCTGAATTTGCTGCCAAGGCTGCCTTGTCTGCTGGCAAAGTCTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGAAACAGTTGACAGTGTGATTATGGGCAATGTCCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100128 CCTGAAACAGTTGACAGTGTGATTATGGGCAATGTCCTGCAGGTT...TA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  AGTTCTTCAGATGCTATATATTTGGCAAGGCATGTTGGTTTGCGTGTGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105261 GAGTTCTTCAGATGCTATATATTTGGCAAGGCATGTTGGTTTGCGTGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAATCCCAAAGGAGACCCCAGCTCTCACGATTAATAGGCTCTGTGGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105311 GAATCCCAAAGGAGACCCCAGCTCTCACGATTAATAGGCTCTGTGGTTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTTTTCAGTCCATTGTGAATGGATGTCAG         GAAATTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105361 GGTTTTCAGTCCATTGTGAATGGATGTCAGGTA...TAGGAAATTTGTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TAAAGAAGCTGAAGTTGTTTTATGTGGAGGAACCGAAAGCATGAGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106986 TAAAGAAGCTGAAGTTGTTTTATGTGGAGGAACCGAAAGCATGAGCCAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCCCTACTGTGTCAGAAATGTGCGTTTTGGAACCAAGCTTGGATCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107036 CTCCCTACTGTGTCAGAAATGTGCGTTTTGGAACCAAGCTTGGATCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCAAG         CTGGAAGATTCTTTATGGGTATCATTAACAGATCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107086 ATCAAGGTT...TAGCTGGAAGATTCTTTATGGGTATCATTAACAGATCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCATGTCCAGCTCCCCATGGCAATGACTGCAGAGAATCTTGCTGTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108464 GCATGTCCAGCTCCCCATGGCAATGACTGCAGAGAATCTTGCTGTAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACAAAATAAGCAGAGAAGAATGTGACAAATATGCCCTGCAGTCACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108514 ACAAAATAAGCAGAGAAGAATGTGACAAATATGCCCTGCAGTCACAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGATGGAAAGCTG         CTAATGATGCTGGCTACTTTAATGATGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108564 AGATGGAAAGCTGGTG...CAGCTAATGATGCTGGCTACTTTAATGATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AATGGCACCAATTGAAGTGAAGACAAAGAAAGGAAAACAGACAATGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110557 AATGGCACCAATTGAAGTGAAGACAAAGAAAGGAAAACAGACAATGCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TAGACGAGCATGCTCGGCCCCAAACCACCCTGGAACAGTTACAGAAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110607 TAGACGAGCATGCTCGGCCCCAAACCACCCTGGAACAGTTACAGAAACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCCAGTATTCAAGAAAGATGGAACTGTTACTGCAGGGAATGCATCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 110657 CCTCCAGTATTCAAGAAAGATGGAACTGTTACTGCAGGGAATGCATCGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754        GGTGTAGCTGATGGTGCTGGAGCTGTTATCATAGCTAGTGAAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110707 T...AAGGGTGTAGCTGATGGTGCTGGAGCTGTTATCATAGCTAGTGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATGCTGTTAAGAAACATAACTTCACACCACTGGCAAGAATTGTGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111300 ATGCTGTTAAGAAACATAACTTCACACCACTGGCAAGAATTGTGGGCTAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTTGTATCTGGATGTGATCCCTCTATCATGGGTATTG         GTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111350 TTTGTATCTGGATGTGATCCCTCTATCATGGGTATTGGTA...TAGGTCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGTCCCTGCTATCAGTGGGGCACTGAAGAAAGCAGGACTGAGTCTTAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115499 TGTCCCTGCTATCAGTGGGGCACTGAAGAAAGCAGGACTGAGTCTTAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ACATGGATTTGGTAGAG         GTGAATGAAGCTTTTGCTCCCCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115549 ACATGGATTTGGTAGAGGTA...AAGGTGAATGAAGCTTTTGCTCCCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACTTGGCTGTTGAGAGGAGTTTGGATCTTGACATAAGTAAAACCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117529 TACTTGGCTGTTGAGAGGAGTTTGGATCTTGACATAAGTAAAACCAATGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GAATGGAGGAGCCATTGCTTTGGGTCACCCACTGGGAGGATCTGGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117579 GAATGGAGGAGCCATTGCTTTGGGTCACCCACTGGGAGGATCTGGATCAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GAATTACTGCACACCTGGTTCACGAATTAAG         GCGTCGAGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117629 GAATTACTGCACACCTGGTTCACGAATTAAGGTA...CAGGCGTCGAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GGAAAATATGCCGTTGGATCAGCTTGCATTGGAGGTGGCCAAGGTATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118935 GGAAAATATGCCGTTGGATCAGCTTGCATTGGAGGTGGCCAAGGTATTGC

   1250     .    :    .    :
   1170 TGTCATCATTCAGAGCACAGCC
        ||||||||||||||||||||||
 118985 TGTCATCATTCAGAGCACAGCC