seq1 = pF1KE1042.tfa, 1503 bp
seq2 = pF1KE1042/gi568815589f_136798741.tfa (gi568815589f:136798741_137025898), 227158 bp

>pF1KE1042 1503
>gi568815589f:136798741_137025898 (Chr9)

1-188  (100001-100188)   100% ->
189-267  (100854-100932)   100% ->
268-366  (101682-101780)   100% ->
367-528  (109330-109491)   100% ->
529-603  (111180-111254)   100% ->
604-678  (117801-117875)   100% ->
679-960  (121494-121775)   100% ->
961-1138  (122298-122475)   100% ->
1139-1287  (125112-125260)   100% ->
1288-1503  (126943-127158)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCAGCTAGCGTGACCCCCCCTGGCTCCCTGGAGTTGCTACAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCAGCTAGCGTGACCCCCCCTGGCTCCCTGGAGTTGCTACAGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTCTCCAAGACCCTCCTGGGGACCAAGCTGGAAGCCAAGTACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTCTCCAAGACCCTCCTGGGGACCAAGCTGGAAGCCAAGTACCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTCCGCCTGCAGAAACGTCCTCCGCAGGCCCTTCCAGGCGCAGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTCCGCCTGCAGAAACGTCCTCCGCAGGCCCTTCCAGGCGCAGTGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CACCGGTACTGCTCCTTCTGCCTGGCCAGCATCCTCAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100151 CACCGGTACTGCTCCTTCTGCCTGGCCAGCATCCTCAGGTG...TAGCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGGCCTCAGAACTGTGCTGCCTGTGTTCACGAGGGCATATATGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100857 TGGGCCTCAGAACTGTGCTGCCTGTGTTCACGAGGGCATATATGAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATTTCTATTTTAGAAAGCAGTTCG         GCCTTCCCAGATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100907 GCATTTCTATTTTAGAAAGCAGTTCGGTA...CAGGCCTTCCCAGATAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGCCCGCAGGGAGGTGGAGAGCCTGCCGGCCGTCTGTCCCAGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101697 GCTGCCCGCAGGGAGGTGGAGAGCCTGCCGGCCGTCTGTCCCAGTGATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATGCACCTGGAAGGGGACCCTGAAAGAATACGAG         AGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101747 ATGCACCTGGAAGGGGACCCTGAAAGAATACGAGGTA...TAGAGCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGAAGGCCGCTGCCCGCTCATGCTGACCGAATGTCCCGCGTGCAAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109337 ACGAAGGCCGCTGCCCGCTCATGCTGACCGAATGTCCCGCGTGCAAAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGTCCGCCTTGGTGAAAAGGAGCGCCACCTGGAGCACGAGTGCCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109387 CTGGTCCGCCTTGGTGAAAAGGAGCGCCACCTGGAGCACGAGTGCCCGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAGAAGCCTGAGCTGCCGGCATTGCCGGGCACCCTGCTGCGGAGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109437 GAGAAGCCTGAGCTGCCGGCATTGCCGGGCACCCTGCTGCGGAGCAGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TGAAG         GCGCACCACGAGGTCTGCCCCAAGTTCCCCTTAACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109487 TGAAGGTG...AAGGCGCACCACGAGGTCTGCCCCAAGTTCCCCTTAACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TGTGACGGCTGCGGCAAGAAGAAGATCCCCCGGGAGAAG         TT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111216 TGTGACGGCTGCGGCAAGAAGAAGATCCCCCGGGAGAAGGTG...TAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAGGACCACGTCAAGACTTGTGGCAAGTGTCGAGTCCCTTGCAGATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117803 TCAGGACCACGTCAAGACTTGTGGCAAGTGTCGAGTCCCTTGCAGATTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACGCCATCGGCTGCCTCGAGACG         GTAGAGGGTGAGAAACAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 117853 ACGCCATCGGCTGCCTCGAGACGGTG...CAGGTAGAGGGTGAGAAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CAGGAGCACGAGGTGCAGTGGCTGCGGGAGCACCTGGCCATGCTACTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121512 CAGGAGCACGAGGTGCAGTGGCTGCGGGAGCACCTGGCCATGCTACTGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTCGGTGCTGGAGGCAAAGCCCCTCTTGGGAGACCAGAGCCACGCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121562 CTCGGTGCTGGAGGCAAAGCCCCTCTTGGGAGACCAGAGCCACGCGGGGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CAGAGCTCCTGCAGAGGTGCGAGAGCCTGGAGAAGAAGACGGCCACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121612 CAGAGCTCCTGCAGAGGTGCGAGAGCCTGGAGAAGAAGACGGCCACTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAGAACATTGTCTGCGTCCTGAACCGGGAGGTGGAGAGGGTGGCCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121662 GAGAACATTGTCTGCGTCCTGAACCGGGAGGTGGAGAGGGTGGCCATGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGCCGAGGCCTGCAGCCGGCAGCACCGGCTGGACCAAGACAAGATTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121712 TGCCGAGGCCTGCAGCCGGCAGCACCGGCTGGACCAAGACAAGATTGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CCCTGAGTAGCAAG         GTGCAGCAGCTGGAGAGGAGCATTGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 121762 CCCTGAGTAGCAAGGTT...CAGGTGCAGCAGCTGGAGAGGAGCATTGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CTCAAGGACCTGGCGATGGCTGACTTGGAGCAGAAGGTCTTGGAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122325 CTCAAGGACCTGGCGATGGCTGACTTGGAGCAGAAGGTCTTGGAGATGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCATCCACCTACGATGGGGTCTTCATCTGGAAGATCTCAGACTTCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122375 GGCATCCACCTACGATGGGGTCTTCATCTGGAAGATCTCAGACTTCGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGAAGCGCCAGGAAGCTGTGGCTGGCCGCATACCCGCCATCTTCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122425 GGAAGCGCCAGGAAGCTGTGGCTGGCCGCATACCCGCCATCTTCTCCCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         CCTTCTACACCAGCAGGTACGGCTACAAGATGTGTCTGCG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122475 GGTG...CAGCCTTCTACACCAGCAGGTACGGCTACAAGATGTGTCTGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TATCTACCTGAACGGCGACGGCACCGGGCGAGGAACACACCTGTCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125152 TATCTACCTGAACGGCGACGGCACCGGGCGAGGAACACACCTGTCCCTCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCTTTGTGGTGATGAAGGGCCCGAATGACGCCCTGCTGCGGTGGCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125202 TCTTTGTGGTGATGAAGGGCCCGAATGACGCCCTGCTGCGGTGGCCCTTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AACCAGAAG         GTGACCTTAATGCTGCTCGACCAGAATAACCG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 125252 AACCAGAAGGTG...CAGGTGACCTTAATGCTGCTCGACCAGAATAACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GGAGCACGTGATTGACGCCTTCAGGCCCGACGTGACTTCATCCTCTTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126975 GGAGCACGTGATTGACGCCTTCAGGCCCGACGTGACTTCATCCTCTTTTC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAGGCCAGTCAACGACATGAACATCGCAAGCGGCTGCCCCCTCTTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127025 AGAGGCCAGTCAACGACATGAACATCGCAAGCGGCTGCCCCCTCTTCTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CCCGTCTCCAAGATGGAGGCAAAGAATTCCTACGTGCGGGACGATGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127075 CCCGTCTCCAAGATGGAGGCAAAGAATTCCTACGTGCGGGACGATGCCAT

   1550     .    :    .    :    .    :
   1470 CTTCATCAAGGCCATTGTGGACCTGACAGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127125 CTTCATCAAGGCCATTGTGGACCTGACAGGGCTC