seq1 = pF1KE1041.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE1041/gi568815588f_14796849.tfa (gi568815588f:14796849_15002509), 205661 bp

>pF1KE1041 1050
>gi568815588f:14796849_15002509 (Chr10)

1-669  (100001-100669)   100% ->
670-816  (102691-102837)   100% ->
817-946  (104285-104414)   100% ->
947-1050  (105558-105661)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAATATTATCTTGTAAAATGGAAAGGATGGCCAGATTCTACAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAATATTATCTTGTAAAATGGAAAGGATGGCCAGATTCTACAAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGGGAACCTTTGCAAAATCTGAAGTGCCCGTTACTGCTTCAGCAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTGGGAACCTTTGCAAAATCTGAAGTGCCCGTTACTGCTTCAGCAATTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTAATGACAAGCATAATTATTTATCTCAGGTAAAGAAAGGCAAAGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTAATGACAAGCATAATTATTTATCTCAGGTAAAGAAAGGCAAAGCAATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTCCAAAAGACAATAACAAAACTTTGAAACCTGCCATTGCTGAGTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTCCAAAAGACAATAACAAAACTTTGAAACCTGCCATTGCTGAGTACAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGAAGAAGGCTAAACAAAGGATAGCTCTGCAGAGATGGCAAGATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGTGAAGAAGGCTAAACAAAGGATAGCTCTGCAGAGATGGCAAGATGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCAACAGAAGAAAGAATCATAAAGGAATGATATTTGTTGAAAATACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCAACAGAAGAAAGAATCATAAAGGAATGATATTTGTTGAAAATACTGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GATTTAGAGGGCCCACCTTCAGACTTCTATTACATTAACGAATACAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GATTTAGAGGGCCCACCTTCAGACTTCTATTACATTAACGAATACAAACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGCTCCTGGAATCAGCTTAGTCAATGAAGCTACCTTTGGTTGTTCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 AGCTCCTGGAATCAGCTTAGTCAATGAAGCTACCTTTGGTTGTTCATGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGATTGCTTCTTTCAAAAATGTTGTCCTGCTGAAGCTGGAGTTCTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGATTGCTTCTTTCAAAAATGTTGTCCTGCTGAAGCTGGAGTTCTTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCTTATAATAAAAACCAACAAATTAAAATCCCACCTGGTACTCCCATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCTTATAATAAAAACCAACAAATTAAAATCCCACCTGGTACTCCCATCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGAATGCAACTCAAGGTGTCAGTGTGGTCCTGATTGTCCCAATAGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGAATGCAACTCAAGGTGTCAGTGTGGTCCTGATTGTCCCAATAGGATTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TACAAAAAGGCACACAGTATTCGCTTTGCATCTTTCGAACTAGCAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TACAAAAAGGCACACAGTATTCGCTTTGCATCTTTCGAACTAGCAATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGTGGCTGGGGTGTAAAGACCCTTGTGAAGATTAAAAGAATGAGTTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGTGGCTGGGGTGTAAAGACCCTTGTGAAGATTAAAAGAATGAGTTTTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CATGGAATATGTTGGAGAG         GTAATCACAAGTGAAGAAGCTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100651 CATGGAATATGTTGGAGAGGTA...TAGGTAATCACAAGTGAAGAAGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AAAGACGAGGACAGTTCTATGACAACAAGGGAATCACGTATCTCTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102713 AAAGACGAGGACAGTTCTATGACAACAAGGGAATCACGTATCTCTTTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CTGGACTATGAGTCTGATGAATTCACAGTGGATGCGGCTCGATACGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102763 CTGGACTATGAGTCTGATGAATTCACAGTGGATGCGGCTCGATACGGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 TGTGTCTCATTTTGTGAATCACAGC         TGTGACCCAAATCTTC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 102813 TGTGTCTCATTTTGTGAATCACAGCGTA...TAGTGTGACCCAAATCTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGTGTTCAATGTTTTCATTGATAACCTCGATACTCGTCTTCCCCGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104301 AGGTGTTCAATGTTTTCATTGATAACCTCGATACTCGTCTTCCCCGAATA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCATTGTTTTCCACAAGAACCATAAATGCTGGAGAAGAGCTGACTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104351 GCATTGTTTTCCACAAGAACCATAAATGCTGGAGAAGAGCTGACTTTTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTATCAAATGAAAG         GTTCTGGAGATATATCTTCAGATTCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104401 TTATCAAATGAAAGGTA...CAGGTTCTGGAGATATATCTTCAGATTCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TTGACCACAGCCCAGCCAAAAAGAGGGTCAGAACAGTATGTAAATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105585 TTGACCACAGCCCAGCCAAAAAGAGGGTCAGAACAGTATGTAAATGTGGA

   1050     .    :    .    :    .
   1024 GCTGTGACTTGCAGAGGTTACCTCAAC
        |||||||||||||||||||||||||||
 105635 GCTGTGACTTGCAGAGGTTACCTCAAC