seq1 = pF1KE1040.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KE1040/gi568815581r_1395826.tfa (gi568815581r:1395826_1616499), 220674 bp

>pF1KE1040 1344
>gi568815581r:1395826_1616499 (Chr17)

(complement)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-152  (102521-102628)   100% ->
153-261  (102939-103047)   100% ->
262-378  (106701-106817)   100% ->
379-554  (107147-107322)   100% ->
555-666  (108274-108385)   100% ->
667-776  (109411-109520)   100% ->
777-963  (118378-118564)   100% ->
964-1101  (119697-119834)   100% ->
1102-1185  (120098-120181)   100% ->
1186-1290  (120336-120440)   100% ->
1291-1344  (120621-120674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTCGCGGAAGCTGAGCGGGCCGAAAGGCAGGAGGCTCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGAGCTCGCGGAAGCTGAGCGGGCCGAAAGGCAGGAGGCTCAGGTG...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    CATACACGTCGTGACTTGGAACGTGGCTTCGGCAGCGCCCCCTCTAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102518 CAGCATACACGTCGTGACTTGGAACGTGGCTTCGGCAGCGCCCCCTCTAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCTCAGTGACCTGCTTCAGCTGAACAACCGGAACCTCAATCTTGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102568 ATCTCAGTGACCTGCTTCAGCTGAACAACCGGAACCTCAATCTTGACATA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATGTTATTGG         TTTGCAGGAATTGAACTCTGGGATCATAAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102618 TATGTTATTGGGTA...CAGTTTGCAGGAATTGAACTCTGGGATCATAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCTCCTTTCCGATGCTGCCTTTAATGACTCGTGGAGCAGTTTCCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102969 CCTCCTTTCCGATGCTGCCTTTAATGACTCGTGGAGCAGTTTCCTCATGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGTGCTTTCCCCTCTGAGCTTCATCAAG         GTCTCCCATGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103019 ATGTGCTTTCCCCTCTGAGCTTCATCAAGGTA...CAGGTCTCCCATGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGTATGCAGGGGATCCTCTTACTGGTCTTTGCCAAGTATCAGCATTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106713 CGTATGCAGGGGATCCTCTTACTGGTCTTTGCCAAGTATCAGCATTTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTATATCCAGATTCTGTCTACTAAATCCACCCCCACTGGCCTGTTTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106763 CTATATCCAGATTCTGTCTACTAAATCCACCCCCACTGGCCTGTTTGGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTGG         GGGAACAAAGGTGGAGTCAACATCTGCCTGAAGCTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106813 ACTGGGTA...CAGGGGAACAAAGGTGGAGTCAACATCTGCCTGAAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TATGGCTACTATGTCAGCATCATCAACTGCCACCTGCCTCCCCACATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107183 TATGGCTACTATGTCAGCATCATCAACTGCCACCTGCCTCCCCACATTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACAATTACCAGCGGCTGGAGCACTTTGACCGGATCCTGGAGATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107233 CAACAATTACCAGCGGCTGGAGCACTTTGACCGGATCCTGGAGATGCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATTGTGAGGGGCGAGACATCCCAAACATCCTGGACCACGA         C
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107283 ATTGTGAGGGGCGAGACATCCCAAACATCCTGGACCACGAGTG...AAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCATTATCTGGTTTGGAGACATGAACTTTCGGATCGAGGACTTTGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108275 CTCATTATCTGGTTTGGAGACATGAACTTTCGGATCGAGGACTTTGGGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCACTTTGTTCGGGAATCCATTAAAAATCGGTGCTACGGTGGCCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108325 GCACTTTGTTCGGGAATCCATTAAAAATCGGTGCTACGGTGGCCTGTGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAAGGACCAG         CTCAGCATTGCCAAGAAACATGACCCGCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 108375 AGAAGGACCAGGTA...CAGCTCAGCATTGCCAAGAAACATGACCCGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTCCGGGAGTTCCAGGAGGGCCGCCTACTCTTCCCGCCCACCTACAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109441 CTCCGGGAGTTCCAGGAGGGCCGCCTACTCTTCCCGCCCACCTACAAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGATAGGAACTCCAACGACTATGACACCAG         TGAGAAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109491 TGATAGGAACTCCAACGACTATGACACCAGGTG...CAGTGAGAAAAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAAGCCTGCATGGACCGATCGCATCCTGTGGAGGCTGAAGCGGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118389 GCAAGCCTGCATGGACCGATCGCATCCTGTGGAGGCTGAAGCGGCAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TGTGCTGGCCCCGACACTCCCATACCGCCGGCGTCACACTTCTCCTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118439 TGTGCTGGCCCCGACACTCCCATACCGCCGGCGTCACACTTCTCCTTGTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCTGAGGGGCTACAGCAGCCACATGACGTACGGCATCAGCGACCACAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118489 TCTGAGGGGCTACAGCAGCCACATGACGTACGGCATCAGCGACCACAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGTCTCCGGCACGTTCGACTTGGAG         CTGAAGCCATTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118539 CTGTCTCCGGCACGTTCGACTTGGAGGTG...TAGCTGAAGCCATTGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCTGCTCCGCTGATCGTCCTGATGCCCGAGGACCTGTGGACCGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119712 TCTGCTCCGCTGATCGTCCTGATGCCCGAGGACCTGTGGACCGTGGAAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TGACATGATGGTCAGCTACTCTTCAACCTCGGACTTCCCCAGCAGCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119762 TGACATGATGGTCAGCTACTCTTCAACCTCGGACTTCCCCAGCAGCCCGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGGACTGGATTGGACTGTACAAG         GTGGGGCTGCGGGACGTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119812 GGGACTGGATTGGACTGTACAAGGTG...CAGGTGGGGCTGCGGGACGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AATGACTACGTGTCCTATGCCTGGGTCGGGGACAGCAAGGTCTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120116 AATGACTACGTGTCCTATGCCTGGGTCGGGGACAGCAAGGTCTCCTGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGACAACCTGAACCAG         GTTTACATCGACATCAGCAATATCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120166 CGACAACCTGAACCAGGTA...CAGGTTTACATCGACATCAGCAATATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CTACCACTGAAGATGAGTTTCTCCTCTGTTACTACAGCAACAGTCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120361 CTACCACTGAAGATGAGTTTCTCCTCTGTTACTACAGCAACAGTCTGCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTGTGGTGGGGATAAGCAGACCCTTCCAG         ATCCCGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120411 TCTGTGGTGGGGATAAGCAGACCCTTCCAGGTA...CAGATCCCGCCTGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTCCTTGAGGGAGGACCCACTGGGTGAAGCACAGCCACAGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120632 CTCCTTGAGGGAGGACCCACTGGGTGAAGCACAGCCACAGATC