seq1 = pF1KE1039.tfa, 1485 bp
seq2 = pF1KE1039/gi568815595r_8781360.tfa (gi568815595r:8781360_9063385), 282026 bp

>pF1KE1039 1485
>gi568815595r:8781360_9063385 (Chr3)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-133  (104385-104466)   100% ->
134-195  (114816-114877)   100% ->
196-266  (116096-116166)   100% ->
267-604  (121582-121919)   100% ->
605-704  (123733-123832)   100% ->
705-889  (127331-127515)   100% ->
890-966  (149666-149742)   98% ->
967-1027  (151014-151074)   100% ->
1028-1168  (160866-161006)   100% ->
1169-1322  (164339-164492)   100% ->
1323-1385  (172935-172997)   100% ->
1386-1485  (181927-182026)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACTCCCTGGCCGAGTCTCGGTGGCCTCCGGGCCTGGCAGTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACTCCCTGGCCGAGTCTCGGTGGCCTCCGGGCCTGGCAGTCATGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         ACAATAGATGATTTGCTGCGGTGTGGAATTTGCTTCGAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTG...CAGACAATAGATGATTTGCTGCGGTGTGGAATTTGCTTCGAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTCAACATTGCAATGATAATACCTCAGTGTTCACATAACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104425 ATTTCAACATTGCAATGATAATACCTCAGTGTTCACATAACTGTA...CA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    134  ACTGCTCTCTCTGTATAAGAAAATTTCTGTCCTATAAAACTCAGTGTCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114815 GACTGCTCTCTCTGTATAAGAAAATTTCTGTCCTATAAAACTCAGTGTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACTTGCTGTGTG         ACTGTCACAGAGCCGGATCTGAAAAATA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114865 AACTTGCTGTGTGGTG...TAGACTGTCACAGAGCCGGATCTGAAAAATA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACCGCATATTAGATGAACTGGTAAAAAGCTTGAATTTTGCACG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 116124 ACCGCATATTAGATGAACTGGTAAAAAGCTTGAATTTTGCACGGTA...A

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    267   GAATCATCTGCTGCAGTTTGCTTTAGAGTCACCAGCCAAATCTCCTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121580 AGGAATCATCTGCTGCAGTTTGCTTTAGAGTCACCAGCCAAATCTCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTCTTCCTCTTCAAAGAATCTTGCTGTCAAAGTATATACTCCTGTAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121630 TTCTTCCTCTTCAAAGAATCTTGCTGTCAAAGTATATACTCCTGTAGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCAGACAGTCTTTAAAGCAGGGGAGCAGGTTAATGGATAATTTCTTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121680 CCAGACAGTCTTTAAAGCAGGGGAGCAGGTTAATGGATAATTTCTTGATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AGAGAAATGAGTGGTTCTACATCAGAGTTGTTGATAAAAGAAAATAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121730 AGAGAAATGAGTGGTTCTACATCAGAGTTGTTGATAAAAGAAAATAAAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAAATTCAGCCCTCAAAAAGAGGCGAGCCCTGCTGCAAAGACCAAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121780 CAAATTCAGCCCTCAAAAAGAGGCGAGCCCTGCTGCAAAGACCAAAGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACGTTCTGTAGAAGAGATCGCTCCAGATCCCTCAGAGGCTAAGCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121830 CACGTTCTGTAGAAGAGATCGCTCCAGATCCCTCAGAGGCTAAGCGTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GAGCCACCCTCGACATCCACTTTGAAACAAGTTACTAAAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121880 GAGCCACCCTCGACATCCACTTTGAAACAAGTTACTAAAGGTA...CAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGATTGTCCTGTTTGCGGGGTTAACATTCCAGAAAGTCACATTAATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123734 GGATTGTCCTGTTTGCGGGGTTAACATTCCAGAAAGTCACATTAATAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATTTAGACAGCTGTTTATCACGCGAAGAGAAGAAGGAAAGCCTCAGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 123784 ATTTAGACAGCTGTTTATCACGCGAAGAGAAGAAGGAAAGCCTCAGAAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    705         TTCTGTTCACAAAAGGAAGCCGCTGCCCAAAACTGTATATAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123834 TA...CAGTTCTGTTCACAAAAGGAAGCCGCTGCCCAAAACTGTATATAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTTGCTCTCTGATCGTGATTTAAAGAAAAAGCTAAAAGAGCATGGATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127373 TTTGCTCTCTGATCGTGATTTAAAGAAAAAGCTAAAAGAGCATGGATTAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTATTCAAGGAAATAAACAACAGCTCATTAAAAGGCACCAAGAATTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127423 CTATTCAAGGAAATAAACAACAGCTCATTAAAAGGCACCAAGAATTTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACATGTACAATGCCCAATGCGATGCTTTGCATCCTAAATCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 127473 CACATGTACAATGCCCAATGCGATGCTTTGCATCCTAAATCAGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    890   CTGCTGAAATAGTTCAAGAAATCGAAAATATAGAGAAGACTAGGATGC
        >>||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 149664 AGCTGCTGAAATAGTTCGAGAAATCGAAAATATAGAGAAGACTAGGATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTCTTGAAGCTAGTAAACTCAATGAAAGT         GTAATGGTTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 149714 GTCTTGAAGCTAGTAAACTCAATGAAAGTGTA...TAGGTAATGGTTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACAAAGGACCAAACAGAAAAGGAAATAGATGAAATCCACAGTAAATATC 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 151026 ACAAAGGACCAAACAGAAAAGGAAATAGATGAAATCCACAGTAAATATCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1028         GTAAAAAACATAAGAGTGAATTTCAGCTTCTGGTGGATCAGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151076 TA...CAGGTAAAAAACATAAGAGTGAATTTCAGCTTCTGGTGGATCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CTAGAAAAGGATACAAGAAAATTGCTGGAATGTCACAAAAAACAGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160908 CTAGAAAAGGATACAAGAAAATTGCTGGAATGTCACAAAAAACAGTAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 ATAACAAAAGAAGATGAATCTACAGAAAAGCTATCTTCTGTATGCATGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 160958 ATAACAAAAGAAGATGAATCTACAGAAAAGCTATCTTCTGTATGCATGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1169         GACAGGAAGATAATATGACCTCAGTAACAAACCACTTTTCTC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161008 TA...TAGGACAGGAAGATAATATGACCTCAGTAACAAACCACTTTTCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AATCAAAGCTGGACTCCCCAGAGGAATTGGAACCTGACAGAGAAGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164381 AATCAAAGCTGGACTCCCCAGAGGAATTGGAACCTGACAGAGAAGAGGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TCTTCTAGCTGTATTGATATTCAAGAAGTTCTTTCTTCATCAGAATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164431 TCTTCTAGCTGTATTGATATTCAAGAAGTTCTTTCTTCATCAGAATCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 TTCATGCAATAG         TTCCAGTTCAGACATCATAAGAGATCTTT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 164481 TTCATGCAATAGGTA...TAGTTCCAGTTCAGACATCATAAGAGATCTTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TAGAAGAAGAGGAAGCCTGGGAAGCATCACATAA         AAACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 172964 TAGAAGAAGAGGAAGCCTGGGAAGCATCACATAAGTG...CAGAAACGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 CTTCAAGACACAGAAATAAGTCCAAGACAGAATCGCCGCACAAGAGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181934 CTTCAAGACACAGAAATAAGTCCAAGACAGAATCGCCGCACAAGAGCCGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGAAAGTGCTGAGATTGAACCAAGAAACAAGCGTAATAGGAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181984 TGAAAGTGCTGAGATTGAACCAAGAAACAAGCGTAATAGGAAT