seq1 = pF1KE1036.tfa, 1674 bp
seq2 = pF1KE1036/gi568815592r_31587215.tfa (gi568815592r:31587215_31803281), 216067 bp

>pF1KE1036 1674
>gi568815592r:31587215_31803281 (Chr6)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-189  (101152-101208)   100% ->
190-256  (101942-102008)   100% ->
257-343  (102254-102340)   100% ->
344-429  (106249-106334)   100% ->
430-503  (109850-109923)   100% ->
504-626  (110133-110255)   100% ->
627-741  (111364-111478)   99% ->
742-843  (111602-111703)   100% ->
844-907  (112680-112743)   100% ->
908-957  (113155-113204)   100% ->
958-1081  (113578-113701)   99% ->
1082-1186  (114163-114267)   100% ->
1187-1250  (114496-114559)   100% ->
1251-1307  (114977-115033)   100% ->
1308-1370  (115179-115241)   100% ->
1371-1447  (115382-115458)   100% ->
1448-1546  (115542-115640)   100% ->
1547-1593  (115738-115784)   100% ->
1594-1674  (115987-116067)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAGCTGCTGAGCTGCGTCCTAGGCCCCCGGCTCTACAAAATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGAAGCTGCTGAGCTGCGTCCTAGGCCCCCGGCTCTACAAAATCTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGGAGAGGGACTCTGAAAGGGCCCCGGCCAGCGTCCCTGAGACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCGGGAGAGGGACTCTGAAAGGGCCCCGGCCAGCGTCCCTGAGACGCCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCAGTCACTGCCCCCCATTCCAGCTCCTGG         GATACGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 CGGCAGTCACTGCCCCCCATTCCAGCTCCTGGGTG...CAGGATACGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TATCAGCCCCGTGCCCTGGAGAAACATGCTGACAGCATCCTGGCACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 101161 TATCAGCCCCGTGCCCTGGAGAAACATGCTGACAGCATCCTGGCACTGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    190        GCTTCAGTATTCTGGTCCATCTCTTATTACTCCTCTCCCTTCG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101211 A...CAGGCTTCAGTATTCTGGTCCATCTCTTATTACTCCTCTCCCTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCTTCTTCTACTTGTACAGGAAAG         GTTACTTGAGTTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101985 CCTTCTTCTACTTGTACAGGAAAGGTC...CAGGTTACTTGAGTTTGTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAAGTGGTGCCGTTTTCTCACTATGCTGGGACATTGCTGCTACTTCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102271 AAAGTGGTGCCGTTTTCTCACTATGCTGGGACATTGCTGCTACTTCTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGTGTGGCCTGCCTCCGAG         GCATTGGCCGCTGGACCAACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 102321 AGGTGTGGCCTGCCTCCGAGGTA...CAGGCATTGGCCGCTGGACCAACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CCCAGTACCGGCAGTTCATCACCATCTTGGAAGCAACACATCGGAACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106270 CCCAGTACCGGCAGTTCATCACCATCTTGGAAGCAACACATCGGAACCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCTTCAGAAAACAAG         AGGCAGCTTGCCAACTACAACTTTGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106320 TCTTCAGAAAACAAGGTG...CAGAGGCAGCTTGCCAACTACAACTTTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTCCGGAGCTGGCCAGTCGACTTCCACTGGGAAGAACCCAGCAGCCG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109876 CTTCCGGAGCTGGCCAGTCGACTTCCACTGGGAAGAACCCAGCAGCCGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    504        GAAGGAGTCTCGAGGGGGCCCTTCCCGCCGGGGTGTGGCCCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109926 G...CAGGAAGGAGTCTCGAGGGGGCCCTTCCCGCCGGGGTGTGGCCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CTTCGCCCAGAGCCCCTGCACCGGGGGACAGCAGACACCCTCCTCAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110176 CTTCGCCCAGAGCCCCTGCACCGGGGGACAGCAGACACCCTCCTCAACCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGTTAAGAAGCTGCCTTGTCAGATCACCAG         CTACCTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110226 GGTTAAGAAGCTGCCTTGTCAGATCACCAGGTG...CAGCTACCTGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CGCACACCCTAGGGCGCCGGATGTTGTATCCAGGCTCTGTGTACCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 111375 CGCACACCCTAGGGCGCCGGATGCTGTATCCAGGCTCTGTGTACCTGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CAGAAGGCCCTCATGCCTGTGCTGCTGCAGGGCCAGGCCCGACTGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111425 CAGAAGGCCCTCATGCCTGTGCTGCTGCAGGGCCAGGCCCGACTGGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AGAG         TGTAATGGGCGCCGGGCAAAGCTGCTGGCCTGTGATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111475 AGAGGTG...CAGTGTAATGGGCGCCGGGCAAAGCTGCTGGCCTGTGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCAATGAGATTGACACCATGTTTGTGGACCGGCGGGGGACAGCTGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111639 GCAATGAGATTGACACCATGTTTGTGGACCGGCGGGGGACAGCTGAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGGGACAGAAGCTG         GTGATCTGCTGTGAGGGGAATGCTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111689 CAGGGACAGAAGCTGGTA...TAGGTGATCTGCTGTGAGGGGAATGCTGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GTTTTATGAGGTGGGCTGCGTCTCCACGCCCCTGGAAG         CTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 112706 GTTTTATGAGGTGGGCTGCGTCTCCACGCCCCTGGAAGGTA...CAGCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 GATATTCAGTCCTGGGCTGGAATCATCCAGGCTTTGCTGGAAGCACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113158 GATATTCAGTCCTGGGCTGGAATCATCCAGGCTTTGCTGGAAGCACGGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    958       GGGGTGCCATTCCCGCAGAATGAGGCTAATGCCATGGATGTGGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113208 ...CAGGGGGTGCCATTCCCGCAGAATGAGGCTAATGCCATGGATGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GGTCCAGTTTGCCATCCACCGCCTGGGCTTCCAGCCCCAGGACATCATCA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 113622 GGTCCAGTTTGCCATCCACCGCCTAGGCTTCCAGCCCCAGGACATCATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 TCTACGCCTGGTCCATCGGCGGCTTCACTG         CCACGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 113672 TCTACGCCTGGTCCATCGGCGGCTTCACTGGTA...CAGCCACGTGGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 GCCATGTCCTACCCAGATGTTAGTGCCATGATCCTGGATGCCTCCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114174 GCCATGTCCTACCCAGATGTTAGTGCCATGATCCTGGATGCCTCCTTTGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 TGACCTGGTGCCCTTGGCCTTGAAGGTCATGCCAGACAGCTGGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 114224 TGACCTGGTGCCCTTGGCCTTGAAGGTCATGCCAGACAGCTGGAGTG...

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187    GGGGCCTGGTGACCAGGACCGTGAGGCAGCATCTCAATCTAAACAAC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114493 TAGGGGGCCTGGTGACCAGGACCGTGAGGCAGCATCTCAATCTAAACAAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 GCGGAGCAGCTGTGCAG         ATACCAGGGTCCTGTACTGCTGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 114543 GCGGAGCAGCTGTGCAGGTG...AAGATACCAGGGTCCTGTACTGCTGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1275 CCGGAGAACCAAGGATGAGATCATCACCACCAC         GGTTCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 115001 CCGGAGAACCAAGGATGAGATCATCACCACCACGTG...CAGGGTTCCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1316 AGGACATCATGTCCAACCGAGGCAATGACCTCCTGCTGAAGCTCCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115187 AGGACATCATGTCCAACCGAGGCAATGACCTCCTGCTGAAGCTCCTGCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366 CATCG         GTATCCCCGGGTGATGGCAGAGGAGGGTCTTCGAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115237 CATCGGTG...TAGGTATCCCCGGGTGATGGCAGAGGAGGGTCTTCGAGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1407 GGTGAGGCAGTGGTTGGAGGCCTCCTCACAGCTGGAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 115418 GGTGAGGCAGTGGTTGGAGGCCTCCTCACAGCTGGAGGAAGGTG...CAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1448 CCTCAATTTATAGCCGATGGGAGGTGGAAGAGGACTGGTGTCTGTCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115542 CCTCAATTTATAGCCGATGGGAGGTGGAAGAGGACTGGTGTCTGTCTGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1498 CTCCGCTCCTACCAGGCAGAACACGGGCCCGACTTCCCCTGGAGCGTGG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 115592 CTCCGCTCCTACCAGGCAGAACACGGGCCCGACTTCCCCTGGAGCGTGGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547         GGGAGGACATGAGTGCAGATGGACGGCGGCAGCTGGCTTTGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115642 TA...CAGGGGAGGACATGAGTGCAGATGGACGGCGGCAGCTGGCTTTGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1589 TTCTG         GCTCGGAAGCATCTGCACAACTTTGAGGCCACTCAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115780 TTCTGGTG...CAGGCTCGGAAGCATCTGCACAACTTTGAGGCCACTCAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1630 TGCACCCCACTCCCAGCCCAGAACTTCCAGATGCCCTGGCACCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116023 TGCACCCCACTCCCAGCCCAGAACTTCCAGATGCCCTGGCACCTC