seq1 = pF1KE1034.tfa, 1272 bp
seq2 = pF1KE1034/gi568815595r_38023050.tfa (gi568815595r:38023050_38237035), 213986 bp

>pF1KE1034 1272
>gi568815595r:38023050_38237035 (Chr3)

(complement)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-265  (100351-100444)   100% ->
266-323  (103027-103084)   100% ->
324-403  (105031-105110)   100% ->
404-446  (105398-105440)   100% ->
447-545  (107648-107746)   100% ->
546-626  (109170-109250)   100% ->
627-817  (110336-110526)   100% ->
818-997  (110695-110874)   100% ->
998-1053  (111155-111210)   100% ->
1054-1199  (111326-111471)   100% ->
1200-1272  (113914-113986)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGAGGCTGCAGGTAGTGCTGGGCCACCTGAGGGGTCCGGCCGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAGAGGCTGCAGGTAGTGCTGGGCCACCTGAGGGGTCCGGCCGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTGGATGCCGCAGGCCGCGCCTTGCCTGAGCGGTGCCCCGCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTGGATGCCGCAGGCCGCGCCTTGCCTGAGCGGTGCCCCGCAGGCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCGCGGACGTGGTGGTGGTGCACGGGCGGCGCACGGCCATCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCGCGGACGTGGTGGTGGTGCACGGGCGGCGCACGGCCATCTGCCGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGGGCCGCGGCGGCTTCAAG         GACACCACCCCCGACGAGCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 GCGGGCCGCGGCGGCTTCAAGGTG...CAGGACACCACCCCCGACGAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCTCTCGGCAGTCATGACCGCGGTTCTCAAGGACGTGAATCTGAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100371 TCTCTCGGCAGTCATGACCGCGGTTCTCAAGGACGTGAATCTGAGGCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACAGCTGGGGGACATCTGTGTCG         GAAATGTGCTGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100421 AACAGCTGGGGGACATCTGTGTCGGTG...CAGGAAATGTGCTGCAGCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGGGCCGGGGCAATCATGGCCCGAATCGCCCAGTTTCTGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103044 GGGGCCGGGGCAATCATGGCCCGAATCGCCCAGTTTCTGAGGTA...CAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGACATCCCGGAGACTGTGCCTTTGTCCACTGTCAATAGACAGTGTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105031 TGACATCCCGGAGACTGTGCCTTTGTCCACTGTCAATAGACAGTGTTCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGGGCTACAGGCAGTGGCCAGCATAGCAG         GTGGCATCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105081 CGGGGCTACAGGCAGTGGCCAGCATAGCAGGTA...CAGGTGGCATCAGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AATGGGTCTTATGACATTGGCATGGCCTGTGG         GGTGGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105409 AATGGGTCTTATGACATTGGCATGGCCTGTGGGTA...CAGGGTGGAGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CATGTCCCTGGCTGACAGAGGGAACCCTGGAAATATTACTTCGCGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107657 CATGTCCCTGGCTGACAGAGGGAACCCTGGAAATATTACTTCGCGCTTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAGAAGGAGAAGGCCAGAGATTGCCTGATTCCTATGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107707 TGGAGAAGGAGAAGGCCAGAGATTGCCTGATTCCTATGGGGTG...TAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 ATAACCTCTGAGAATGTGGCTGAGCGGTTTGGCATTTCACGGGAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 ATAACCTCTGAGAATGTGGCTGAGCGGTTTGGCATTTCACGGGAGAAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GGATACCTTTGCCCTGGCTTCCCAGCAGAA         GGCAGCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 109221 GGATACCTTTGCCCTGGCTTCCCAGCAGAAGTG...CAGGGCAGCAAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCCAGAGCAAGGGCTGTTTCCAAGCTGAGATTGTGCCTGTGACCACCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110347 CCCAGAGCAAGGGCTGTTTCCAAGCTGAGATTGTGCCTGTGACCACCACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCCATGATGACAAGGGCACCAAGAGGAGCATCACTGTGACCCAGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110397 GTCCATGATGACAAGGGCACCAAGAGGAGCATCACTGTGACCCAGGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGGTATCCGCCCCAGCACCACCATGGAGGGCCTGGCCAAACTGAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110447 GGGTATCCGCCCCAGCACCACCATGGAGGGCCTGGCCAAACTGAAGCCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CCTTCAAGAAAGATGGTTCTACCACAGCTG         GAAACTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110497 CCTTCAAGAAAGATGGTTCTACCACAGCTGGTG...TAGGAAACTCTAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAGGTGAGTGATGGGGCAGCTGCCATCCTGCTGGCCCGGAGGTCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110706 CAGGTGAGTGATGGGGCAGCTGCCATCCTGCTGGCCCGGAGGTCCAAGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGAAGAGTTGGGCCTTCCCATCCTTGGGGTCCTGAGGTCTTATGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110756 AGAAGAGTTGGGCCTTCCCATCCTTGGGGTCCTGAGGTCTTATGCAGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGGGGTCCCACCTGACATCATGGGCATTGGACCTGCCTATGCCATCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110806 TTGGGGTCCCACCTGACATCATGGGCATTGGACCTGCCTATGCCATCCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTAGCTTTGCAAAAAGCAG         GGCTGACAGTGAGTGACGTGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110856 GTAGCTTTGCAAAAAGCAGGTA...CAGGGCTGACAGTGAGTGACGTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATCTTCGAGATCAATGAGGCCTTTGCAAGCCAG         GCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111177 CATCTTCGAGATCAATGAGGCCTTTGCAAGCCAGGTG...CAGGCTGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACTGTGTGGAGAAGCTACGACTCCCCCCTGAGAAGGTGAACCCCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111333 ACTGTGTGGAGAAGCTACGACTCCCCCCTGAGAAGGTGAACCCCCTGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GGTGCAGTGGCCTTAGGGCACCCACTGGGCTGCACTGGGGCACGACAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111383 GGTGCAGTGGCCTTAGGGCACCCACTGGGCTGCACTGGGGCACGACAGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATCACGCTGCTCAATGAGCTGAAGCGCCGTGGGAAGAG         GG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 111433 CATCACGCTGCTCAATGAGCTGAAGCGCCGTGGGAAGAGGTA...CAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 CATACGGAGTGGTGTCCATGTGCATCGGGACTGGAATGGGAGCCGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113916 CATACGGAGTGGTGTCCATGTGCATCGGGACTGGAATGGGAGCCGCTGCC

   1350     .    :    .    :
   1252 GTCTTTGAATACCCTGGGAAC
        |||||||||||||||||||||
 113966 GTCTTTGAATACCCTGGGAAC