seq1 = pF1KE1023.tfa, 2322 bp
seq2 = pF1KE1023/gi568815575f_150345517.tfa (gi568815575f:150345517_150609999), 264483 bp

>pF1KE1023 2322
>gi568815575f:150345517_150609999 (ChrX)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-171  (117256-117330)   100% ->
172-1917  (124229-125974)   100% ->
1918-2040  (128164-128286)   99% ->
2041-2284  (157758-158001)   100% ->
2285-2322  (164446-164483)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGACTGGAAAAGTCGGCTTGTAATCAAGAGCATGCTTCCCCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGACTGGAAAAGTCGGCTTGTAATCAAGAGCATGCTTCCCCATTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCATGGTGGGAAATCGTCAGGAGCCCAGAAAGCTCCAGGAATCG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 CGCCATGGTGGGAAATCGTCAGGAGCCCAGAAAGCTCCAGGAATCGGTC.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GGAAAGAAGCCCTCGTGGATGGAGGAAGAAGATTTATCTTTTCTC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..CAGGGAAAGAAGCCCTCGTGGATGGAGGAAGAAGATTTATCTTTTCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACAAGAGCAGCCCAGGAAGAAAGCATCAG         GGAACTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 117301 TACAAGAGCAGCCCAGGAAGAAAGCATCAGGTA...CAGGGAACTGTTAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGGAGACAAGAAGAAGACCACTTCCAGTTTCCAGACATGGCTGATGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124240 GAGGAGACAAGAAGAAGACCACTTCCAGTTTCCAGACATGGCTGATGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTACCCTAATAAAATTAAGAGGCCTTGCCTTGAAGATGTCACCCTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124290 GCTACCCTAATAAAATTAAGAGGCCTTGCCTTGAAGATGTCACCCTTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGCCCAGGTGCTCATCCTAGTACTGCTTGTGCAGAACTGCAGGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124340 ATGGGCCCAGGTGCTCATCCTAGTACTGCTTGTGCAGAACTGCAGGTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCATTGACAATAAATCCTAGCCCTGCGGCTATGGGAGTGGCTGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124390 TCCATTGACAATAAATCCTAGCCCTGCGGCTATGGGAGTGGCTGGCCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATTACTGCTGGAGAATAACCCTATGAATGGCAACATCATGGGCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124440 CATTACTGCTGGAGAATAACCCTATGAATGGCAACATCATGGGCTCACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTTGTAGTACCACAGACTACAGAAGTGGGACTGAAAGGGCCCACTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124490 TTTGTAGTACCACAGACTACAGAAGTGGGACTGAAAGGGCCCACTGTTCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TTACTATGAGAAAATCAACAGCGTGCCGGCTGTAGACCAGGAGCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124540 TTACTATGAGAAAATCAACAGCGTGCCGGCTGTAGACCAGGAGCTTCAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGCTGCTAGAGGAGCTCACCAAAATTCAAGACCCTTCTCCAAATGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124590 AGCTGCTAGAGGAGCTCACCAAAATTCAAGACCCTTCTCCAAATGAGCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GATCTTGAGAAGATACTGGGGACGAAGCCAGAAGAGCCACTGGTTTTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124640 GATCTTGAGAAGATACTGGGGACGAAGCCAGAAGAGCCACTGGTTTTAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TCATCCCCAGGCAACCCTAAGCACAACTCCCAAGCCTTCGGTTCAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124690 TCATCCCCAGGCAACCCTAAGCACAACTCCCAAGCCTTCGGTTCAGATGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACACTTGGAGAGCCTGGCTTCCAGCAAGGAGTTTGCTTCTAGTTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124740 CACACTTGGAGAGCCTGGCTTCCAGCAAGGAGTTTGCTTCTAGTTGCAGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CAAGTTACTGGCATGTCACTTCAGATCCCATCCTCCTCCACAGGGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124790 CAAGTTACTGGCATGTCACTTCAGATCCCATCCTCCTCCACAGGGATCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTATTCGATTCCTTCCACCAGTAAGCAGATAGTGTCACCGAGTTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124840 CTATTCGATTCCTTCCACCAGTAAGCAGATAGTGTCACCGAGTTCTTCAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGCACAGTCCAAGAGCCAGGTCCAGGCCATGCTCCCTGTCGCTCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124890 TGGCACAGTCCAAGAGCCAGGTCCAGGCCATGCTCCCTGTCGCTCTGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CCCTTACCAGTGCCTCAGTGGCATCACGCCCACCAGCTGAAGGCGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124940 CCCTTACCAGTGCCTCAGTGGCATCACGCCCACCAGCTGAAGGCGTTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AGCCAGCAAGCAGGGGTCTGCTACAAAGCAGCAAGGGCCCACCCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124990 AGCCAGCAAGCAGGGGTCTGCTACAAAGCAGCAAGGGCCCACCCCCAGTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GGTCTGGTCTGCCTCCTCCAGGACTCTCTCCACCTTACCGCCCAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125040 GGTCTGGTCTGCCTCCTCCAGGACTCTCTCCACCTTACCGCCCAGTGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TCACCACACCCACCACCGCTGCCACTGCCACCACCACCACCCCCATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125090 TCACCACACCCACCACCGCTGCCACTGCCACCACCACCACCCCCATTCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CCCCCAGAGCCTCATGGTGTCCTGCATGTCGTCCAATACCTTGTCGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125140 CCCCCAGAGCCTCATGGTGTCCTGCATGTCGTCCAATACCTTGTCGGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GCACTCTCCGAGGCTCTCCCAATGCCTTACTGTCAAGCATGACGTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125190 GCACTCTCCGAGGCTCTCCCAATGCCTTACTGTCAAGCATGACGTCCAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGCAATGCTGCCCTGGGGCCCGCCATGCCCTATGCTCCTGAGAAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125240 AGCAATGCTGCCCTGGGGCCCGCCATGCCCTATGCTCCTGAGAAGCTCCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CAGCCCTGCTCTCACTCAACAGCCGCAGTTCGGCCCTCAGAGCTCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125290 CAGCCCTGCTCTCACTCAACAGCCGCAGTTCGGCCCTCAGAGCTCCATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 TTGCCAACCTCATGTCCTCTACCATCAAAACCCCTCAAGGACACCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125340 TTGCCAACCTCATGTCCTCTACCATCAAAACCCCTCAAGGACACCTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 TCTGCTCTGCCTGCCAGCAACCCTGGGCCGTCCCCACCCTATCGCCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125390 TCTGCTCTGCCTGCCAGCAACCCTGGGCCGTCCCCACCCTATCGCCCAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 GAAGCTCTCTAGCCCAGGCTTGCCACAGCAGTCCTTCACCCCACAGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125440 GAAGCTCTCTAGCCCAGGCTTGCCACAGCAGTCCTTCACCCCACAGTGTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 CCCTGATCCGAAGCCTCACTCCCACCAGTAATCTTCTAAGCCAGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125490 CCCTGATCCGAAGCCTCACTCCCACCAGTAATCTTCTAAGCCAGCAACAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGCAAATGTGATCTTTAAGCCCATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125540 CAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGCAAATGTGATCTTTAAGCCCATAAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CAGCAACTCATCCAAAACCCTGAGCATGATCATGCAGCAGGGGATGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125590 CAGCAACTCATCCAAAACCCTGAGCATGATCATGCAGCAGGGGATGGCAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 GCTCCAGCCCAGGAGCCACGGAGCCATTTACTTTTGGCAACACCAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125640 GCTCCAGCCCAGGAGCCACGGAGCCATTTACTTTTGGCAACACCAAGCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 TTGTCCCATTTTGTTTCTGAGCCGGGTCCCCAGAAGATGCCCTCCATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125690 TTGTCCCATTTTGTTTCTGAGCCGGGTCCCCAGAAGATGCCCTCCATGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 TACCACCTCTAGGCAGCCTTCCCTGCTCCACTACCTGCAGCAGCCGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125740 TACCACCTCTAGGCAGCCTTCCCTGCTCCACTACCTGCAGCAGCCGACAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CAACGCAGGCCTCCTCAGCCACTGCCTCCTCCACGGCCACTGCCACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125790 CAACGCAGGCCTCCTCAGCCACTGCCTCCTCCACGGCCACTGCCACCTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1783 CAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCCTGACCATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125840 CAGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCCTGACCATTCTTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1833 ATTCCTTCTGCAGCAGATGATGCAGCAACCCCAGCGTTTTCAGCGATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125890 ATTCCTTCTGCAGCAGATGATGCAGCAACCCCAGCGTTTTCAGCGATCAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1883 TGGCCTCAGATTCCATGCCTGCTCTGCCCAGACAG         GGCTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 125940 TGGCCTCAGATTCCATGCCTGCTCTGCCCAGACAGGTA...TAGGGCTGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1924 TGCCATCTGTTTGCATGGACTTCTGCAGCTAGCTCGGTGAAGCCCCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128170 TGCCATCTGTTTGCATGGACTTCTGCAGCTAGCTCGGTGAAGCCCCAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1974 TCAACACGGGAGCTCTTTCACTAGCAGGCAAGATCCTCAGCCTGGAGACG
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128220 TCAACACGGGAACTCTTTCACTAGCAGGCAAGATCCTCAGCCTGGAGACG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2024 TGTCACCGTCTAACATT         ACTCATGTAGACAAAGCCTGCAAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 128270 TGTCACCGTCTAACATTGTG...TAGACTCATGTAGACAAAGCCTGCAAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 CTTGGGGAAGCCAGGCACCCCCAGGTCAGCCTCGGGCGACAGCCCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157782 CTTGGGGAAGCCAGGCACCCCCAGGTCAGCCTCGGGCGACAGCCCCCGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115 CTGCCAGGCCCTGGGGAGTGAGTCCTTCCTGCCCGGCAGCTCCTTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157832 CTGCCAGGCCCTGGGGAGTGAGTCCTTCCTGCCCGGCAGCTCCTTTGCTC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2165 ATGAGCTGGCCCGAGTCACCTCCTCGTACAGCACCTCAGAGGCAGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157882 ATGAGCTGGCCCGAGTCACCTCCTCGTACAGCACCTCAGAGGCAGCGCCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2215 TGGGGCAGCTGGGATCCGAAGGCCTGGAGGCAGGTGCCCGCTCCACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157932 TGGGGCAGCTGGGATCCGAAGGCCTGGAGGCAGGTGCCCGCTCCACTACT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2265 GCCTAGCTGCGACGCCACAG         CAAGAGGAACAGAGATCAGGT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 157982 GCCTAGCTGCGACGCCACAGGTA...TAGCAAGAGGAACAGAGATCAGGT

   2350     .    :    .
   2306 CTTATGGCAATGACCCC
        |||||||||||||||||
 164467 CTTATGGCAATGACCCC