seq1 = pF1KE1020.tfa, 2004 bp
seq2 = pF1KE1020/gi568815597r_155147785.tfa (gi568815597r:155147785_155354877), 207093 bp

>pF1KE1020 2004
>gi568815597r:155147785_155354877 (Chr1)

(complement)

1-225  (100001-100225)   100% ->
226-282  (100422-100478)   100% ->
283-393  (100684-100794)   100% ->
394-513  (100900-101019)   100% ->
514-621  (101146-101253)   99% ->
622-794  (102973-103145)   100% ->
795-894  (103277-103376)   100% ->
895-964  (103714-103783)   100% ->
965-1510  (104057-104602)   100% ->
1511-1579  (106405-106473)   100% ->
1580-1833  (106575-106828)   100% ->
1834-2004  (106923-107093)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATGCCCTCGCCTAGTGACTCCAGCCGCTCGCTGACCAGCCGGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATGCCCTCGCCTAGTGACTCCAGCCGCTCGCTGACCAGCCGGCCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACCAGGGGCCTTACCCACCTCCGCCTCCACCGACCCTGGCTGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACCAGGGGCCTTACCCACCTCCGCCTCCACCGACCCTGGCTGCAGGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTTACGCTGGGGCTGGTCCAAGTGCTCCTGGGCATCCTGGTGGTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTTACGCTGGGGCTGGTCCAAGTGCTCCTGGGCATCCTGGTGGTCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCAGCATGGTGGCCTCTTCCGTCACCACCACCGAGAGCATCAAGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCAGCATGGTGGCCTCTTCCGTCACCACCACCGAGAGCATCAAGAGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTGCCCGTCTTGGGCTGGGTTCTCG         CTGGCGTTCTCCGGGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100201 CTGCCCGTCTTGGGCTGGGTTCTCGGTG...CAGCTGGCGTTCTCCGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGTTGGCATTGTGTCCTGGAAGCGGCCATTCACTCTAGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100438 TGGTTGGCATTGTGTCCTGGAAGCGGCCATTCACTCTAGTGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCTCCTTCTTCTCCTTGCTTTCGGTGCTCTGTGTCATGCTTAGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100684 ATCTCCTTCTTCTCCTTGCTTTCGGTGCTCTGTGTCATGCTTAGCATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGGCTCTGTTCTCTCCTGTAAGAATGCTCAACTGGCCCGAGACTTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100734 TGGCTCTGTTCTCTCCTGTAAGAATGCTCAACTGGCCCGAGACTTCCAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGTGCTCTCTG         GAAGGAAAGGTCTGTGTGTGCTGTCCCTCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100784 AGTGCTCTCTGGTG...CAGGAAGGAAAGGTCTGTGTGTGCTGTCCCTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTCCCCTCCTCCGGCCCTGTCCAGAGTCGGGGCAGGAACTGAAAGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100930 GTTCCCCTCCTCCGGCCCTGTCCAGAGTCGGGGCAGGAACTGAAAGTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCCTAACTCCACCTGTGATGAAGCCCGAGGGGCCCTCAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100980 CCCTAACTCCACCTGTGATGAAGCCCGAGGGGCCCTCAAGGTG...CAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACCTGCTCTTCAGCGTCTGTGGGCTCACCATTTGTGCCGCTATAATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101147 ACCTGCTCTTCAGCGTCTGTGGGCTCACCATTTGTGCCGCTATAATCTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACACTCCCTGCTATTGTCTGCTGCATCCAAATCTTCTCCCTGGACCTCGT
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101197 ACACTCTCTGCTATTGTCTGCTGCATCCAAATCTTCTCCCTGGACCTCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GCATACG         CTGGCCCCTGAGCGGTCAGTCTCAGGCCCACTGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101247 GCATACGGTG...CAGCTGGCCCCTGAGCGGTCAGTCTCAGGCCCACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GACCTCTGGGCTGCACGTCCCCGCCCCCAGCCCCTCTCCTACACACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103007 GACCTCTGGGCTGCACGTCCCCGCCCCCAGCCCCTCTCCTACACACCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGACCTGGAGGAATTTGTCCCGCCTGTGCCCCCACCGCCCTACTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103057 CTGGACCTGGAGGAATTTGTCCCGCCTGTGCCCCCACCGCCCTACTATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCAGAGTATACCTGCAGCTCAGAAACAGATGCACAGAG         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 103107 CCCAGAGTATACCTGCAGCTCAGAAACAGATGCACAGAGGTA...CAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCACGTACAATGGCTCCATGGACAGCCCAGTGCCCTTGTACCCTACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103279 TCACGTACAATGGCTCCATGGACAGCCCAGTGCCCTTGTACCCTACCGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TGCCCCCCTTCTTATGAGGCAGTCATGGGACTACGAGGAGACAGCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103329 TGCCCCCCTTCTTATGAGGCAGTCATGGGACTACGAGGAGACAGCCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895        GCCACTCTCTTTGACCCTCAGCTTCACGATGGCTCGTGCATCT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103379 G...CAGGCCACTCTCTTTGACCCTCAGCTTCACGATGGCTCGTGCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGAACGAGTGGCCTCCATTGTAGACG         TGTCCATGGACAGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103757 GTGAACGAGTGGCCTCCATTGTAGACGGTG...CAGTGTCCATGGACAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GGGTCTCTGGTGCTGTCAGCCATTGGTGACCTCCCTGGGGGCTCTAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104071 GGGTCTCTGGTGCTGTCAGCCATTGGTGACCTCCCTGGGGGCTCTAGCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GTCGGAGGACTCGTGCCTGCTGGAGCTGCAGGGCTCCGTGCGCTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104121 GTCGGAGGACTCGTGCCTGCTGGAGCTGCAGGGCTCCGTGCGCTCCGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTACGTTCTCTTTCGCTCCATCCAGCGCAGCCGTGCCGGCTACTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104171 ACTACGTTCTCTTTCGCTCCATCCAGCGCAGCCGTGCCGGCTACTGCCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGCCTGGACTGTGGCCTGCGGGGCCCCTTCGAGGAAAGCCCCCTGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104221 AGCCTGGACTGTGGCCTGCGGGGCCCCTTCGAGGAAAGCCCCCTGCCACG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GCGCCCCCCACGGGCTGCCCGCTCCTATTCCTGCTCTGCCCCTGAAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104271 GCGCCCCCCACGGGCTGCCCGCTCCTATTCCTGCTCTGCCCCTGAAGCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CACCCCCACTGGGTGCCCCCACAGCTGCCCGCAGCTGCCACCGGTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104321 CACCCCCACTGGGTGCCCCCACAGCTGCCCGCAGCTGCCACCGGTTGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GGCTGGCCGCCCTGGGTGGGACCCTGCTTCCCCGAGCTGAGGCGGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104371 GGCTGGCCGCCCTGGGTGGGACCCTGCTTCCCCGAGCTGAGGCGGCGGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCCCCGGGGAGGGGGCCGCCCAGCCGCAGCCCCGCCCACCCGAGCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104421 CCCCCGGGGAGGGGGCCGCCCAGCCGCAGCCCCGCCCACCCGAGCCCCGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CTCGTCGCTTCAGCGATAGCTCAGGTTCCCTCACCCCACCGGGGCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104471 CTCGTCGCTTCAGCGATAGCTCAGGTTCCCTCACCCCACCGGGGCACCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CCTCCTCATCCGGCATCCCCACCACCGCTGCTGCTGCCACGGTCCCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104521 CCTCCTCATCCGGCATCCCCACCACCGCTGCTGCTGCCACGGTCCCACAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CGACCCAGGCATCACGACCTCCAGTGACACTG         CTGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104571 CGACCCAGGCATCACGACCTCCAGTGACACTGGTG...CAGCTGACTTCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GGGACCTTTATACCAAAGTGCTTGAGGAAGAAGCTGCTTCTGTTTCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106414 GGGACCTTTATACCAAAGTGCTTGAGGAAGAAGCTGCTTCTGTTTCCTCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCAGATACAG         GGCTCTGCTCTGAAGCCTGCCTCTTCCGCCT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 106464 GCAGATACAGGTC...CAGGGCTCTGCTCTGAAGCCTGCCTCTTCCGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 AGCCCGCTGCCCTTCCCCCAAGTTGCTACGTGCCCGGTCAGCCGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106606 AGCCCGCTGCCCTTCCCCCAAGTTGCTACGTGCCCGGTCAGCCGAGAAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 GGCGCCCTGTGCCCACCTTCCAAAAAGTTCCCCTGCCCTCGGGCCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106656 GGCGCCCTGTGCCCACCTTCCAAAAAGTTCCCCTGCCCTCGGGCCCTGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CCTGCCCACTCCCTGGGGGACCTAAAGGGCAGCTGGCCAGGTCGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106706 CCTGCCCACTCCCTGGGGGACCTAAAGGGCAGCTGGCCAGGTCGGGGCCT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GGTCACTCGTTTCCTCCAGATATCCAGGAAAGCCCCAGACCCCAGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106756 GGTCACTCGTTTCCTCCAGATATCCAGGAAAGCCCCAGACCCCAGTGGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 CTGGAGCTCATGGACATAAGCAG         GTGCCCCGGAGCCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106806 CTGGAGCTCATGGACATAAGCAGGTA...CAGGTGCCCCGGAGCCTGTGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGCCGGCCTGGCCGAGAGAGCCTCCACCTTCGCAGCTGCGGAGATCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106941 GGCCGGCCTGGCCGAGAGAGCCTCCACCTTCGCAGCTGCGGAGATCTGAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 CTCTAGCTCTTCCCTGCGGCGTCTCCTGTCTGGCCGCAGGCTGGAGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106991 CTCTAGCTCTTCCCTGCGGCGTCTCCTGTCTGGCCGCAGGCTGGAGCGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GTACCCGCCCCCACAGCCTCAGCCTCAACGGGGGCAGCCGGGAGACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107041 GTACCCGCCCCCACAGCCTCAGCCTCAACGGGGGCAGCCGGGAGACTGGG

   2100 
   2002 CTC
        |||
 107091 CTC