seq1 = pF1KE1019.tfa, 1989 bp
seq2 = pF1KE1019/gi568815592r_129478516.tfa (gi568815592r:129478516_129810136), 331621 bp

>pF1KE1019 1989
>gi568815592r:129478516_129810136 (Chr6)

(complement)

1-113  (100001-100113)   99% ->
114-316  (168119-168321)   100% ->
317-552  (171508-171743)   100% ->
553-616  (176032-176095)   100% ->
617-786  (180615-180784)   100% ->
787-952  (191285-191450)   100% ->
953-1044  (193834-193925)   100% ->
1045-1122  (198527-198604)   100% ->
1123-1282  (202085-202244)   100% ->
1283-1365  (204178-204260)   100% ->
1366-1572  (209289-209495)   100% ->
1573-1713  (210781-210921)   100% ->
1714-1838  (226025-226149)   100% ->
1839-1900  (230006-230067)   100% ->
1901-1989  (231533-231621)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCTGGCTCTCCAGTTCCCAGGGAGTGGTACTAACAGCCTACCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCTGGCTCTCCAGTTCCCAGGGAGTGGTACTAACAGCCTACCACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCGGCAAGGACCAGGCCGTCGGGAACAGCCATGCAAAGGCAGGGGAGG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCGGCAAGGACCAGACCGTCGGGAACAGCCATGCAAAGGCAGGGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCCACCTCGAG         TCGCAGATATGGCCAGTACACTATGAAC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AAGCCACCTCGAGGTA...CAGTCGCAGATATGGCCAGTACACTATGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAAAGCACCACCATCAAAGTTATGGAGAAGCCTCCATTTGATCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168147 CAGGAAAGCACCACCATCAAAGTTATGGAGAAGCCTCCATTTGATCGATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AATTTCCCAGGATTCTTTGGATGAACTATCTATGGAAGACTATTGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168197 AATTTCCCAGGATTCTTTGGATGAACTATCTATGGAAGACTATTGGATAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTAGAAAACATCAAGAAATCTAGTGAAAACAGCCAAGAAGATCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168247 AACTAGAAAACATCAAGAAATCTAGTGAAAACAGCCAAGAAGATCAAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGGTTGTTGTCAAAGAGCCTGATG         AGGGAGAATTGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 168297 GTGGTTGTTGTCAAAGAGCCTGATGGTA...TAGAGGGAGAATTGGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAGTGGCTTAAAGAGGCCGGTTTATCCAATCTCTTCGGAGAGTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171524 AGAGTGGCTTAAAGAGGCCGGTTTATCCAATCTCTTCGGAGAGTCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GAGATCCACAGGAAAGCATTGTGTTTTTATCAACATTGACGCGGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171574 GAGATCCACAGGAAAGCATTGTGTTTTTATCAACATTGACGCGGACCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCAGCAGCAGTTCAGAAGCGAGTAGAGACGGTCTCCCAGACCTTGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171624 GCAGCAGCAGTTCAGAAGCGAGTAGAGACGGTCTCCCAGACCTTGAGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AAAAAACAAACAGTACCAGATTCCTGACGTCAGAGACATATTTGCTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171674 AAAAAACAAACAGTACCAGATTCCTGACGTCAGAGACATATTTGCTCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGAGAGAATCAAAAGAAACA         GCTCCAGGTGGCACTGAATCG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 171724 AGAGAGAATCAAAAGAAACAGTA...TAGGCTCCAGGTGGCACTGAATCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CAGTCACTTAGAACAAATGAAAACAAATACCAAGGAAGAGATG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 176053 CAGTCACTTAGAACAAATGAAAACAAATACCAAGGAAGAGATGGTA...T

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617   ACGAGGCATCTAACCTTGTTGGTGAAGAGAAGCTGATCCCACCTGAGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180613 AGACGAGGCATCTAACCTTGTTGGTGAAGAGAAGCTGATCCCACCTGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGACGCCTGCCCCTGAAACAGACATCAACCTGGAGGTATCATTTGCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180663 AGACGCCTGCCCCTGAAACAGACATCAACCTGGAGGTATCATTTGCCGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CAAGCACTCAATCAGAAAGAGAGCTCCAAGGAGAAAATCCAGAAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180713 CAAGCACTCAATCAGAAAGAGAGCTCCAAGGAGAAAATCCAGAAGAGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AGGCGATGATGCCACATTACCT         AGTTTCAGATTGCCAAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 180763 AGGCGATGATGCCACATTACCTGTA...TAGAGTTTCAGATTGCCAAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAAAACGGGTACCACAAGGATTGGTGACCTCGCACCCCAGGACATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191304 ACAAAACGGGTACCACAAGGATTGGTGACCTCGCACCCCAGGACATGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAGTTTGCCATTTAGCCCTAATTGAGCTGACTGCCCTCTATGATGTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191354 AAAGTTTGCCATTTAGCCCTAATTGAGCTGACTGCCCTCTATGATGTATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGTATTGAGCTGAAACAACAAAAAGCTGTGAAAATCAAAACAAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 191404 GGGTATTGAGCTGAAACAACAAAAAGCTGTGAAAATCAAAACAAAAGGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953       ATTCTGGTCTTTTTTGCGTTCCATTGACAGCGCTATTAGAACAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191454 ...CAGATTCTGGTCTTTTTTGCGTTCCATTGACAGCGCTATTAGAACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATCAGAGGAAAGTACCAGGAATGCGAATACCCTTGATCTTTCAAAAA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 193878 GATCAGAGGAAAGTACCAGGAATGCGAATACCCTTGATCTTTCAAAAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045        CTGATTTCTCGAATTGAAGAGAGAGGTTTGGAAACAGAAGGCC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193928 A...CAGCTGATTTCTCGAATTGAAGAGAGAGGTTTGGAAACAGAAGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCTTACGGATCCCTGGAGCTGCCATTAGAATCAAG         AATCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 198570 TCTTACGGATCCCTGGAGCTGCCATTAGAATCAAGGTA...CAGAATCTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TGCCAAGAACTAGAAGCAAAGTTTTATGAAGGGACTTTTAATTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202091 TGCCAAGAACTAGAAGCAAAGTTTTATGAAGGGACTTTTAATTGGGAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGTCAAACAGCATGATGCCGCCAGCCTGCTGAAGCTCTTCATTCGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202141 TGTCAAACAGCATGATGCCGCCAGCCTGCTGAAGCTCTTCATTCGGGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGCCCCAGCCACTGCTCAGTGTGGAGTATCTCAAAGCCTTTCAGGCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202191 TGCCCCAGCCACTGCTCAGTGTGGAGTATCTCAAAGCCTTTCAGGCTGTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 CAGA         ATCTTCCAACCAAGAAGCAGCAACTACAGGCTTTGAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202241 CAGAGTA...CAGATCTTCCAACCAAGAAGCAGCAACTACAGGCTTTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCTTCTTGTCATCCTCCTACCTGATGCAAACAGGGACACACTGAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 204215 CCTTCTTGTCATCCTCCTACCTGATGCAAACAGGGACACACTGAAGGTC.

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1366      GCCCTTCTTGAATTTCTCCAAAGAGTAATAGATAATAAAGAAAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204265 ..CAGGCCCTTCTTGAATTTCTCCAAAGAGTAATAGATAATAAAGAAAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 AATAAAATGACAGTCATGAATGTAGCAATGGTCATGGCCCCGAATCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209334 AATAAAATGACAGTCATGAATGTAGCAATGGTCATGGCCCCGAATCTCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 TATGTGTCATGCATTGGGATTGAAGTCCAGTGAACAGCGAGAATTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209384 TATGTGTCATGCATTGGGATTGAAGTCCAGTGAACAGCGAGAATTTGTAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TGGCAGCTGGGACAGCAAATACCATGCACTTATTGATTAAGTACCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209434 TGGCAGCTGGGACAGCAAATACCATGCACTTATTGATTAAGTACCAAAAA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 CTTCTGTGGACA         ATTCCCAAGTTTATTGTAAACCAAGTGAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 209484 CTTCTGTGGACAGTA...TAGATTCCCAAGTTTATTGTAAACCAAGTGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 GAAGCAAAACACGGAAAATCATAAAAAGGATAAAAGAGCCATGAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210810 GAAGCAAAACACGGAAAATCATAAAAAGGATAAAAGAGCCATGAAGAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGCTGAAGAAAATGGCTTATGACCGAGAAAAATATGAAAAGCAAGATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210860 TGCTGAAGAAAATGGCTTATGACCGAGAAAAATATGAAAAGCAAGATAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AGTACAAATGAT         GCTGACGTTCCTCAGGGAGTGATTCGAGT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 210910 AGTACAAATGATGTA...CAGGCTGACGTTCCTCAGGGAGTGATTCGAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GCAAGCTCCCCATCTTTCGAAAGTTTCCATGGCAATACAGCTAACTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226054 GCAAGCTCCCCATCTTTCGAAAGTTTCCATGGCAATACAGCTAACTGAAG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AACTAAAAGCCAGTGATGTACTTGCCAGGTTTCTCAGCCAAGAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 226104 AACTAAAAGCCAGTGATGTACTTGCCAGGTTTCTCAGCCAAGAAAGGTA.

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839      TGGGGTTGCCCAGACTCTCAAGAAAGGAGAAGTTTTTTTGTATGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226154 ..TAGTGGGGTTGCCCAGACTCTCAAGAAAGGAGAAGTTTTTTTGTATGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 AATTGGAGGAAATATTG         GGGAACGCTGCCTTGATGATGACA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 230051 AATTGGAGGAAATATTGGTA...CAGGGGAACGCTGCCTTGATGATGACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 CTTACATGAAGGATTTATATCAGCTTAACCCAAATGCTGAGTGGGTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 231557 CTTACATGAAGGATTTATATCAGCTTAACCCAAATGCTGAGTGGGTTATA

   2100     .    :    .
   1975 AAGTCAAAGCCATTG
        |||||||||||||||
 231607 AAGTCAAAGCCATTG