seq1 = pF1KE1017.tfa, 1419 bp
seq2 = pF1KE1017/gi568815592f_33355101.tfa (gi568815592f:33355101_33556519), 201419 bp

>pF1KE1017 1419
>gi568815592f:33355101_33556519 (Chr6)

1-1419  (100001-101419)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAACCCCAACACCTTTGCCGCCTGTACCCGCCTCCCCGACCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAACCCCAACACCTTTGCCGCCTGTACCCGCCTCCCCGACCTGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCAGCCCCACGGACAATCCAGATCGAGTTCCCACAGCATAGCTCGTCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100051 CCCAGCCCCACGGACAATCCAGATCGAGTTCCCACAGCATAGCTCGTCTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGAATCTCTGAACCGCCACAGGCTAGAGGGAAAGTTCTGTGATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGAATCTCTGAACCGCCACAGGCTAGAGGGAAAGTTCTGTGATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCTCCTGGTGCAGGGCCGGGAACTTAGGGCTCATAAAGCAGTGTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCTCCTGGTGCAGGGCCGGGAACTTAGGGCTCATAAAGCAGTGTTAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCTGCCTCTCCTTACTTCCATGACAAGCTGCTTCTGGGGGATGCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCTGCCTCTCCTTACTTCCATGACAAGCTGCTTCTGGGGGATGCGCCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTCTCACTCTACCGAGTGTCATTGAAGCCGATGCCTTCGAGGGGCTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTCTCACTCTACCGAGTGTCATTGAAGCCGATGCCTTCGAGGGGCTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCTCATTTATTCAGGGCGTCTCCGCCTGCCACTGGATGCTCTTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCTCATTTATTCAGGGCGTCTCCGCCTGCCACTGGATGCTCTTCCTGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TCATCTCCTTGTGGCCAGTGGCCTTCAAATGTGGCAGGTAGTAGATCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TCATCTCCTTGTGGCCAGTGGCCTTCAAATGTGGCAGGTAGTAGATCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GCTCAGAAATTCTTAGAGAATTAGAAACTTCAGGTGGTGGAATTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GCTCAGAAATTCTTAGAGAATTAGAAACTTCAGGTGGTGGAATTTCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGTGGAGGAAACTCCTACCATGCCCTTCTTTCCACTACATCCTCTACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGTGGAGGAAACTCCTACCATGCCCTTCTTTCCACTACATCCTCTACAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGGCTGGTGCATTCGCTCTTCGCCTTTCCAGACCCCAGTACAGTCCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGGCTGGTGCATTCGCTCTTCGCCTTTCCAGACCCCAGTACAGTCCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTTCTACTGAAAGCCCTGCTTCCACTGAGAGCCCTGTGGGAGGGGAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTTCTACTGAAAGCCCTGCTTCCACTGAGAGCCCTGTGGGAGGGGAGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGAACTGGGAGAAGTGCTGCAAATTCAGGTGGAAGAAGAAGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGAACTGGGAGAAGTGCTGCAAATTCAGGTGGAAGAAGAAGAGGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGAGGAAGATGATGATGATGAGGACCAGGGGTCAGCCACACTCTCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGAGGAAGATGATGATGATGAGGACCAGGGGTCAGCCACACTCTCTCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTCCTCAGCCCCAGAGAGTATCAGGGGTTTTTCCCCGTCCTCATGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTCCTCAGCCCCAGAGAGTATCAGGGGTTTTTCCCCGTCCTCATGGACCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CACCCACTGCCCATGACTGCTACTCCCCGAAAGCTTCCAGAGGGTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CACCCACTGCCCATGACTGCTACTCCCCGAAAGCTTCCAGAGGGTGAGAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGCACCACTTGAGCTTCCTGCCCCTCCTGCACTGCCCCCCAAAATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGCACCACTTGAGCTTCCTGCCCCTCCTGCACTGCCCCCCAAAATCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ACATTAAGCAGGAACCCTTCGAGCCTAAGGAGGAGATATCAGGAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 ACATTAAGCAGGAACCCTTCGAGCCTAAGGAGGAGATATCAGGAAGCGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 ACTCAGCCTGGAGGAGCAAAGGAGGAAACCAAAGTGTTTTCTGGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ACTCAGCCTGGAGGAGCAAAGGAGGAAACCAAAGTGTTTTCTGGAGGGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CACTGAAGGGAATGGGGAGCTAGGGTTCTTGTTGCCTTCAGGGCCAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CACTGAAGGGAATGGGGAGCTAGGGTTCTTGTTGCCTTCAGGGCCAGGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CAACATCTGGGGGAGGGGGTCCATCCTGGAAACCAGTGGATCTTCATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CAACATCTGGGGGAGGGGGTCCATCCTGGAAACCAGTGGATCTTCATGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 AATGAAATCCTGTCAGGGGGTGGAGGACCTGGGGGAGCAGGCCAGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 AATGAAATCCTGTCAGGGGGTGGAGGACCTGGGGGAGCAGGCCAGGCCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GCATGGGCCTGTGAAGCTAGGGGGGACACCCCCTGCAGATGGAAAACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GCATGGGCCTGTGAAGCTAGGGGGGACACCCCCTGCAGATGGAAAACGCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 TTGGTTGCCTGTGTGGGAAGCGGTTTGCAGTGAAGCCAAAGCGTGACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 TTGGTTGCCTGTGTGGGAAGCGGTTTGCAGTGAAGCCAAAGCGTGACCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CACATCATGCTGACCTTCAGCCTTCGGCCTTTTGGCTGTGGCATCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CACATCATGCTGACCTTCAGCCTTCGGCCTTTTGGCTGTGGCATCTGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CAAGCGCTTCAAGCTGAAGCACCATCTGACAGAGCACATGAAGACCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CAAGCGCTTCAAGCTGAAGCACCATCTGACAGAGCACATGAAGACCCATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CTGGAGCCCTGCATGCCTGTCCCCACTGTGGCCGTCGGTTCCGAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CTGGAGCCCTGCATGCCTGTCCCCACTGTGGCCGTCGGTTCCGAGTCCAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCCTGTTTTCTCCGCCACCGGGACCTATGCAAGGGCCAGGGCTGGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCCTGTTTTCTCCGCCACCGGGACCTATGCAAGGGCCAGGGCTGGGCCAC

   1400     .    :    .
   1401 TGCCCACTGGACTTACAAG
        |||||||||||||||||||
 101401 TGCCCACTGGACTTACAAG