seq1 = pF1KE1012.tfa, 906 bp
seq2 = pF1KE1012/gi568815582r_2139982.tfa (gi568815582r:2139982_2351566), 211585 bp

>pF1KE1012 906
>gi568815582r:2139982_2351566 (Chr16)

(complement)

1-52  (100001-100052)   98% ->
53-166  (100138-100251)   100% ->
167-294  (104581-104708)   100% ->
295-441  (107015-107161)   100% ->
442-563  (108128-108249)   100% ->
564-742  (108343-108521)   100% ->
743-906  (111422-111585)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGGTGGCTTCTGTGCGAGTCCCGGCGCGCGTTCTGCTCCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100001 ATGGCGCTGGTGGCTTCTGTGCGAGTCCCGGCGCGCGTTCTGCTCCGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GG         GGGCCCGGCTCCCGGGCGCGGCCCTCGGGCGGACGGAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGTG...CAGGGGCCCGGCTCCCGGGCGCGGCCCTCGGGCGGACGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGCGGCCGGCGGCGGAGACGGCGCGCGGCGCTTCGGGAGCCAGCGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100177 GGGCGGCCGGCGGCGGAGACGGCGCGCGGCGCTTCGGGAGCCAGCGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGTGGAGCCGGACGCGGGCGCAG         GGGTCGCTGTGATGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100227 CTGGTGGAGCCGGACGCGGGCGCAGGTG...TAGGGGTCGCTGTGATGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATTCAAGAACCCCCCAGTGAACAGCCTGAGCCTGGAGTTTCTGACGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104597 ATTCAAGAACCCCCCAGTGAACAGCCTGAGCCTGGAGTTTCTGACGGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCATCAGCCTGGAGAAGCTGGAGAATGACAAGAGCTTCCGCGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104647 TGGTCATCAGCCTGGAGAAGCTGGAGAATGACAAGAGCTTCCGCGGTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCTGACCTCG         GACCGCCCGGGTGTCTTCTCGGCCGGCCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104697 ATTCTGACCTCGGTA...CAGGACCGCCCGGGTGTCTTCTCGGCCGGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGACCTGACGGAGATGTGTGGGAGGAGCCCCGCCCACTACGCTGGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107044 GGACCTGACGGAGATGTGTGGGAGGAGCCCCGCCCACTACGCTGGGTACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAAGGCCGTTCAGGAGCTGTGGCTGCGGTTGTACCAGTCCAACCTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107094 GGAAGGCCGTTCAGGAGCTGTGGCTGCGGTTGTACCAGTCCAACCTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGTCTCCGCCATCAAC         GGAGCCTGCCCCGCTGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107144 CTGGTCTCCGCCATCAACGTG...CAGGGAGCCTGCCCCGCTGGAGGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCTGGTGGCCCTGACCTGTGACTACCGCATCCTGGCGGACAACCCCAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108151 CCTGGTGGCCCTGACCTGTGACTACCGCATCCTGGCGGACAACCCCAGGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACTGCATAGGACTCAATGAGACCCAGCTGGGCATCATCGCCCCTTTCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 108201 ACTGCATAGGACTCAATGAGACCCAGCTGGGCATCATCGCCCCTTTCTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    564         GTTGAAAGACACCCTGGAGAACACCATCGGGCACCGGGCGGC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108251 TA...CAGGTTGAAAGACACCCTGGAGAACACCATCGGGCACCGGGCGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGCGTGCCCTGCAGCTGGGGCTGCTCTTCCCGCCGGCGGAGGCCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108385 GGAGCGTGCCCTGCAGCTGGGGCTGCTCTTCCCGCCGGCGGAGGCCCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGTGGGCATAGTGGACCAGGTGGTCCCGGAGGAGCAGGTGCAGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108435 AGGTGGGCATAGTGGACCAGGTGGTCCCGGAGGAGCAGGTGCAGAGCACT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCGCTGTCAGCGATAGCCCAGTGGATGGCCATTCCAG         ACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 108485 GCGCTGTCAGCGATAGCCCAGTGGATGGCCATTCCAGGTG...TAGACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGCTCGACAGCTGACCAAGGCCATGATGCGAAAGGCCACGGCCAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111426 TGCTCGACAGCTGACCAAGGCCATGATGCGAAAGGCCACGGCCAGCCGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGGTCACGCAGCGCGATGCGGACGTGCAGAACTTCGTCAGCTTCATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111476 TGGTCACGCAGCGCGATGCGGACGTGCAGAACTTCGTCAGCTTCATCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAGACTCCATCCAGAAGTCCCTGCAGATGTACTTAGAGAGGCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111526 AAAGACTCCATCCAGAAGTCCCTGCAGATGTACTTAGAGAGGCTCAAAGA

    950     .    :
    897 AGAAAAAGGC
        ||||||||||
 111576 AGAAAAAGGC