seq1 = pF1KE1006.tfa, 561 bp
seq2 = pF1KE1006/gi568815586f_118036210.tfa (gi568815586f:118036210_118244800), 208591 bp

>pF1KE1006 561
>gi568815586f:118036210_118244800 (Chr12)

1-135  (100001-100135)   100% ->
136-245  (101830-101939)   100% ->
246-346  (103242-103342)   100% ->
347-561  (108377-108591)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGGTGGACCTCAGCAAGTGGTCCGGGCCCTTGAGCCTGCAAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGGTGGACCTCAGCAAGTGGTCCGGGCCCTTGAGCCTGCAAGAAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGAGCAGCCGCAGCACCCGCTGCATGTCACCTACGCCGGGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGAGCAGCCGCAGCACCCGCTGCATGTCACCTACGCCGGGGCGGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACGAGCTGGGCAAAGTGCTGACGCCCACCCAG         GTTAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100101 TGGACGAGCTGGGCAAAGTGCTGACGCCCACCCAGGTA...CAGGTTAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AATAGACCCACCAGCATTTCGTGGGATGGTCTTGATTCAGGGAAGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101836 AATAGACCCACCAGCATTTCGTGGGATGGTCTTGATTCAGGGAAGCTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CACCTTGGTCCTGACAGACCCGGATGCTCCCAGCAGGAAGGATCCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101886 CACCTTGGTCCTGACAGACCCGGATGCTCCCAGCAGGAAGGATCCCAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAG         AGAATGGCATCATTTCCTGGTGGTCAACATGAAGGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101936 ACAGGTG...CAGAGAATGGCATCATTTCCTGGTGGTCAACATGAAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGACATCAGCAGTGGCACAGTCCTCTCCGATTATGTGGGCTCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103279 AATGACATCAGCAGTGGCACAGTCCTCTCCGATTATGTGGGCTCGGGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCCAAGGGCACAG         GCCTCCACCGCTATGTCTGGCTGGTTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103329 TCCCAAGGGCACAGGTT...CAGGCCTCCACCGCTATGTCTGGCTGGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACGAGCAGGACAGGCCGCTAAAGTGTGACGAGCCCATCCTCAGCAACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108404 ACGAGCAGGACAGGCCGCTAAAGTGTGACGAGCCCATCCTCAGCAACCGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTGGAGACCACCGTGGCAAATTCAAGGTGGCGTCCTTCCGTAAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108454 TCTGGAGACCACCGTGGCAAATTCAAGGTGGCGTCCTTCCGTAAAAAGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGCTCAGGGCCCCGGTGGCTGGCACGTGTTACCAGGCCGAGTGGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108504 TGAGCTCAGGGCCCCGGTGGCTGGCACGTGTTACCAGGCCGAGTGGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .
    524 ACTATGTGCCCAAACTGTACGAGCAGCTGTCTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108554 ACTATGTGCCCAAACTGTACGAGCAGCTGTCTGGGAAG