seq1 = pF1KE1003.tfa, 459 bp
seq2 = pF1KE1003/gi568815596f_94925793.tfa (gi568815596f:94925793_95153452), 227660 bp

>pF1KE1003 459
>gi568815596f:94925793_95153452 (Chr2)

1-93  (100001-100093)   100% ->
94-261  (122167-122334)   100% ->
262-387  (123789-123914)   100% ->
388-459  (127589-127660)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCCCGCAGCGGCGACGGGGGGCAGCACCCTGCCCAGTGGCTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCCCGCAGCGGCGACGGGGGGCAGCACCCTGCCCAGTGGCTTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTCTTCACCACCTTGCCCGACTTGCTCTTCATCTTTGAGTTT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100051 GGTCTTCACCACCTTGCCCGACTTGCTCTTCATCTTTGAGTTTGTG...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     94   ATCTTCGGGGGCCTGGTGTGGATCCTGGTGGCCTCCTCCCTGGTGCCC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122165 AGATCTTCGGGGGCCTGGTGTGGATCCTGGTGGCCTCCTCCCTGGTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCCCCTGGTCCAGGGCTGGGTGATGTTCGTGTCTGTGTTCTGCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122215 TGGCCCCTGGTCCAGGGCTGGGTGATGTTCGTGTCTGTGTTCTGCTTCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCACCACCACCTTGATCATCCTGTACATAATTGGAGCCCACGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122265 GGCCACCACCACCTTGATCATCCTGTACATAATTGGAGCCCACGGTGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGACTTCCTGGGTCACCTTG         GACGCAGCCTACCACTGCACC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 122315 AGACTTCCTGGGTCACCTTGGTG...TAGGACGCAGCCTACCACTGCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTGCCCTCTTTTACCTCAGCGCCTCAGTCCTGGAGGCCCTGGCCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123810 GCTGCCCTCTTTTACCTCAGCGCCTCAGTCCTGGAGGCCCTGGCCACCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACGATGCAAGACGGCTTCACCTACAGGCACTACCATGAAAACATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123860 CACGATGCAAGACGGCTTCACCTACAGGCACTACCATGAAAACATTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCGTG         GTGTTCTCCTACATAGCCACTCTGCTCTACGTGGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123910 CCGTGGTG...CAGGTGTTCTCCTACATAGCCACTCTGCTCTACGTGGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .
    424 CATGCGGTGTTCTCTTTAATCAGATGGAAGTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127625 CATGCGGTGTTCTCTTTAATCAGATGGAAGTCTTCA