seq1 = pF1KE1001.tfa, 399 bp
seq2 = pF1KE1001/gi568815578r_31845810.tfa (gi568815578r:31845810_32051961), 206152 bp

>pF1KE1001 399
>gi568815578r:31845810_32051961 (Chr20)

(complement)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-163  (101575-101650)   100% ->
164-238  (103080-103154)   100% ->
239-319  (105386-105466)   100% ->
320-399  (106073-106152)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTATCACCCGAGGCAGAGCGAGTGCTGCGGTACCTTGTAGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTATCACCCGAGGCAGAGCGAGTGCTGCGGTACCTTGTAGAAGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCTCGCCGAGGAGGTGCTGGCGGACAAGCGGCAG         ATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 GGAGCTCGCCGAGGAGGTGCTGGCGGACAAGCGGCAGGTG...CAGATTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGACCTGGACACTAAAAGGAATCAGAATCGAGAGGGCCTGAGGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101579 TGGACCTGGACACTAAAAGGAATCAGAATCGAGAGGGCCTGAGGGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGAAGGATCTCAGCCTCTCTG         AAGATGTGATGGTTTGCTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101629 CAGAAGGATCTCAGCCTCTCTGGTA...CAGAAGATGTGATGGTTTGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CGGGAACATGTTTATCAAGATGCCTCACCCTGAGACAAAGGAAATGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103099 CGGGAACATGTTTATCAAGATGCCTCACCCTGAGACAAAGGAAATGATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAAAG         ATCAAGATCATCTGGATAAAGAAATAGAAAAACTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103149 AAAAAGGTA...CAGATCAAGATCATCTGGATAAAGAAATAGAAAAACTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CGGAAGCAACTTAAAGTGAAGGTCAACCGCCTTTTTGAGGCCCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 105421 CGGAAGCAACTTAAAGTGAAGGTCAACCGCCTTTTTGAGGCCCAAGGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    320      GCAAACCGGAGCTGAAGGGTTTTAACTTGAACCCCCTCAACCAGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105471 ..TAGGCAAACCGGAGCTGAAGGGTTTTAACTTGAACCCCCTCAACCAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .
    365 ATGAGCTTAAAGCTCTCAAGGTCATCTTGAAAGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106118 ATGAGCTTAAAGCTCTCAAGGTCATCTTGAAAGGA