seq1 = pF1KE0996.tfa, 1977 bp
seq2 = pF1KE0996/gi568815575r_101249888.tfa (gi568815575r:101249888_101475284), 225397 bp

>pF1KE0996 1977
>gi568815575r:101249888_101475284 (ChrX)

(complement)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-240  (100651-100749)   100% ->
241-309  (103584-103652)   100% ->
310-391  (105206-105287)   100% ->
392-520  (112596-112724)   100% ->
521-588  (113045-113112)   100% ->
589-776  (114530-114717)   100% ->
777-839  (115135-115197)   100% ->
840-894  (115938-115992)   100% ->
895-974  (116589-116668)   100% ->
975-1102  (116848-116975)   100% ->
1103-1177  (117702-117776)   100% ->
1178-1349  (118330-118501)   100% ->
1350-1566  (119017-119233)   100% ->
1567-1631  (120591-120655)   100% ->
1632-1750  (121297-121415)   100% ->
1751-1908  (121934-122091)   99% ->
1909-1977  (125329-125397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCAGTGATTCTGGAGAGCATCTTTCTGAAGCGATCCCAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGCAGTGATTCTGGAGAGCATCTTTCTGAAGCGATCCCAACAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAAGAAAACATCACCTCTAAACTTCAAGAAGCGCCTGTTTCTCTTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAAGAAAACATCACCTCTAAACTTCAAGAAGCGCCTGTTTCTCTTGACCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCACAAACTCTCCTACTATGAGTATGACTTTGAACGTGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 TGCACAAACTCTCCTACTATGAGTATGACTTTGAACGTGGGGTA...CAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAAGAGGCAGTAAGAAGGGTTCAATAGATGTTGAGAAGATCACTTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGAAGAGGCAGTAAGAAGGGTTCAATAGATGTTGAGAAGATCACTTGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAACAGTGGTTCCTGAAAAAAATCCTCCTCCAGAAAGACAGATTCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100701 TGAAACAGTGGTTCCTGAAAAAAATCCTCCTCCAGAAAGACAGATTCCGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241         AGAAGAGGTGAAGAGTCCAGTGAAATGGAGCAAATTTCAATC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TA...CAGAGAAGAGGTGAAGAGTCCAGTGAAATGGAGCAAATTTCAATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTGAAAGGTTCCCTTATCCCTTCCAG         GTTGTATATGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103626 ATTGAAAGGTTCCCTTATCCCTTCCAGGTG...CAGGTTGTATATGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGGGCCTCTCTACGTCTTCTCCCCAACTGAAGAACTAAGGAAGCGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105220 AGGGCCTCTCTACGTCTTCTCCCCAACTGAAGAACTAAGGAAGCGGTGGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTCACCAGCTCAAAAACG         TAATCCGGTACAACAGTGATCTG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 105270 TTCACCAGCTCAAAAACGGTG...CAGTAATCCGGTACAACAGTGATCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTTCAGAAATATCACCCTTGCTTCTGGATCGATGGGCAGTATCTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112619 GTTCAGAAATATCACCCTTGCTTCTGGATCGATGGGCAGTATCTCTGCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTCTCAGACAGCCAAAAATGCTATGGGCTGCCAAATTTTGGAGAACAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112669 CTCTCAGACAGCCAAAAATGCTATGGGCTGCCAAATTTTGGAGAACAGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGAA         GCTTAAAACCTGGGAGTTCTCACCGGAAGACAAAA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112719 ATGGAAGTA...CAGGCTTAAAACCTGGGAGTTCTCACCGGAAGACAAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAGCCTCTTCCCCCAACGCCTGAGGAGGACCAG         ATCTTGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 113080 AAGCCTCTTCCCCCAACGCCTGAGGAGGACCAGGTA...TAGATCTTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AAAGCCACTACCGCCTGAGCCAGCAGCAGCACCAGTCTCCACAAGTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114538 AAAGCCACTACCGCCTGAGCCAGCAGCAGCACCAGTCTCCACAAGTGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGAAAAAGGTTGTGGCCCTTTATGATTACATGCCAATGAATGCAAATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114588 TGAAAAAGGTTGTGGCCCTTTATGATTACATGCCAATGAATGCAAATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTACAGCTGCGGAAGGGTGATGAATATTTTATCTTGGAGGAAAGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114638 CTACAGCTGCGGAAGGGTGATGAATATTTTATCTTGGAGGAAAGCAACTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 ACCATGGTGGAGAGCACGAGATAAAAATGG         GCAGGAAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 114688 ACCATGGTGGAGAGCACGAGATAAAAATGGGTG...CAGGCAGGAAGGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATTCCTAGTAACTATGTCACTGAAGCAGAAGACTCCATAGAAATGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115146 ACATTCCTAGTAACTATGTCACTGAAGCAGAAGACTCCATAGAAATGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GA         GTGGTATTCCAAACACATGACTCGGAGTCAGGCTGAGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115196 GAGTA...CAGGTGGTATTCCAAACACATGACTCGGAGTCAGGCTGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 ACTGCTAAAGCAAGAG         GGGAAAGAAGGAGGTTTCATTGTCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 115977 ACTGCTAAAGCAAGAGGTA...CAGGGGAAAGAAGGAGGTTTCATTGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GAGACTCCAGCAAAGCTGGCAAATATACAGTGTCTGTGTTTGCTAAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116614 GAGACTCCAGCAAAGCTGGCAAATATACAGTGTCTGTGTTTGCTAAATCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACAGG         GGACCCTCAAGGGGTGATACGTCATTATGTTGTGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116664 ACAGGGTG...CAGGGACCCTCAAGGGGTGATACGTCATTATGTTGTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TTCCACACCTCAGAGCCAGTATTACCTGGCTGAGAAGCACCTTTTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116884 TTCCACACCTCAGAGCCAGTATTACCTGGCTGAGAAGCACCTTTTCAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCATCCCTGAGCTCATTAACTACCATCAGCACAACTCTGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116934 CCATCCCTGAGCTCATTAACTACCATCAGCACAACTCTGCAGGTG...CA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103  GACTCATATCCAGGCTCAAATATCCAGTGTCTCAACAAAACAAGAATGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117701 GGACTCATATCCAGGCTCAAATATCCAGTGTCTCAACAAAACAAGAATGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 ACCTTCCACTGCAGGCCTGGGATACG         GATCATGGGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 117751 ACCTTCCACTGCAGGCCTGGGATACGGTA...TAGGATCATGGGAAATTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 ATCCAAAGGACCTGACCTTCTTGAAGGAGCTGGGGACTGGACAATTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118345 ATCCAAAGGACCTGACCTTCTTGAAGGAGCTGGGGACTGGACAATTTGGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GTAGTGAAGTATGGGAAATGGAGAGGCCAGTACGACGTGGCCATCAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118395 GTAGTGAAGTATGGGAAATGGAGAGGCCAGTACGACGTGGCCATCAAGAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GATCAAAGAAGGCTCCATGTCTGAAGATGAATTCATTGAAGAAGCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118445 GATCAAAGAAGGCTCCATGTCTGAAGATGAATTCATTGAAGAAGCCAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TCATGAT         GAATCTTTCCCATGAGAAGCTGGTGCAGTTGTAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118495 TCATGATGTG...TAGGAATCTTTCCCATGAGAAGCTGGTGCAGTTGTAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 GGCGTCTGCACCAAGCAGCGCCCCATCTTCATCATCACTGAGTACATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119051 GGCGTCTGCACCAAGCAGCGCCCCATCTTCATCATCACTGAGTACATGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 CAATGGCTGCCTCCTGAACTACCTGAGGGAGATGCGCCACCGCTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119101 CAATGGCTGCCTCCTGAACTACCTGAGGGAGATGCGCCACCGCTTCCAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 CTCAGCAGCTGCTAGAGATGTGCAAGGATGTCTGTGAAGCCATGGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119151 CTCAGCAGCTGCTAGAGATGTGCAAGGATGTCTGTGAAGCCATGGAATAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 CTGGAGTCAAAGCAGTTCCTTCACCGAGACCTG         GCAGCTCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119201 CTGGAGTCAAAGCAGTTCCTTCACCGAGACCTGGTG...CAGGCAGCTCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 AAACTGTTTGGTAAACGATCAAGGAGTTGTTAAAGTATCTGATTTCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120599 AAACTGTTTGGTAAACGATCAAGGAGTTGTTAAAGTATCTGATTTCGGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TGTCCAG         GTATGTCCTGGATGATGAATACACAAGCTCAGTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120649 TGTCCAGGTG...CAGGTATGTCCTGGATGATGAATACACAAGCTCAGTA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 GGCTCCAAATTTCCAGTCCGGTGGTCCCCACCGGAAGTCCTGATGTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121331 GGCTCCAAATTTCCAGTCCGGTGGTCCCCACCGGAAGTCCTGATGTATAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 CAAGTTCAGCAGCAAATCTGACATTTGGGCTTTTG         GGGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 121381 CAAGTTCAGCAGCAAATCTGACATTTGGGCTTTTGGTA...TAGGGGTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 TGATGTGGGAAATTTACTCCCTGGGGAAGATGCCATATGAGAGATTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121940 TGATGTGGGAAATTTACTCCCTGGGGAAGATGCCATATGAGAGATTTACT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 AACAGTGAGACTGCTGAACACATTGCCCAAGGCCTACGTCTCTACAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121990 AACAGTGAGACTGCTGAACACATTGCCCAAGGCCTACGTCTCTACAGGCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TCATCTGGCTTCAGAGAAGGTATATACCATCATGTACAGTTGTTGGCATG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 122040 TCATCTGGCTTCAGAGAAGGTATATACCATCATGTACAGTTGCTGGCATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 AG         AAAGCAGATGAGCGTCCCACTTTCAAAATTCTTCTGAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122090 AGGTA...TAGAAAGCAGATGAGCGTCCCACTTTCAAAATTCTTCTGAGC

   2100     .    :    .    :    .    :
   1948 AATATTCTAGATGTCATGGATGAAGAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 125368 AATATTCTAGATGTCATGGATGAAGAATCC