seq1 = pF1KE0994.tfa, 1941 bp
seq2 = pF1KE0994/gi568815597f_226861386.tfa (gi568815597f:226861386_227086734), 225349 bp

>pF1KE0994 1941
>gi568815597f:226861386_227086734 (Chr1)

1-177  (100001-100177)   100% ->
178-588  (103615-104025)   100% ->
589-655  (104286-104352)   100% ->
656-730  (116064-116138)   100% ->
731-853  (120642-120764)   100% ->
854-939  (121293-121378)   100% ->
940-1080  (121509-121649)   100% ->
1081-1162  (122167-122248)   100% ->
1163-1256  (122376-122469)   100% ->
1257-1398  (122709-122850)   100% ->
1399-1506  (123163-123270)   100% ->
1507-1572  (123491-123556)   100% ->
1573-1659  (123869-123955)   100% ->
1660-1941  (125068-125349)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCCATATTGGGAGACACCATCATGGTGGCTAAAGGCCTTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCCATATTGGGAGACACCATCATGGTGGCTAAAGGCCTTGTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGACCCAGGCGGCCGTGGAAACCCACCTGCAGCACTTGGGCATCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGACCCAGGCGGCCGTGGAAACCCACCTGCAGCACTTGGGCATCGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGAGCTGATCATGGCGGCCAGGGCCCTGCAGTCCACGGCTGTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGAGCTGATCATGGCGGCCAGGGCCCTGCAGTCCACGGCTGTGGAGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTGGCATGTTCTTGGGGAAGGTGCAG         GGTCAGGATAAACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100151 ATTGGCATGTTCTTGGGGAAGGTGCAGGTA...CAGGGTCAGGATAAACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGAAGAATATTTTGCTGAGAACTTCGGCGGCCCAGAAGGGGAGTTCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103629 TGAAGAATATTTTGCTGAGAACTTCGGCGGCCCAGAAGGGGAGTTCCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCAGTCCCGCATGCAGCCGGAGCCTCCACAGACTTCTCTTCAGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103679 TCTCAGTCCCGCATGCAGCCGGAGCCTCCACAGACTTCTCTTCAGCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCTCCCGACCAGTCAGCGCCCCCATCCCTGGGTCATGCCCACAGCGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103729 GCTCCCGACCAGTCAGCGCCCCCATCCCTGGGTCATGCCCACAGCGAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCCAGCTCCTGCCTACGTGGCCAGTGGACCCTTTAGAGAAGCCGGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103779 CCCAGCTCCTGCCTACGTGGCCAGTGGACCCTTTAGAGAAGCCGGGTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCGGCCAGGCCTCCTCCCCTCTGGGCAGGGCCAACGGGAGGCTCTTTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103829 CCGGCCAGGCCTCCTCCCCTCTGGGCAGGGCCAACGGGAGGCTCTTTGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACCCCAGAGACTCATTCTCTGCCATGGGCTTTCAGCGAAGGTTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103879 AACCCCAGAGACTCATTCTCTGCCATGGGCTTTCAGCGAAGGTTCTTCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGGACCAATCCCCTGTTGGGGGCCTCACAGCCGAGGACATTGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103929 CCAGGACCAATCCCCTGTTGGGGGCCTCACAGCCGAGGACATTGAGAAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCGGCAGGCTAAGGCTCGCCCCGAGAACAAGCAGCACAAACAGACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103979 CCCGGCAGGCTAAGGCTCGCCCCGAGAACAAGCAGCACAAACAGACGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    589       CTCAGCGAGCATGCCCGGGAGCGGAAGGTGCCTGTGACGAGGAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104029 ...CAGCTCAGCGAGCATGCCCGGGAGCGGAAGGTGCCTGTGACGAGGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TGGCCGGCTGGCCAACTTCGGAG         GTCTGGCCGTGGGCCTGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 104330 TGGCCGGCTGGCCAACTTCGGAGGTA...CAGGTCTGGCCGTGGGCCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GCTTCGGGGCACTGGCAGAGGTCGCCAAGAAGAGCCTGCGCTCCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116082 GCTTCGGGGCACTGGCAGAGGTCGCCAAGAAGAGCCTGCGCTCCGAGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCCTCAG         GGAAGAAGGCCGTGCTGGGTTCCAGTCCTTTCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116132 CCCTCAGGTG...CAGGGAAGAAGGCCGTGCTGGGTTCCAGTCCTTTCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTCCGAGGCCAATGCAGAGCGGATCGTGCGCACGCTCTGCAAGGTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120676 GTCCGAGGCCAATGCAGAGCGGATCGTGCGCACGCTCTGCAAGGTGCGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GTGCGGCACTCAAGCTGGGCCAGATGCTGAGCATCCAGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 120726 GTGCGGCACTCAAGCTGGGCCAGATGCTGAGCATCCAGGGTG...CAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GATGCCTTTATCAACCCCCACCTGGCTAAGATCTTCGAGCGGGTGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121295 GATGCCTTTATCAACCCCCACCTGGCTAAGATCTTCGAGCGGGTGCGGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAGCGCGGACTTCATGCCACTGAAGCAGATGATG         AAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121345 GAGCGCGGACTTCATGCCACTGAAGCAGATGATGGTG...CAGAAAACTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAACAACGACCTGGGCCCCAACTGGCGGGACAAGTTGGAATACTTCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121516 TCAACAACGACCTGGGCCCCAACTGGCGGGACAAGTTGGAATACTTCGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGCGGCCCTTCGCCGCCGCATCCATTGGGCAGGTGCACTTGGCCCGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121566 GAGCGGCCCTTCGCCGCCGCATCCATTGGGCAGGTGCACTTGGCCCGAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAGGGCGGCCGCGAGGTGGCCATGAAGATCCAG         TACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121616 GAAGGGCGGCCGCGAGGTGGCCATGAAGATCCAGGTA...CAGTACCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCGTGGCCCAGAGCATCAACAGTGATGTCAACAACCTCATGGCCGTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122174 GCGTGGCCCAGAGCATCAACAGTGATGTCAACAACCTCATGGCCGTGTTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 AACATGAGCAACATGCTTCCAGAAG         GCCTGTTCCCCGAGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122224 AACATGAGCAACATGCTTCCAGAAGGTC...CAGGCCTGTTCCCCGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CCTGATCGACGTGCTGAGGCGGGAGCTGGCCCTGGAGTGTGACTACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122392 CCTGATCGACGTGCTGAGGCGGGAGCTGGCCCTGGAGTGTGACTACCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GAGAGGCCGCCTGTGCCCGCAAGTTCAG         GGACCTGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122442 GAGAGGCCGCCTGTGCCCGCAAGTTCAGGTG...CAGGGACCTGCTGAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGCCACCCCTTCTTCTATGTGCCTGAGATTGTGGATGAGCTCTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122722 GGCCACCCCTTCTTCTATGTGCCTGAGATTGTGGATGAGCTCTGCAGCCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ACATGTGCTGACCACAGAGCTGGTGTCTGGCTTCCCCCTGGACCAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122772 ACATGTGCTGACCACAGAGCTGGTGTCTGGCTTCCCCCTGGACCAGGCCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AAGGGCTCAGCCAGGAGATTCGGAACGAG         ATCTGCTACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 122822 AAGGGCTCAGCCAGGAGATTCGGAACGAGGTT...CAGATCTGCTACAAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 ATCCTGGTTCTGTGCCTGAGGGAGCTGTTCGAGTTCCACTTCATGCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123175 ATCCTGGTTCTGTGCCTGAGGGAGCTGTTCGAGTTCCACTTCATGCAAAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGACCCCAACTGGTCCAACTTCTTCTATGACCCCCAGCAGCACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 123225 AGACCCCAACTGGTCCAACTTCTTCTATGACCCCCAGCAGCACAAGGTG.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1507      GTGGCTCTTTTGGATTTTGGGGCAACGCGGGAATATGACAGATCC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123275 ..CAGGTGGCTCTTTTGGATTTTGGGGCAACGCGGGAATATGACAGATCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 TTCACCGACCTCTACATTCAG         ATCATCAGGGCTGCTGCCGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 123536 TTCACCGACCTCTACATTCAGGTA...CAGATCATCAGGGCTGCTGCCGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 CAGGGACAGGGAGACTGTGCGGGCGAAATCCATAGAGATGAAGTTCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123889 CAGGGACAGGGAGACTGTGCGGGCGAAATCCATAGAGATGAAGTTCCTCA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 CCGGCTACGAGGTCAAG         GTCATGGAAGACGCCCACTTGGAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 123939 CCGGCTACGAGGTCAAGGTG...CAGGTCATGGAAGACGCCCACTTGGAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 GCCATCCTCATCCTGGGGGAGGCCTTCGCCTCTGATGAGCCTTTTGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125092 GCCATCCTCATCCTGGGGGAGGCCTTCGCCTCTGATGAGCCTTTTGATTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1734 TGGCACTCAGAGCACCACCGAGAAGATCCACAACCTGATTCCCGTCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125142 TGGCACTCAGAGCACCACCGAGAAGATCCACAACCTGATTCCCGTCATGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGAGGCACCGTCTCGTCCCCCCACCCGAGGAAACCTACTCCCTGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125192 TGAGGCACCGTCTCGTCCCCCCACCCGAGGAAACCTACTCCCTGCACAGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 AAGATGGGGGGCTCCTTCCTCATCTGCTCCAAGCTGAAGGCCCGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125242 AAGATGGGGGGCTCCTTCCTCATCTGCTCCAAGCTGAAGGCCCGCTTCCC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CTGCAAGGCCATGTTCGAGGAGGCCTACAGCAACTACTGCAAGAGGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125292 CTGCAAGGCCATGTTCGAGGAGGCCTACAGCAACTACTGCAAGAGGCAGG

   2050     .
   1934 CCCAGCAG
        ||||||||
 125342 CCCAGCAG