seq1 = pF1KE0993.tfa, 1935 bp
seq2 = pF1KE0993/gi568815595f_130929709.tfa (gi568815595f:130929709_131449773), 520065 bp

>pF1KE0993 1935
>gi568815595f:130929709_131449773 (Chr3)

1-170  (100001-100170)   100% ->
171-336  (150715-150880)   100% ->
337-455  (180095-180213)   100% ->
456-520  (203037-203101)   100% ->
521-647  (204122-204248)   100% ->
648-797  (222680-222829)   100% ->
798-876  (222923-223001)   100% ->
877-962  (225328-225413)   100% ->
963-1082  (232700-232819)   100% ->
1083-1176  (235718-235811)   100% ->
1177-1284  (239122-239229)   100% ->
1285-1399  (241065-241179)   100% ->
1400-1560  (298820-298980)   100% ->
1561-1621  (313728-313788)   100% ->
1622-1718  (343770-343866)   100% ->
1719-1935  (419849-420065)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAAATTCCAAGAGGCAGCTAAGTGTGTGAGTGGATCAACAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAAATTCCAAGAGGCAGCTAAGTGTGTGAGTGGATCAACAGCCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCCACTTATCCAAAGACCTTGATTGCAAGAAGATACGTGCTTCAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCCACTTATCCAAAGACCTTGATTGCAAGAAGATACGTGCTTCAACAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AACTTGGCAGTGGAAGTTTTGGAACTGTCTATCTGGTTTCAGACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AACTTGGCAGTGGAAGTTTTGGAACTGTCTATCTGGTTTCAGACAAGAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCAAACGAGGAGAGGAATT         AAAGGTACTTAAGGAAATATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100151 GCCAAACGAGGAGAGGAATTGTA...CAGAAAGGTACTTAAGGAAATATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTTGGAGAACTAAATCCAAATGAAACTGTACAGGCCAATTTGGAAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150736 TGTTGGAGAACTAAATCCAAATGAAACTGTACAGGCCAATTTGGAAGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AACTCCTCTCCAAGCTGGACCACCCAGCCATTGTCAAGTTCCATGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150786 AACTCCTCTCCAAGCTGGACCACCCAGCCATTGTCAAGTTCCATGCAAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTTGTGGAGCAAGATAATTTCTGCATTATCACGGAGTACTGTGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 150836 TTTGTGGAGCAAGATAATTTCTGCATTATCACGGAGTACTGTGAGGTG..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337     GGCCGAGATCTGGACGATAAAATTCAGGAATATAAACAAGCTGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150886 .CAGGGCCGAGATCTGGACGATAAAATTCAGGAATATAAACAAGCTGGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAATCTTTCCAGAAAATCAAATAATAGAATGGTTTATCCAGCTGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 180141 AAATCTTTCCAGAAAATCAAATAATAGAATGGTTTATCCAGCTGCTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGAGTTGACTACATGCATGAGAG         GAGGATACTTCATCGAGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 180191 GGAGTTGACTACATGCATGAGAGGTA...TAGGAGGATACTTCATCGAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTTAAAGTCAAAGAATGTATTTCTGAAAAATAATCTCCTTAAAATTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 203055 CTTAAAGTCAAAGAATGTATTTCTGAAAAATAATCTCCTTAAAATTGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GAGATTTTGGAGTTTCTCGACTTCTAATGGGATCCTGTGACCTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 203105 ...AAGGAGATTTTGGAGTTTCTCGACTTCTAATGGGATCCTGTGACCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCACAACTTTAACTGGAACTCCCCATTATATGAGTCCTGAGGCTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204166 GCCACAACTTTAACTGGAACTCCCCATTATATGAGTCCTGAGGCTCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 ACACCAAGGCTATGACACAAAGTCGGACATCTG         GTCACTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 204216 ACACCAAGGCTATGACACAAAGTCGGACATCTGGTG...CAGGTCACTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CATGCATTTTGTATGAGATGTGCTGCATGAATCATGCATTCGCTGGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222688 CATGCATTTTGTATGAGATGTGCTGCATGAATCATGCATTCGCTGGCTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATTTCTTATCCATTGTTTTAAAAATTGTTGAAGGTGACACACCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222738 AATTTCTTATCCATTGTTTTAAAAATTGTTGAAGGTGACACACCTTCTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCCTGAGAGATATCCAAAAGAACTAAATGCCATCATGGAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 222788 CCCTGAGAGATATCCAAAAGAACTAAATGCCATCATGGAAAGGTA...CA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    798  CATGTTGAACAAGAATCCTTCATTAAGACCATCTGCTATCGAAATTTTA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222922 GCATGTTGAACAAGAATCCTTCATTAAGACCATCTGCTATCGAAATTTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AAAATCCCTTACCTTGATGAGCAGCTACAG         AACCTAATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 222972 AAAATCCCTTACCTTGATGAGCAGCTACAGGTA...CAGAACCTAATGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TAGATATTCAGAAATGACTCTGGAAGACAAAAATTTGGATTGTCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 225339 TAGATATTCAGAAATGACTCTGGAAGACAAAAATTTGGATTGTCAGAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGCTGCTCATATAATTAATGCCAT         GCAAAAAAGGATCCAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 225389 AGGCTGCTCATATAATTAATGCCATGTA...TAGGCAAAAAAGGATCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CTGCAGACTCTGAGGGCACTGTCAGAAGTACAGAAAATGACGCCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232716 CTGCAGACTCTGAGGGCACTGTCAGAAGTACAGAAAATGACGCCAAGAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAGGATGCGGCTGAGGAAGCTCCAGGCGGCTGATGAGAAAGCCAGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232766 AAGGATGCGGCTGAGGAAGCTCCAGGCGGCTGATGAGAAAGCCAGGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAA         AAAGATTGTGGAAGAAAAATATGAAGAAAATAGCAAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232816 TGAAGTA...CAGAAAGATTGTGGAAGAAAAATATGAAGAAAATAGCAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 CGAATGCAAGAATTGAGATCTCGGAACTTTCAGCAGCTGAGTGTTGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235755 CGAATGCAAGAATTGAGATCTCGGAACTTTCAGCAGCTGAGTGTTGATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ACTCCAT         GAAAAAACACATTTAAAAGGAATGGAAGAAAAGG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 235805 ACTCCATGTA...TAGGAAAAAACACATTTAAAAGGAATGGAAGAAAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGGAGCAACCTGAGGGAAGACTTTCTTGTTCACCCCAGGACGAGGATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 239156 AGGAGCAACCTGAGGGAAGACTTTCTTGTTCACCCCAGGACGAGGATGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 GAGAGGTGGCAAGGCAGGGAAGAG         GAATCTGATGAACCAAC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 239206 GAGAGGTGGCAAGGCAGGGAAGAGGCA...AAGGAATCTGATGAACCAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 TTTAGAGAACCTGCCTGAGTCTCAGCCTATTCCTTCCATGGACCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241082 TTTAGAGAACCTGCCTGAGTCTCAGCCTATTCCTTCCATGGACCTCCACG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 AACTTGAATCAATTGTAGAGGATGCCACATCTGACCTTGGATACCATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 241132 AACTTGAATCAATTGTAGAGGATGCCACATCTGACCTTGGATACCATGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400        AGATCCCAGAAGACCCACTTGTGGCTGAAGAGTACTACGCTGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 241182 A...CAGAGATCCCAGAAGACCCACTTGTGGCTGAAGAGTACTACGCTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TGCATTTGATTCCTATTGTGAAGAGAGTGATGAGGAGGAAGAAGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298863 TGCATTTGATTCCTATTGTGAAGAGAGTGATGAGGAGGAAGAAGAAATAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 CGTTAGAAAGACCAGAGAAAGAAATCAGGAATGAGGGATCCCAGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 298913 CGTTAGAAAGACCAGAGAAAGAAATCAGGAATGAGGGATCCCAGCCTGCT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 TACAGAACAAACCAACAG         GACAGTGATATCGAAGCGTTGGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 298963 TACAGAACAAACCAACAGGTA...CAGGACAGTGATATCGAAGCGTTGGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAGGTGTTTGGAAAATGTCCTGGGTTGCACTTCTCTAG         ACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 313751 CAGGTGTTTGGAAAATGTCCTGGGTTGCACTTCTCTAGGTG...CAGACA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CAAAGACCATCACCACCATGGCTGAAGACATGTCCCCAGGACCACCAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 343773 CAAAGACCATCACCACCATGGCTGAAGACATGTCCCCAGGACCACCAATT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 TTCAACAGTGTGATGGCCAGGACCAAGATGAAACGCATGAGGGA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 343823 TTCAACAGTGTGATGGCCAGGACCAAGATGAAACGCATGAGGGAGTA...

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1719    ATCAGCCATGCAGAAGCTGGGGACAGAAGTATTTGAAGAGGTCTATA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419846 CAGATCAGCCATGCAGAAGCTGGGGACAGAAGTATTTGAAGAGGTCTATA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 ATTACCTCAAGAGAGCAAGGCATCAGAATGCTAGCGAAGCAGAGATCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419896 ATTACCTCAAGAGAGCAAGGCATCAGAATGCTAGCGAAGCAGAGATCCGC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GAGTGTTTGGAAAAAGTGGTGCCTCAAGCCAGCGACTGTTTTGAAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419946 GAGTGTTTGGAAAAAGTGGTGCCTCAAGCCAGCGACTGTTTTGAAGTGGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 CCAGCTCCTGTACTTTGAAGAGCAGTTGCTGATCACGATGGGAAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 419996 CCAGCTCCTGTACTTTGAAGAGCAGTTGCTGATCACGATGGGAAAAGAAC

   2050     .    :    .    :
   1916 CTACTCTCCAGAACCATCTC
        ||||||||||||||||||||
 420046 CTACTCTCCAGAACCATCTC