seq1 = pF1KE0992.tfa, 1893 bp
seq2 = pF1KE0992/gi568815594r_48037419.tfa (gi568815594r:48037419_48328614), 291196 bp

>pF1KE0992 1893
>gi568815594r:48037419_48328614 (Chr4)

(complement)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-243  (152429-152533)   100% ->
244-325  (157166-157247)   100% ->
326-454  (158239-158367)   100% ->
455-495  (159989-160029)   100% ->
496-671  (160662-160837)   100% ->
672-737  (164848-164913)   100% ->
738-792  (171881-171935)   100% ->
793-872  (177673-177752)   100% ->
873-1006  (178925-179058)   100% ->
1007-1081  (182216-182290)   100% ->
1082-1253  (183036-183207)   100% ->
1254-1470  (183320-183536)   100% ->
1471-1535  (187196-187260)   100% ->
1536-1654  (189593-189711)   100% ->
1655-1812  (189793-189950)   100% ->
1813-1893  (191116-191196)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTTTAACACTATTTTGGAGGAGATTCTTATTAAAAGGTCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATTTTAACACTATTTTGGAGGAGATTCTTATTAAAAGGTCACAGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAAAAGAAGACATCGCCCTTAAACTACAAAGAGAGACTTTTTGTACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAAAAGAAGACATCGCCCTTAAACTACAAAGAGAGACTTTTTGTACTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAAGTCCATGCTAACCTACTATGAGGGTCGAGCAGAG         AAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 CAAAGTCCATGCTAACCTACTATGAGGGTCGAGCAGAGGTA...CAGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAATACAGAAAGGGGTTTATTGATGTTTCAAAAATCAAGTGTGTGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152432 AAATACAGAAAGGGGTTTATTGATGTTTCAAAAATCAAGTGTGTGGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGTGAAGAATGATGATGGTGTCATTCCCTGTCAAAATAAGTATCCATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152482 AGTGAAGAATGATGATGGTGTCATTCCCTGTCAAAATAAGTATCCATTTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AG         GTTGTTCATGATGCTAACACACTTTACATTTTTGCACCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152532 AGGTG...TAGGTTGTTCATGATGCTAACACACTTTACATTTTTGCACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGTCCACAAAGCAGGGACCTGTGGGTGAAGAAGTTAAAAGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 157205 AGTCCACAAAGCAGGGACCTGTGGGTGAAGAAGTTAAAAGAAGGTA...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   AAATAAAGAACAACAATAATATTATGATTAAATATCATCCTAAATTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158237 AGAAATAAAGAACAACAATAATATTATGATTAAATATCATCCTAAATTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGACAGATGGAAGTTATCAGTGTTGTAGACAAACTGAAAAATTAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158287 GGACAGATGGAAGTTATCAGTGTTGTAGACAAACTGAAAAATTAGCACCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGATGTGAAAAATACAATCTTTTTGAGAGCA         GTATAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 158337 GGATGTGAAAAATACAATCTTTTTGAGAGCAGTA...CAGGTATAAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCACTACCTCCAGCACCAGAAACAAAGAAG         CGAAGGCCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 159999 AGCACTACCTCCAGCACCAGAAACAAAGAAGGTA...TAGCGAAGGCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCCACCAATTCCACTAGAAGAAGAAGATAATAGTGAAGAAATCGTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160672 CCCCACCAATTCCACTAGAAGAAGAAGATAATAGTGAAGAAATCGTTGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCCATGTATGATTTCCAAGCAGCAGAAGGACATGATCTCAGATTAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160722 GCCATGTATGATTTCCAAGCAGCAGAAGGACATGATCTCAGATTAGAGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGCCAAGAGTATCTCATTTTAGAAAAGAATGATGTTCATTGGTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160772 AGGCCAAGAGTATCTCATTTTAGAAAAGAATGATGTTCATTGGTGGAGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAAGAGATAAATATGG         GAATGAAGGATATATCCCAAGTAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 160822 CAAGAGATAAATATGGGTA...TAGGAATGAAGGATATATCCCAAGTAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TACGTAACGGGAAAGAAATCAAACAACTTAGATCAATATGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 164873 TACGTAACGGGAAAGAAATCAAACAACTTAGATCAATATGAGTA...CAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATGGTATTGCAGAAATATGAATAGAAGCAAGGCAGAGCAACTCCTCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171881 ATGGTATTGCAGAAATATGAATAGAAGCAAGGCAGAGCAACTCCTCCGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTGAA         GATAAAGAAGGTGGTTTTATGGTAAGGGATTCCAGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171931 GTGAAGTA...TAGGATAAAGAAGGTGGTTTTATGGTAAGGGATTCCAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAACCAGGCTTGTACACAGTCTCCCTTTATACCAAGTTTGGAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 177709 CAACCAGGCTTGTACACAGTCTCCCTTTATACCAAGTTTGGAGGGTG...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873    AGAAGGTTCATCGGGTTTTAGGCATTATCATATAAAGGAAACAACAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178922 TAGAGAAGGTTCATCGGGTTTTAGGCATTATCATATAAAGGAAACAACAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CATCTCCAAAGAAGTATTACCTAGCTGAAAAACATGCTTTTGGCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178972 CATCTCCAAAGAAGTATTACCTAGCTGAAAAACATGCTTTTGGCTCCATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CCTGAGATTATTGAATATCATAAGCACAATGCAGCAG         GACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 179022 CCTGAGATTATTGAATATCATAAGCACAATGCAGCAGGTA...TAGGACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 TGTCACCAGGCTTCGGTACCCAGTTAGTGTGAAAGGGAAGAATGCACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 182220 TGTCACCAGGCTTCGGTACCCAGTTAGTGTGAAAGGGAAGAATGCACCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 CCACTGCAGGATTCAGCTATG         AGAAATGGGAGATTAACCCT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 182270 CCACTGCAGGATTCAGCTATGGTA...CAGAGAAATGGGAGATTAACCCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 TCAGAACTGACCTTTATGAGGGAATTGGGAAGTGGACTGTTTGGAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183056 TCAGAACTGACCTTTATGAGGGAATTGGGAAGTGGACTGTTTGGAGTGGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAGGCTTGGCAAATGGCGAGCCCAGTACAAAGTCGCAATCAAAGCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183106 GAGGCTTGGCAAATGGCGAGCCCAGTACAAAGTCGCAATCAAAGCTATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 GGGAAGGTGCAATGTGCGAGGAGGACTTTATAGAAGAAGCTAAAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183156 GGGAAGGTGCAATGTGCGAGGAGGACTTTATAGAAGAAGCTAAAGTGATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AT         GAAACTGACACACCCGAAGTTAGTGCAGCTTTATGGTGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183206 ATGTA...CAGGAAACTGACACACCCGAAGTTAGTGCAGCTTTATGGTGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 GTGCACCCAGCAGAAACCAATATACATTGTTACTGAGTTCATGGAAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183359 GTGCACCCAGCAGAAACCAATATACATTGTTACTGAGTTCATGGAAAGGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GCTGCCTTCTGAATTTCCTCCGACAGAGACAAGGTCATTTCAGTAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183409 GCTGCCTTCTGAATTTCCTCCGACAGAGACAAGGTCATTTCAGTAGAGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 GTACTGCTGAGCATGTGTCAGGATGTGTGTGAAGGGATGGAGTATCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183459 GTACTGCTGAGCATGTGTCAGGATGTGTGTGAAGGGATGGAGTATCTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 GAGAAACAGCTTCATCCACAGAGATCTG         GCTGCCAGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 183509 GAGAAACAGCTTCATCCACAGAGATCTGGTA...CAGGCTGCCAGAAATT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 GTCTAGTAAGTGAGGCGGGAGTTGTAAAAGTATCTGATTTTGGAATGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187209 GTCTAGTAAGTGAGGCGGGAGTTGTAAAAGTATCTGATTTTGGAATGGCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 AG         GTATGTTCTGGATGATCAGTACACAAGTTCTTCTGGTGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187259 AGGTA...TAGGTATGTTCTGGATGATCAGTACACAAGTTCTTCTGGTGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 TAAGTTTCCTGTGAAGTGGTGTCCACCTGAAGTGTTTAATTACAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189632 TAAGTTTCCTGTGAAGTGGTGTCCACCTGAAGTGTTTAATTACAGCCGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 TCAGCAGCAAATCAGATGTCTGGTCATTTG         GTGTTTTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 189682 TCAGCAGCAAATCAGATGTCTGGTCATTTGGTA...CAGGTGTTTTAATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TGGGAAGTATTCACGGAAGGCAGAATGCCTTTTGAAAAATACACCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189804 TGGGAAGTATTCACGGAAGGCAGAATGCCTTTTGAAAAATACACCAATTA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 TGAAGTGGTAACCATGGTTACTCGAGGCCACCGACTCTACCAGCCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189854 TGAAGTGGTAACCATGGTTACTCGAGGCCACCGACTCTACCAGCCGAAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TGGCGTCCAACTATGTGTATGAGGTGATGCTGAGATGTTGGCAGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 189904 TGGCGTCCAACTATGTGTATGAGGTGATGCTGAGATGTTGGCAGGAGGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1813       AAACCAGAGGGAAGGCCTTCTTTCGAAGATCTGCTGCGCACAAT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 189954 ...TAGAAACCAGAGGGAAGGCCTTCTTTCGAAGATCTGCTGCGCACAAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .
   1857 AGATGAACTAGTTGAATGTGAAGAAACTTTTGGAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191160 AGATGAACTAGTTGAATGTGAAGAAACTTTTGGAAGA