seq1 = pF1KE0991.tfa, 1878 bp
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>pF1KE0991 1878
>gi568815589f:35505734_35709739 (Chr9)

1-219  (99887-100105)   100% ->
220-341  (100251-100372)   100% ->
342-390  (100504-100552)   100% ->
391-537  (101104-101250)   99% ->
538-620  (101594-101676)   100% ->
621-711  (101849-101939)   100% ->
712-795  (102195-102278)   100% ->
796-885  (102427-102516)   100% ->
886-1000  (102662-102776)   100% ->
1001-1878  (103129-104006)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGGGAACGGCCCCCACTGCGGGGCCCTGGGCCCGGGCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99887 ATGGCCGGGGAACGGCCCCCACTGCGGGGCCCTGGGCCCGGGCCTGGAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGCCGGGGGAGGGGCCCCCGGGGCCGGGGGGCACGGGCGGAGGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99937 GGTGCCGGGGGAGGGGCCCCCGGGGCCGGGGGGCACGGGCGGAGGCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCGGGGCCGCCCCTCCTCCTACCGGGCTCTCCGCAGCGCCGTGTCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99987 GCCGGGGCCGCCCCTCCTCCTACCGGGCTCTCCGCAGCGCCGTGTCTAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGGCGCGTGTGGACGATTTTCACTGCGCGGAGAAGATCGGGGCCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100037 CTGGCGCGTGTGGACGATTTTCACTGCGCGGAGAAGATCGGGGCCGGCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTCTCTGAGGTCTACAAG         GTTCGGCACCGACAGTCAGGGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100087 CTTCTCTGAGGTCTACAAGGTA...CAGGTTCGGCACCGACAGTCAGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGTCATGGTGCTGAAGATGAACAAGCTCCCCAGTAACCGGGGCAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 AAGTCATGGTGCTGAAGATGAACAAGCTCCCCAGTAACCGGGGCAACACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTACGGGAAGTGCAGCTGATGAACCGGCTCAGGCACCCCAACATCCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 CTACGGGAAGTGCAGCTGATGAACCGGCTCAGGCACCCCAACATCCTAAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342          GTTCATGGGAGTCTGTGTGCACCAGGGACAGCTGCACGCTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100373 GTG...CAGGTTCATGGGAGTCTGTGTGCACCAGGGACAGCTGCACGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACAGAG         TATATGAATGGGGGGACATTGGAACAGCTGCTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100545 TTACAGAGGTG...CAGTATATGAATGGGGGGACATTGGAACAGCTGCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCTCCCCTGAACCCCTATCCTGGCCGGTCAGGCTCCACCTGGCCCTGGA
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101137 AGCTCCCCTGAACCCCTGTCCTGGCCGGTCAGGCTCCACCTGGCCCTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTGCCCGAGGCCTGCGGTACCTGCACTCCAAAGGTGTATTTCACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101187 CATTGCCCGAGGCCTGCGGTACCTGCACTCCAAAGGTGTATTTCACCGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCTCACATCCAAG         AACTGTCTAGTCCGACGGGAAGATCGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101237 ACCTCACATCCAAGGTA...CAGAACTGTCTAGTCCGACGGGAAGATCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGCTTCACCGCTGTCGTGGGTGACTTCGGGCTGGCCGAAAAGATTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101621 GGCTTCACCGCTGTCGTGGGTGACTTCGGGCTGGCCGAAAAGATTCCTGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GTATAG         GGAGGGGGCAAGGAAGGAGCCATTGGCCGTGGTGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101671 GTATAGGTG...CAGGGAGGGGGCAAGGAAGGAGCCATTGGCCGTGGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GCTCCCCATACTGGATGGCTCCAGAGGTGTTACGGGGTGAGCTGTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 GCTCCCCATACTGGATGGCTCCAGAGGTGTTACGGGGTGAGCTGTATGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGAAG         GCTGATGTCTTTGCCTTCGGGATTGTCCTCTGTGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101934 GAGAAGGTG...CAGGCTGATGTCTTTGCCTTCGGGATTGTCCTCTGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTCATCGCCCGAGTACCTGCAGACCCTGACTACCTACCACGCACTGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 102230 GCTCATCGCCCGAGTACCTGCAGACCCTGACTACCTACCACGCACTGAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    796         GACTTTGGCCTGGATGTGCCTGCTTTCCGAACTCTGGTGGGG
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102280 TG...CAGGACTTTGGCCTGGATGTGCCTGCTTTCCGAACTCTGGTGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATGACTGCCCACTGCCTTTCTTGCTCCTGGCCATCCACTGCTGCAAC  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102469 GATGACTGCCCACTGCCTTTCTTGCTCCTGGCCATCCACTGCTGCAACGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    886        CTGGAACCCAGCACCCGTGCCCCCTTCACCGAAATTACCCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102519 A...CAGCTGGAACCCAGCACCCGTGCCCCCTTCACCGAAATTACCCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ACCTGGAATGGATCCTGGAGCAGCTGCCTGAGCCAGCCCCACTCACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102705 ACCTGGAATGGATCCTGGAGCAGCTGCCTGAGCCAGCCCCACTCACCAGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ACCGCCCTGACACACAATCAGG         GCTCTGTTGCAAGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 102755 ACCGCCCTGACACACAATCAGGGTA...CAGGCTCTGTTGCAAGAGGGGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TCCCTCTGCCACGCTTCCCAGGCCAGATCCCCGGCTTTCCCGAAGCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103148 TCCCTCTGCCACGCTTCCCAGGCCAGATCCCCGGCTTTCCCGAAGCCGGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CAGACCTCTTCCTGCCCCCATCACCAGAATCACCCCCCAACTGGGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103198 CAGACCTCTTCCTGCCCCCATCACCAGAATCACCCCCCAACTGGGGGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AATCTGACTCGAGTCAACCCCTTCTCACTACGGGAAGACCTCAGGGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103248 AATCTGACTCGAGTCAACCCCTTCTCACTACGGGAAGACCTCAGGGGTGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CAAGATCAAGCTCTTAGACACACCCAGCAAGCCAGTCCTGCCTCTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103298 CAAGATCAAGCTCTTAGACACACCCAGCAAGCCAGTCCTGCCTCTTGTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CACCATCACCATTCCCATCCACTCAGCTGCCCTTGGTGACCACTCCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103348 CACCATCACCATTCCCATCCACTCAGCTGCCCTTGGTGACCACTCCGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 ACCCTGGTCCAGCCTGGGACACCTGCCCGCCGCTGCCGCTCACTACCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103398 ACCCTGGTCCAGCCTGGGACACCTGCCCGCCGCTGCCGCTCACTACCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 ATCCCCCGAGCTCCCCCGCCGTATGGAGACAGCACTGCCAGGTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103448 ATCCCCCGAGCTCCCCCGCCGTATGGAGACAGCACTGCCAGGTCCTGGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CTCCCGCTGTGGGCCCCTCGGCTGAAGAGAAGATGGAGTGCGAGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103498 CTCCCGCTGTGGGCCCCTCGGCTGAAGAGAAGATGGAGTGCGAGGGCAGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 AGCCCTGAGCCGGAACCTCCAGGGCCAGCGCCCCAGCTGCCTCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103548 AGCCCTGAGCCGGAACCTCCAGGGCCAGCGCCCCAGCTGCCTCTGGCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GGCCACAGACAACTTCATCAGCACCTGTTCCTCGGCCTCCCAACCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103598 GGCCACAGACAACTTCATCAGCACCTGTTCCTCGGCCTCCCAACCCTGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CCCCTAGATCAGGACCCGTCCTCAATAACAATCCCCCAGCTGTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103648 CCCCTAGATCAGGACCCGTCCTCAATAACAATCCCCCAGCTGTGGTGGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AACTCCCCACAAGGCTGGGCTGGGGAGCCCTGGAACCGGGCCCAGCATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103698 AACTCCCCACAAGGCTGGGCTGGGGAGCCCTGGAACCGGGCCCAGCATAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CCTGCCCCGGGCGGCAGCCCTGGAGCGGACAGAACCCTCGCCACCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103748 CCTGCCCCGGGCGGCAGCCCTGGAGCGGACAGAACCCTCGCCACCCCCTT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGCTCCCCGGGAGCCCGATGAGGGGCTGCCCTGTCCTGGCTGCTGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103798 CAGCTCCCCGGGAGCCCGATGAGGGGCTGCCCTGTCCTGGCTGCTGCCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GGCCCCTTCAGCTTTGGCTTCCTGTCCATGTGCCCCCGCCCCACACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103848 GGCCCCTTCAGCTTTGGCTTCCTGTCCATGTGCCCCCGCCCCACACCAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TGTTGCCCGCTACCGCAACCTGAACTGTGAGGCGGGCAGTCTCCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103898 TGTTGCCCGCTACCGCAACCTGAACTGTGAGGCGGGCAGTCTCCTCTGCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 ACCGAGGGCACCACGCCAAGCCACCCACACCCAGCCTGCAGCTGCCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103948 ACCGAGGGCACCACGCCAAGCCACCCACACCCAGCCTGCAGCTGCCTGGG

   1950     .
   1870 GCACGCTCT
        |||||||||
 103998 GCACGCTCT