seq1 = pF1KE0990.tfa, 1875 bp
seq2 = pF1KE0990/gi568815595f_10064955.tfa (gi568815595f:10064955_10342225), 277271 bp

>pF1KE0990 1875
>gi568815595f:10064955_10342225 (Chr3)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-277  (112884-113066)   100% ->
278-424  (135415-135561)   100% ->
425-528  (144635-144738)   100% ->
529-723  (148253-148447)   100% ->
724-788  (148530-148594)   100% ->
789-903  (151980-152094)   100% ->
904-1013  (154726-154835)   100% ->
1014-1209  (157682-157877)   100% ->
1210-1272  (161417-161479)   100% ->
1273-1473  (169505-169705)   99% ->
1474-1765  (173794-174085)   100% ->
1766-1875  (177162-177271)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTGCTACATCTACCAGCTGCCCTCCTGGGTGCTGGACGACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTGCTACATCTACCAGCTGCCCTCCTGGGTGCTGGACGACCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGCAACATGGACGCGCTCAGCGAGTGGGACTGGATGGAGTTCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CCGCAACATGGACGCGCTCAGCGAGTGGGACTGGATGGAGTTCGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    CCTCCTACGTGATCACAGACCTGACCCAGCTGCGGAAGATCAAGTCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112881 CAGCCTCCTACGTGATCACAGACCTGACCCAGCTGCGGAAGATCAAGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGGAGCGGGTGCAGGGTGTGAGCATCACGCGGGAGCTGCTGTGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112931 ATGGAGCGGGTGCAGGGTGTGAGCATCACGCGGGAGCTGCTGTGGTGGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGGCATGCGGCAGGCCACCGTCCAGCAACTTGTGGACCTCCTGTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112981 GGGCATGCGGCAGGCCACCGTCCAGCAACTTGTGGACCTCCTGTGCCGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGAGCTCTACCGGGCTGCCCAGATCATCCTGAACT         GGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 113031 TGGAGCTCTACCGGGCTGCCCAGATCATCCTGAACTGTG...CAGGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCGGCTCCTGAAATCAGGTGTCCCATTCCAGCCTTCCCTGACTCTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135420 CCGGCTCCTGAAATCAGGTGTCCCATTCCAGCCTTCCCTGACTCTGTGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCAGAAAAGCCTTTGGCAGCTTCTGTAAGAAAGGCTGAGGATGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135470 GCCAGAAAAGCCTTTGGCAGCTTCTGTAAGAAAGGCTGAGGATGAACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGAGGGGCAGCCTGTGAGGATGGCCACCTTTCCAGGCCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 135520 AAGAGGGGCAGCCTGTGAGGATGGCCACCTTTCCAGGCCCAGGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425  GGTCCTCTCCAGCCAGAGCCCACCAGCCGGCCTTTCTCCAGCCTCCTGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144634 GGGTCCTCTCCAGCCAGAGCCCACCAGCCGGCCTTTCTCCAGCCTCCTGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGAAGATGCCCCTCATTCCTTGAGAAGCGACCTCCCCACTTCGTCTGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144684 AGAAGATGCCCCTCATTCCTTGAGAAGCGACCTCCCCACTTCGTCTGATT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAAAG         GACTTCAGCACCTCCATTCCTAAGCAGGAAAAACTT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144734 CAAAGGTA...CAGGACTTCAGCACCTCCATTCCTAAGCAGGAAAAACTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTGAGCTTGGCTGGAGACAGCCTTTTCTGGAGTGAGGCAGACGTGGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148289 TTGAGCTTGGCTGGAGACAGCCTTTTCTGGAGTGAGGCAGACGTGGTCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCAACCGATGACTTCAATCAAAACCGCAAAATCAGCCAGGGGACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148339 GGCAACCGATGACTTCAATCAAAACCGCAAAATCAGCCAGGGGACCTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGACGTCTACAGAGGGCACAGGCACGGGAAGCCATTCGTCTTCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148389 CTGACGTCTACAGAGGGCACAGGCACGGGAAGCCATTCGTCTTCAAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCAGAGAG         ACAGCCTGTTCAAGTCCAGGATCAATCGAAAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 148439 CTCAGAGAGGTG...CAGACAGCCTGTTCAAGTCCAGGATCAATCGAAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ATTCTTCCAGGCAGAGTTGCAGATTTGTCTTAG         ATGCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 148562 ATTCTTCCAGGCAGAGTTGCAGATTTGTCTTAGGTA...CAGATGCTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ACCCCAATGTCTTACCTGTGCTGGGCTTCTGTGCTGCAAGACAGTTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151988 ACCCCAATGTCTTACCTGTGCTGGGCTTCTGTGCTGCAAGACAGTTTCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGCTTCATCTACCCCTACATGGCAAATGGTTCCCTACAGGACAGACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152038 AGCTTCATCTACCCCTACATGGCAAATGGTTCCCTACAGGACAGACTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GGGTCAG         GGTGGCTCGGACCCCCTCCCCTGGCCCCAGCGTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152088 GGGTCAGGTA...TAGGGTGGCTCGGACCCCCTCCCCTGGCCCCAGCGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAGCATCTGCTCAGGGCTGCTCTGTGCCGTCGAGTACCTGCATGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154760 TCAGCATCTGCTCAGGGCTGCTCTGTGCCGTCGAGTACCTGCATGGTCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGATCATCCACAGCAACGTCAAGAG         CTCTAATGTCTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 154810 GAGATCATCCACAGCAACGTCAAGAGGTG...CAGCTCTAATGTCTTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGACCAAAATCTCACCCCCAAACTTGCTCACCCAATGGCTCATCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157697 GGACCAAAATCTCACCCCCAAACTTGCTCACCCAATGGCTCATCTGTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTGTCAACAAAAGGTCAAAATACACCATGATGAAGACTCACCTGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157747 CTGTCAACAAAAGGTCAAAATACACCATGATGAAGACTCACCTGCTCCGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACGTCAGCCGCGTATCTGCCAGAGGATTTCATCCGGGTGGGGCAGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157797 ACGTCAGCCGCGTATCTGCCAGAGGATTTCATCCGGGTGGGGCAGCTGAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAAGCGAGTGGACATCTTCAGCTGTGGAATA         GTGTTGGCCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 157847 AAAGCGAGTGGACATCTTCAGCTGTGGAATAGTA...CAGGTGTTGGCCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGTCCTCACGGGCATCCCTGCAATGGATAACAACCGAAGCCCGGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161427 AGGTCCTCACGGGCATCCCTGCAATGGATAACAACCGAAGCCCGGTTTAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CTG         AAGGACTTACTCCTCAGTGAAATTCCAAGCAGCACCGC
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 161477 CTGGTA...CAGAAGGACTTACTCCTCAGTGATATTCCAAGCAGCACCGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CTCGCTCTGCTCCAGGAAGACGGGCGTGGAGAACGTGATGGCAAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169543 CTCGCTCTGCTCCAGGAAGACGGGCGTGGAGAACGTGATGGCAAAGGAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TCTGCCAGAAGTACCTGGAGAAGGGCGCAGGGAGGCTTCCGGAGGACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169593 TCTGCCAGAAGTACCTGGAGAAGGGCGCAGGGAGGCTTCCGGAGGACTGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GCCGAGGCCCTGGCCACGGCTGCCTGCCTGTGCCTGCGGAGGCGTAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169643 GCCGAGGCCCTGGCCACGGCTGCCTGCCTGTGCCTGCGGAGGCGTAACAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 CAGCCTGCAGGAG         GTGTGTGGCTCTGTGGCTGCTGTGGAAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 169693 CAGCCTGCAGGAGGTG...AAGGTGTGTGGCTCTGTGGCTGCTGTGGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 AGCGGCTCCGAGGTCGGGAGACGTTGCTCCCTTGGAGTGGGCTTTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173822 AGCGGCTCCGAGGTCGGGAGACGTTGCTCCCTTGGAGTGGGCTTTCTGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 GGTACAGGCTCTTCTTCCAACACCCCAGAGGAAACAGACGACGTTGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173872 GGTACAGGCTCTTCTTCCAACACCCCAGAGGAAACAGACGACGTTGACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TTCCAGCCTTGATGCCTCCTCCTCCATGAGTGTGGCACCCTGGGCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173922 TTCCAGCCTTGATGCCTCCTCCTCCATGAGTGTGGCACCCTGGGCAGGGG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 CTGCCACCCCACTTCTCCCCACAGAGAATGGGGAAGGAAGGCTGCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173972 CTGCCACCCCACTTCTCCCCACAGAGAATGGGGAAGGAAGGCTGCGGGTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 ATCGTGGGAAGGGAGGCTGACTCCTCCTCTGAGGCCTGTGTTGGCCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174022 ATCGTGGGAAGGGAGGCTGACTCCTCCTCTGAGGCCTGTGTTGGCCTGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GCCTCCCCAGGATG         TTACAGAAACTTCGTGGCAAATTGAGA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 174072 GCCTCCCCAGGATGGTA...CAGTTACAGAAACTTCGTGGCAAATTGAGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TCAATGAGGCCAAAAGGAAACTGATGGAGAATATTCTGCTCTACAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177189 TCAATGAGGCCAAAAGGAAACTGATGGAGAATATTCTGCTCTACAAAGAG

   1950     .    :    .    :    .    :
   1843 GAAAAAGTGGACAGCATTGAGCTCTTTGGCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 177239 GAAAAAGTGGACAGCATTGAGCTCTTTGGCCCC