seq1 = pF1KE0989.tfa, 1869 bp
seq2 = pF1KE0989/gi568815592r_10664455.tfa (gi568815592r:10664455_10930648), 266194 bp

>pF1KE0989 1869
>gi568815592r:10664455_10930648 (Chr6)

(complement)

1-101  (100001-100101)   100% ->
102-156  (111709-111763)   100% ->
157-278  (112678-112799)   100% ->
279-358  (116926-117005)   100% ->
359-491  (121707-121839)   100% ->
492-663  (126758-126929)   100% ->
664-831  (128590-128757)   100% ->
832-1143  (134340-134651)   100% ->
1144-1316  (138802-138974)   100% ->
1317-1465  (146077-146225)   100% ->
1466-1597  (155190-155321)   100% ->
1598-1717  (160419-160538)   100% ->
1718-1869  (166043-166194)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCGATACACAACCATGAGACAGTTGGGGGACGGCACGTATGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCGATACACAACCATGAGACAGTTGGGGGACGGCACGTATGGGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCTTATGGGCAAGAGTAATGAATCCGGGGAGCTGGTGGCCATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGCTTATGGGCAAGAGTAATGAATCCGGGGAGCTGGTGGCCATCAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 G         GATGAAGAGAAAGTTCTATTCTTGGGATGAATGCATGAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTA...TAGGATGAAGAGAAAGTTCTATTCTTGGGATGAATGCATGAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGAGAGAAGTTAAG         TCTCTGAAGAAACTTAATCATGCCAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 111749 TTGAGAGAAGTTAAGGTA...CAGTCTCTGAAGAAACTTAATCATGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGTTATTAAATTGAAAGAAGTTATCAGAGAAAATGACCATCTTTATTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112704 TGTTATTAAATTGAAAGAAGTTATCAGAGAAAATGACCATCTTTATTTTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TATTTGAATATATGAAAGAAAACCTCTATCAATTAATGAAAGACAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112754 TATTTGAATATATGAAAGAAAACCTCTATCAATTAATGAAAGACAGGTA.

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    279      AAACAAGTTGTTCCCTGAATCAGTCATCAGAAATATTATGTATCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112804 ..CAGAAACAAGTTGTTCCCTGAATCAGTCATCAGAAATATTATGTATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATATTGCAAGGGCTGGCTTTTATCCATAAACATG         GCTTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 116971 AATATTGCAAGGGCTGGCTTTTATCCATAAACATGGTA...AAGGCTTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCATAGGGACATGAAACCAGAAAACTTGCTTTGTATGGGTCCAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121713 TTCATAGGGACATGAAACCAGAAAACTTGCTTTGTATGGGTCCAGAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTGAAAATTGCTGATTTTGGACTTGCAAGAGAATTAAGGTCACAGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121763 GTGAAAATTGCTGATTTTGGACTTGCAAGAGAATTAAGGTCACAGCCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATACACTGATTATGTATCTACCAGATG         GTATCGTGCCCCTG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 121813 ATACACTGATTATGTATCTACCAGATGGTG...TAGGTATCGTGCCCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGTTTTACTGAGATCTTCAGTTTATAGTTCTCCCATTGATGTGTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126772 AAGTTTTACTGAGATCTTCAGTTTATAGTTCTCCCATTGATGTGTGGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GTTGGAAGTATCATGGCTGAACTCTATATGTTAAGGCCACTTTTCCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126822 GTTGGAAGTATCATGGCTGAACTCTATATGTTAAGGCCACTTTTCCCAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GACAAGTGAGGTCGATGAAATCTTTAAAATTTGCCAAGTTTTAGGGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126872 GACAAGTGAGGTCGATGAAATCTTTAAAATTTGCCAAGTTTTAGGGACTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAAAAAA         AGTGACTGGCCAGAAGGATACCAGCTGGCATCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 126922 CCAAAAAAGTA...CAGAGTGACTGGCCAGAAGGATACCAGCTGGCATCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCTATGAACTTCCGTTTTCCCCAGTGTGTTCCTATAAACTTAAAAACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128623 TCTATGAACTTCCGTTTTCCCCAGTGTGTTCCTATAAACTTAAAAACTCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TATTCCCAATGCCAGTAATGAAGCTATTCAGCTCATGACCGAAATGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128673 TATTCCCAATGCCAGTAATGAAGCTATTCAGCTCATGACCGAAATGTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 ATTGGGATCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAG         GCATTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 128723 ATTGGGATCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAGGTA...TAGGCATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAACACCCATATTTTCAAGTTGGTCAGGTATTAGGCCCTTCGTCAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134346 AAACACCCATATTTTCAAGTTGGTCAGGTATTAGGCCCTTCGTCAAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TCTGGAATCAAAACAGTCTTTAAATAAGCAGCTGCAACCATTAGAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134396 TCTGGAATCAAAACAGTCTTTAAATAAGCAGCTGCAACCATTAGAATCAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCCATCTTTAGTTGAGGTAGAGCCTAAGCCTCTGCCGGATATAATCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134446 AGCCATCTTTAGTTGAGGTAGAGCCTAAGCCTCTGCCGGATATAATCGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGGTTGTTGGACAACCCCAGCCAAAAACTAGCCAGCAGCCACTGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134496 CAGGTTGTTGGACAACCCCAGCCAAAAACTAGCCAGCAGCCACTGCAGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CATTCAGCCGCCACAGAACCTGAGCGTCCAGCAACCTCCAAAGCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134546 CATTCAGCCGCCACAGAACCTGAGCGTCCAGCAACCTCCAAAGCAACAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTCAGGAGAAACCGCCACAAACGCTATTCCCGAGCATCGTCAAAAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134596 GTCAGGAGAAACCGCCACAAACGCTATTCCCGAGCATCGTCAAAAACATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CCAACT         AAGCCAAATGGCACACTGAGTCATAAAAGTGGTAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134646 CCAACTGTG...CAGAAGCCAAATGGCACACTGAGTCATAAAAGTGGTAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GAGGCGTTGGGGTCAGACTATCTTCAAGTCTGGAGATAGCTGGGAAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138837 GAGGCGTTGGGGTCAGACTATCTTCAAGTCTGGAGATAGCTGGGAAGAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGAGGACTATGATTTCGGAGCCTCCCATTCCAAGAAGCCAAGCATGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138887 TGGAGGACTATGATTTCGGAGCCTCCCATTCCAAGAAGCCAAGCATGGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GTTTTTAAAGAAAAAAGGAAAAAAGATTCTCCATTTCG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 138937 GTTTTTAAAGAAAAAAGGAAAAAAGATTCTCCATTTCGGTA...AAGGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCCAGAGCCAGTACCCTCAGGCTCCAACCACTCGACAGGGGAAAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146080 TCCAGAGCCAGTACCCTCAGGCTCCAACCACTCGACAGGGGAAAACAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCTTACCTGCTGTTACTTCCCTAAAATCTGATTCCGAATTGTCAACTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146130 GCTTACCTGCTGTTACTTCCCTAAAATCTGATTCCGAATTGTCAACTGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CCAACCTCTAAACAGTACTACTTGAAACAATCAAGATATCTTCCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 146180 CCAACCTCTAAACAGTACTACTTGAAACAATCAAGATATCTTCCAGGTA.

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466      GTGTGAATCCCAAGAAGGTGTCCTTGATAGCCAGTGGAAAGGAAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146230 ..CAGGTGTGAATCCCAAGAAGGTGTCCTTGATAGCCAGTGGAAAGGAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TAAACCCCCACACTTGGAGCAACCAGTTATTCCCCAAGTCACTGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155235 TAAACCCCCACACTTGGAGCAACCAGTTATTCCCCAAGTCACTGGGACCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GTTGGGGCAGAACTTGCTTTCAAAAGGAGCAATGCAG         GAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 155285 GTTGGGGCAGAACTTGCTTTCAAAAGGAGCAATGCAGGTA...TAGGAAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 TCTTGGAAGTTATGCTACTTACAATCAGTCAGGATATATTCCTTCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160423 TCTTGGAAGTTATGCTACTTACAATCAGTCAGGATATATTCCTTCCTTTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TCAAAAAAGAAGTGCAGTCAGCTGGCCAGAGGATCCACTTAGCACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160473 TCAAAAAAGAAGTGCAGTCAGCTGGCCAGAGGATCCACTTAGCACCTCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 AATGCAACGGCTTCAG         AATATACCTGGAACACAAAAACTGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 160523 AATGCAACGGCTTCAGGTA...CAGAATATACCTGGAACACAAAAACTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 TCGGGGGCAGTTTTCAGGACGTACTTATAATCCTACAGCAAAAAACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166068 TCGGGGGCAGTTTTCAGGACGTACTTATAATCCTACAGCAAAAAACCTAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 ATATTGTGAACCGTGCACAGCCCATTCCCTCAGTGCACGGGAGGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 166118 ATATTGTGAACCGTGCACAGCCCATTCCCTCAGTGCATGGGAGGACAGAC

   1950     .    :    .    :    .
   1843 TGGGTGGCCAAGTATGGAGGCCACCGG
        |||||||||||||||||||||||||||
 166168 TGGGTGGCCAAGTATGGAGGCCACCGG