seq1 = pF1KE0988.tfa, 1857 bp
seq2 = pF1KE0988/gi568815596f_97624037.tfa (gi568815596f:97624037_97839495), 215459 bp

>pF1KE0988 1857
>gi568815596f:97624037_97839495 (Chr2)

1-402  (100001-100402)   100% ->
403-563  (101056-101216)   100% ->
564-702  (108847-108985)   100% ->
703-790  (109089-109176)   100% ->
791-837  (109261-109307)   100% ->
838-889  (109508-109559)   100% ->
890-1082  (110484-110676)   100% ->
1083-1289  (111214-111420)   100% ->
1290-1482  (113437-113629)   100% ->
1483-1623  (113721-113861)   100% ->
1624-1736  (113959-114071)   100% ->
1737-1857  (115339-115459)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGACCCCGCGGCGCACCTGCCCTTCTTCTACGGCAGCATCTCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGACCCCGCGGCGCACCTGCCCTTCTTCTACGGCAGCATCTCGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCCGAGGCCGAGGAGCACCTGAAGCTGGCGGGCATGGCGGACGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCCGAGGCCGAGGAGCACCTGAAGCTGGCGGGCATGGCGGACGGGCTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCTGCTGCGCCAGTGCCTGCGCTCGCTGGGCGGCTATGTGCTGTCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCTGCTGCGCCAGTGCCTGCGCTCGCTGGGCGGCTATGTGCTGTCGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGCACGATGTGCGCTTCCACCACTTTCCCATCGAGCGCCAGCTCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGCACGATGTGCGCTTCCACCACTTTCCCATCGAGCGCCAGCTCAACGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACCTACGCCATTGCCGGCGGCAAAGCGCACTGTGGACCGGCAGAGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CACCTACGCCATTGCCGGCGGCAAAGCGCACTGTGGACCGGCAGAGCTCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCGAGTTCTACTCGCGCGACCCCGACGGGCTGCCCTGCAACCTGCGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCGAGTTCTACTCGCGCGACCCCGACGGGCTGCCCTGCAACCTGCGCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGTGCAACCGGCCGTCGGGCCTCGAGCCGCAGCCGGGGGTCTTCGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGTGCAACCGGCCGTCGGGCCTCGAGCCGCAGCCGGGGGTCTTCGACTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGCGAGACGCCATGGTGCGTGACTACGTGCGCCAGACGTGGAAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGCGAGACGCCATGGTGCGTGACTACGTGCGCCAGACGTGGAAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AG         GGCGAGGCCCTGGAGCAGGCCATCATCAGCCAGGCCCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGGTG...TAGGGCGAGGCCCTGGAGCAGGCCATCATCAGCCAGGCCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CAGGTGGAGAAGCTCATTGCTACGACGGCCCACGAGCGGATGCCCTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101095 CAGGTGGAGAAGCTCATTGCTACGACGGCCCACGAGCGGATGCCCTGGTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCACAGCAGCCTGACGCGTGAGGAGGCCGAGCGCAAACTTTACTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101145 CCACAGCAGCCTGACGCGTGAGGAGGCCGAGCGCAAACTTTACTCTGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGCAGACCGACGGCAAGTTCCT         GCTGAGGCCGCGGAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101195 CGCAGACCGACGGCAAGTTCCTGTA...CAGGCTGAGGCCGCGGAAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGGGCACATACGCCCTGTCCCTCATCTATGGGAAGACGGTGTACCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108866 CAGGGCACATACGCCCTGTCCCTCATCTATGGGAAGACGGTGTACCACTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCTCATCAGCCAAGACAAGGCGGGCAAGTACTGCATTCCCGAGGGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108916 CCTCATCAGCCAAGACAAGGCGGGCAAGTACTGCATTCCCGAGGGCACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGTTTGACACGCTCTGGCAG         CTGGTGGAGTATCTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 108966 AGTTTGACACGCTCTGGCAGGTA...CAGCTGGTGGAGTATCTGAAGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AAGGCGGACGGGCTCATCTACTGCCTGAAGGAGGCCTGCCCCAACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109110 AAGGCGGACGGGCTCATCTACTGCCTGAAGGAGGCCTGCCCCAACAGCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGCCAGCAACGCCTCAG         GGGCTGCTGCTCCCACACTCCCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 109160 TGCCAGCAACGCCTCAGGTG...CAGGGGCTGCTGCTCCCACACTCCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCACCCATCCACGTTGACTCAT         CCTCAGAGACGAATCGAC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 109285 CCCACCCATCCACGTTGACTCATGTG...TAGCCTCAGAGACGAATCGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACCCTCAACTCAGATGGATACACCCCTGAGCCAG         CACGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 109526 ACCCTCAACTCAGATGGATACACCCCTGAGCCAGGTG...CAGCACGCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AACGTCCCCAGACAAACCGCGGCCGATGCCCATGGACACGAGCGTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110491 AACGTCCCCAGACAAACCGCGGCCGATGCCCATGGACACGAGCGTGTATG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGAGCCCCTACAGCGACCCAGAGGAGCTCAAGGACAAGAAGCTCTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110541 AGAGCCCCTACAGCGACCCAGAGGAGCTCAAGGACAAGAAGCTCTTCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGCGCGATAACCTCCTCATAGCTGACATTGAACTTGGCTGCGGCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110591 AAGCGCGATAACCTCCTCATAGCTGACATTGAACTTGGCTGCGGCAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGCTCAGTGCGCCAGGGCGTGTACCGCATGCGCAA         GAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110641 TGGCTCAGTGCGCCAGGGCGTGTACCGCATGCGCAAGTA...CAGGAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AGATCGACGTGGCCATCAAGGTGCTGAAGCAGGGCACGGAGAAGGCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111219 AGATCGACGTGGCCATCAAGGTGCTGAAGCAGGGCACGGAGAAGGCAGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 ACGGAAGAGATGATGCGCGAGGCGCAGATCATGCACCAGCTGGACAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111269 ACGGAAGAGATGATGCGCGAGGCGCAGATCATGCACCAGCTGGACAACCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CTACATCGTGCGGCTCATTGGCGTCTGCCAGGCCGAGGCCCTCATGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111319 CTACATCGTGCGGCTCATTGGCGTCTGCCAGGCCGAGGCCCTCATGCTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCATGGAGATGGCTGGGGGCGGGCCGCTGCACAAGTTCCTGGTCGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111369 TCATGGAGATGGCTGGGGGCGGGCCGCTGCACAAGTTCCTGGTCGGCAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 AG         GGAGGAGATCCCTGTGAGCAATGTGGCCGAGCTGCTGCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111419 AGGTG...CAGGGAGGAGATCCCTGTGAGCAATGTGGCCGAGCTGCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CCAGGTGTCCATGGGGATGAAGTACCTGGAGGAGAAGAACTTTGTGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113476 CCAGGTGTCCATGGGGATGAAGTACCTGGAGGAGAAGAACTTTGTGCACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GTGACCTGGCGGCCCGCAACGTCCTGCTGGTTAACCGGCACTACGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113526 GTGACCTGGCGGCCCGCAACGTCCTGCTGGTTAACCGGCACTACGCCAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATCAGCGACTTTGGCCTCTCCAAAGCACTGGGTGCCGACGACAGCTACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113576 ATCAGCGACTTTGGCCTCTCCAAAGCACTGGGTGCCGACGACAGCTACTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 CACT         GCCCGCTCAGCAGGGAAGTGGCCGCTCAAGTGGTACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113626 CACTGTA...CAGGCCCGCTCAGCAGGGAAGTGGCCGCTCAAGTGGTACG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CACCCGAATGCATCAACTTCCGCAAGTTCTCCAGCCGCAGCGATGTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113758 CACCCGAATGCATCAACTTCCGCAAGTTCTCCAGCCGCAGCGATGTCTGG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AGCTATGGGGTCACCATGTGGGAGGCCTTGTCCTACGGCCAGAAGCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113808 AGCTATGGGGTCACCATGTGGGAGGCCTTGTCCTACGGCCAGAAGCCCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 CAAG         AAGATGAAAGGGCCGGAGGTCATGGCCTTCATCGAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113858 CAAGGCA...CAGAAGATGAAAGGGCCGGAGGTCATGGCCTTCATCGAGC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 AGGGCAAGCGGATGGAGTGCCCACCAGAGTGTCCACCCGAACTGTACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113996 AGGGCAAGCGGATGGAGTGCCCACCAGAGTGTCCACCCGAACTGTACGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 CTCATGAGTGACTGCTGGATCTACAA         GTGGGAGGATCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114046 CTCATGAGTGACTGCTGGATCTACAAGTG...CAGGTGGGAGGATCGCCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 CGACTTCCTGACCGTGGAGCAGCGCATGCGAGCCTGTTACTACAGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115354 CGACTTCCTGACCGTGGAGCAGCGCATGCGAGCCTGTTACTACAGCCTGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 CCAGCAAGGTGGAAGGGCCCCCAGGCAGCACACAGAAGGCTGAGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115404 CCAGCAAGGTGGAAGGGCCCCCAGGCAGCACACAGAAGGCTGAGGCTGCC

   1950     .
   1852 TGTGCC
        ||||||
 115454 TGTGCC