seq1 = pF1KE0987.tfa, 1848 bp
seq2 = pF1KE0987/gi568815579r_40279590.tfa (gi568815579r:40279590_40489902), 210313 bp

>pF1KE0987 1848
>gi568815579r:40279590_40489902 (Chr19)

(complement)

1-465  (100001-100465)   100% ->
466-822  (105764-106120)   100% ->
823-1668  (108735-109580)   100% ->
1669-1848  (110134-110313)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACCATCCAGTCGGAGACTGACTGCTACGACATCATCGAGGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCACCATCCAGTCGGAGACTGACTGCTACGACATCATCGAGGTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCAAGGGGACCTTCGGGGAGGTAGCCAAGGGCTGGCGGCGGAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCAAGGGGACCTTCGGGGAGGTAGCCAAGGGCTGGCGGCGGAGCACGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCGAGATGGTGGCCATCAAGATCCTCAAGAATGACGCCTACCGCAACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCGAGATGGTGGCCATCAAGATCCTCAAGAATGACGCCTACCGCAACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCATCAAGAACGAGCTGAAGCTGCTGCACTGCATGCGAGGCCTAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCATCAAGAACGAGCTGAAGCTGCTGCACTGCATGCGAGGCCTAGACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGAAGAGGCCCACGTCATCCGCTTCCTTGAGTTCTTCCATGACGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGAAGAGGCCCACGTCATCCGCTTCCTTGAGTTCTTCCATGACGCCCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGTTCTACCTGGTCTTTGAGCTGCTGGAGCAAAACCTTTTCGAGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGTTCTACCTGGTCTTTGAGCTGCTGGAGCAAAACCTTTTCGAGTTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AAGGAGAACAACTTCGCGCCCCTCCCCGCCCGCCACATCCGTACAGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AAGGAGAACAACTTCGCGCCCCTCCCCGCCCGCCACATCCGTACAGTCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGCAGGTGCTCACAGCCCTGGCCCGGCTCAAGGAGCTGGCTATCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CCTGCAGGTGCTCACAGCCCTGGCCCGGCTCAAGGAGCTGGCTATCATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGCTGATCTCAAGCCTGAGAACATCATGCTGGTGGACCAGACCCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGCTGATCTCAAGCCTGAGAACATCATGCTGGTGGACCAGACCCGCTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCCTTCAGGGTCAAG         GTGATTGACTTCGGATCCGCCAGCAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100451 CCCTTCAGGGTCAAGGTG...CAGGTGATTGACTTCGGATCCGCCAGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTCAGCGAGGTGCGCTACGTGAAGGAGCCATACATCCAGTCGCGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105790 TTTCAGCGAGGTGCGCTACGTGAAGGAGCCATACATCCAGTCGCGCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 ACCGGGCCCCTGAGATCCTGCTGGGGCTGCCCTTCTGCGAGAAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105840 ACCGGGCCCCTGAGATCCTGCTGGGGCTGCCCTTCTGCGAGAAGGTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GTGTGGTCCCTGGGCTGCGTCATGGCTGAGCTGCACCTGGGCTGGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105890 GTGTGGTCCCTGGGCTGCGTCATGGCTGAGCTGCACCTGGGCTGGCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTACCCCGGCAACAACGAGTACGACCAGGTGCGCTACATCTGCGAAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105940 CTACCCCGGCAACAACGAGTACGACCAGGTGCGCTACATCTGCGAAACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGGGCCTGCCCAAGCCACACCTGTTGCACGCCGCCTGCAAGGCCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105990 AGGGCCTGCCCAAGCCACACCTGTTGCACGCCGCCTGCAAGGCCCACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TTCTTCAAGCGCAACCCCCACCCTGACGCTGCCAACCCCTGGCAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106040 TTCTTCAAGCGCAACCCCCACCCTGACGCTGCCAACCCCTGGCAGCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GTCCTCGGCTGACTACCTGGCCGAGACGAAG         GTGCGCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106090 GTCCTCGGCTGACTACCTGGCCGAGACGAAGGTA...CAGGTGCGCCCAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGAGCGCCGCAAGTATATGCTCAAGTCGTTGGACCAGATTGAGACAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108745 TGGAGCGCCGCAAGTATATGCTCAAGTCGTTGGACCAGATTGAGACAGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AATGGTGGCAGTGTGGCCAGTCGGCTAACCTTCCCTGACCGGGAGGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108795 AATGGTGGCAGTGTGGCCAGTCGGCTAACCTTCCCTGACCGGGAGGCGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GGCGGAGCACGCCGACCTCAAGAGCATGGTGGAGCTGATCAAGCGCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108845 GGCGGAGCACGCCGACCTCAAGAGCATGGTGGAGCTGATCAAGCGCATGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TGACCTGGGAGTCACACGAACGCATCAGCCCCAGTGCTGCCCTGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108895 TGACCTGGGAGTCACACGAACGCATCAGCCCCAGTGCTGCCCTGCGCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CCCTTCGTGTCCATGCAGCAGCTGCGCAGTGCCCACGAGACCACCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108945 CCCTTCGTGTCCATGCAGCAGCTGCGCAGTGCCCACGAGACCACCCACTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CTACCAGCTCTCGCTGCGCAGCTACCGCCTCTCGCTGCAAGTGGAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108995 CTACCAGCTCTCGCTGCGCAGCTACCGCCTCTCGCTGCAAGTGGAGGGGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 AGCCCCCCACGCCCGTCGTGGCCGCAGAAGATGGGACCCCCTACTACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109045 AGCCCCCCACGCCCGTCGTGGCCGCAGAAGATGGGACCCCCTACTACTGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CTGGCTGAGGAGAAGGAGGCTGCGGGTATGGGCAGTGTGGCCGGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109095 CTGGCTGAGGAGAAGGAGGCTGCGGGTATGGGCAGTGTGGCCGGCAGCAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 CCCCTTCTTCCGAGAGGAGAAGGCACCAGGTATGCAAAGAGCCATCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109145 CCCCTTCTTCCGAGAGGAGAAGGCACCAGGTATGCAAAGAGCCATCGACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AGCTGGATGACCTGAGTCTGCAGGAGGCTGGGCATGGGCTGTGGGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109195 AGCTGGATGACCTGAGTCTGCAGGAGGCTGGGCATGGGCTGTGGGGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 ACCTGCACCAATGCGGTCTCCGACATGATGGTCCCCCTCAAGGCAGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109245 ACCTGCACCAATGCGGTCTCCGACATGATGGTCCCCCTCAAGGCAGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 CACTGGCCACCATGTGCCCGACTCGGGCCCTGAGCCCATCCTGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109295 CACTGGCCACCATGTGCCCGACTCGGGCCCTGAGCCCATCCTGGCCTTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACAGCAGCCGCCTGGCAGGCCGCCACAAGGCCCGCAAGCCACCTGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109345 ACAGCAGCCGCCTGGCAGGCCGCCACAAGGCCCGCAAGCCACCTGCGGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 TCCAAGTCCGACTCCAACTTCAGCAACCTCATTCGGCTGAGCCAGGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109395 TCCAAGTCCGACTCCAACTTCAGCAACCTCATTCGGCTGAGCCAGGTCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 GCCTGAGGATGACAGGCCCTGCCGGGGCAGCAGCTGGGAGGAAGGAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109445 GCCTGAGGATGACAGGCCCTGCCGGGGCAGCAGCTGGGAGGAAGGAGAGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 ATCTCGGGGCCTCTGCTGAGCCACTGGCCATCCTGCAGCGAGATGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109495 ATCTCGGGGCCTCTGCTGAGCCACTGGCCATCCTGCAGCGAGATGAGGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GGGCCCAACATTGACAACATGACCATGGAAGCTGAG         AGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 109545 GGGCCCAACATTGACAACATGACCATGGAAGCTGAGGTG...CAGAGGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1674 AGACCCTGAGCTCTTCGACCCCAGCAGCTGTCCTGGAGAATGGCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110139 AGACCCTGAGCTCTTCGACCCCAGCAGCTGTCCTGGAGAATGGCTGAGTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1724 AGCCAGACTGCACCCTGGAGAGCGTCAGGGGCCCACGGGCTCAGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110189 AGCCAGACTGCACCCTGGAGAGCGTCAGGGGCCCACGGGCTCAGGGGCTC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1774 CCACCCCGCCGCTCCCACCAGCATGGTCCACCCCGGGGGGCCACCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110239 CCACCCCGCCGCTCCCACCAGCATGGTCCACCCCGGGGGGCCACCAGCTT

   1850     .    :    .    :    .
   1824 CCTCCAGCATGTCACCGGGCACCAC
        |||||||||||||||||||||||||
 110289 CCTCCAGCATGTCACCGGGCACCAC