seq1 = pF1KE0986.tfa, 1803 bp
seq2 = pF1KE0986/gi568815586f_67549134.tfa (gi568815586f:67549134_67758710), 209577 bp

>pF1KE0986 1803
>gi568815586f:67549134_67758710 (Chr12)

1-49  (100001-100049)   100% ->
50-198  (100664-100812)   100% ->
199-1803  (107973-109577)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTAACCAGGAAACCTTCGGCCGCCGCTCCCGCCGCCTACCCGACCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100001 ATGTTAACCAGGAAACCTTCGGCCGCCGCTCCCGCCGCCTACCCGACCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50         GCCGAGGTGGGGACAGCGCCGTTCGTCAGCTTCAGGCTTCCC
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TA...CAGGCCGAGGTGGGGACAGCGCCGTTCGTCAGCTTCAGGCTTCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGGGCTCGGTGCAGGGGCCACCCGGAGCGGAGTGGGGACTGGCCCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100706 CGGGGCTCGGTGCAGGGGCCACCCGGAGCGGAGTGGGGACTGGCCCGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCCCCCATCGCCCTGCCGCCTCTCCGGGCCAGCAACGCTGCCGCCGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 TCCCCCATCGCCCTGCCGCCTCTCCGGGCCAGCAACGCTGCCGCCGCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCACACG         ATTGGCGGCAGTAAGCACACAATGAATGATCACC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 CCACACGGTG...CAGATTGGCGGCAGTAAGCACACAATGAATGATCACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCATGTCGGCAGCCACGCTCACGGACAGATCCAGGTTCAACAGTTGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108007 TGCATGTCGGCAGCCACGCTCACGGACAGATCCAGGTTCAACAGTTGTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGATAACAGTAACAAGCGGACAGTGCTCACGACACAACCAAATGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108057 GAGGATAACAGTAACAAGCGGACAGTGCTCACGACACAACCAAATGGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TACAACAGTGGGCAAAACGGGCTTGCCAGTGGTGCCAGAGCGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108107 TACAACAGTGGGCAAAACGGGCTTGCCAGTGGTGCCAGAGCGGCAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGCATTCATAGACGGCAGGGGAGCTCCACCTCTCTAAAGTCCATGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108157 ACAGCATTCATAGACGGCAGGGGAGCTCCACCTCTCTAAAGTCCATGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCATGGGGAAGGTGAAAGCCACCCCCATGACACCTGAACAAGCAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108207 GGCATGGGGAAGGTGAAAGCCACCCCCATGACACCTGAACAAGCAATGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCAATACATGCAAAAACTCACAGCCTTCGAACACCATGAGATTTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108257 GCAATACATGCAAAAACTCACAGCCTTCGAACACCATGAGATTTTCAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACCCTGAAATATATTTCTTGGGTCTAAATGCTAAGAAGCGCCAGGGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108307 ACCCTGAAATATATTTCTTGGGTCTAAATGCTAAGAAGCGCCAGGGCATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ACAGGTGGGCCCAACAATGGTGGCTATGATGATGACCAGGGATCATATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108357 ACAGGTGGGCCCAACAATGGTGGCTATGATGATGACCAGGGATCATATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCAGGTGCCCCACGATCACGTGGCTTACAGGTATGAGGTCCTCAAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108407 GCAGGTGCCCCACGATCACGTGGCTTACAGGTATGAGGTCCTCAAGGTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGGGAAGGGGAGCTTTGGGCAGGTGGTCAAGGCCTACGATCACAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108457 TTGGGAAGGGGAGCTTTGGGCAGGTGGTCAAGGCCTACGATCACAAAGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CACCAGCACGTGGCCCTAAAGATGGTGCGGAATGAGAAGCGCTTCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108507 CACCAGCACGTGGCCCTAAAGATGGTGCGGAATGAGAAGCGCTTCCACCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCAAGCAGCGGAGGAGATCCGAATCCTGGAACACCTGCGGAAGCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108557 GCAAGCAGCGGAGGAGATCCGAATCCTGGAACACCTGCGGAAGCAGGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 AGGATAACACAATGAATGTCATCCATATGCTGGAGAATTTCACCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108607 AGGATAACACAATGAATGTCATCCATATGCTGGAGAATTTCACCTTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AACCACATCTGCATGACGTTTGAGCTGCTGAGCATGAACCTCTATGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108657 AACCACATCTGCATGACGTTTGAGCTGCTGAGCATGAACCTCTATGAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CATCAAGAAGAATAAATTCCAGGGCTTCAGTCTGCCTTTGGTTCGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108707 CATCAAGAAGAATAAATTCCAGGGCTTCAGTCTGCCTTTGGTTCGCAAGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTGCCCACTCGATTCTGCAGTGCTTGGATGCTTTGCACAAAAACAGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108757 TTGCCCACTCGATTCTGCAGTGCTTGGATGCTTTGCACAAAAACAGAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATTCACTGTGACCTTAAGCCCGAGAACATTTTGTTAAAGCAGCAGGGTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108807 ATTCACTGTGACCTTAAGCCCGAGAACATTTTGTTAAAGCAGCAGGGTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAGCGGTATTAAAGTAATTGATTTTGGCTCCAGTTGTTACGAGCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108857 AAGCGGTATTAAAGTAATTGATTTTGGCTCCAGTTGTTACGAGCATCAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGTCTACACGTACATCCAGTCGCGTTTTTACCGGGCTCCAGAAGTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108907 GTGTCTACACGTACATCCAGTCGCGTTTTTACCGGGCTCCAGAAGTGATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 CTTGGGGCCAGGTATGGCATGCCCATTGATATGTGGAGCCTGGGCTGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108957 CTTGGGGCCAGGTATGGCATGCCCATTGATATGTGGAGCCTGGGCTGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 TTTAGCAGAGCTCCTGACGGGTTACCCCCTCTTGCCTGGGGAAGATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109007 TTTAGCAGAGCTCCTGACGGGTTACCCCCTCTTGCCTGGGGAAGATGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 GGGACCAGCTGGCCTGTATGATTGAACTGTTGGGCATGCCCTCACAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109057 GGGACCAGCTGGCCTGTATGATTGAACTGTTGGGCATGCCCTCACAGAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 CTGCTGGATGCATCCAAACGAGCCAAAAATTTTGTGAGCTCCAAGGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109107 CTGCTGGATGCATCCAAACGAGCCAAAAATTTTGTGAGCTCCAAGGGTTA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1383 TCCCCGTTACTGCACTGTCACGACTCTCTCAGATGGCTCTGTGGTCCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109157 TCCCCGTTACTGCACTGTCACGACTCTCTCAGATGGCTCTGTGGTCCTAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1433 ACGGAGGCCGTTCCCGGAGGGGGAAACTGAGGGGCCCACCGGAGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109207 ACGGAGGCCGTTCCCGGAGGGGGAAACTGAGGGGCCCACCGGAGAGCAGA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1483 GAGTGGGGTAACGCGCTGAAGGGGTGTGATGATCCCCTTTTCCTTGACTT
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109257 GAGTGGGGGAACGCGCTGAAGGGGTGTGATGATCCCCTTTTCCTTGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1533 CTTAAAACAGTGTTTAGAGTGGGATCCTGCAGTGCGCATGACCCCAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109307 CTTAAAACAGTGTTTAGAGTGGGATCCTGCAGTGCGCATGACCCCAGGCC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1583 AGGCTTTGCGGCACCCCTGGCTGAGGAGGCGGTTGCCAAAGCCTCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109357 AGGCTTTGCGGCACCCCTGGCTGAGGAGGCGGTTGCCAAAGCCTCCCACC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1633 GGGGAGAAAACGTCAGTGAAAAGGATAACTGAGAGCACCGGTGCTATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109407 GGGGAGAAAACGTCAGTGAAAAGGATAACTGAGAGCACCGGTGCTATCAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1683 ATCTATATCCAAGTTACCTCCACCTTCTAGCTCAGCTTCCAAACTGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109457 ATCTATATCCAAGTTACCTCCACCTTCTAGCTCAGCTTCCAAACTGAGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1733 CTAATTTGGCGCAGATGACAGATGCCAATGGGAATATTCAGCAGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109507 CTAATTTGGCGCAGATGACAGATGCCAATGGGAATATTCAGCAGAGGACA

   1800     .    :    .    :
   1783 GTGTTGCCAAAACTTGTTAGC
        |||||||||||||||||||||
 109557 GTGTTGCCAAAACTTGTTAGC