seq1 = pF1KE0985.tfa, 1788 bp
seq2 = pF1KE0985/gi568815578f_31719581.tfa (gi568815578f:31719581_31933794), 214214 bp

>pF1KE0985 1788
>gi568815578f:31719581_31933794 (Chr20)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-473  (100546-100966)   100% ->
474-772  (101859-102157)   100% ->
773-878  (103897-104002)   100% ->
879-972  (104679-104772)   100% ->
973-1082  (107025-107134)   100% ->
1083-1224  (107217-107358)   100% ->
1225-1295  (111239-111309)   100% ->
1296-1424  (111433-111561)   100% ->
1425-1577  (112123-112275)   100% ->
1578-1710  (112424-112556)   100% ->
1711-1788  (114137-114214)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACAGAAAATGGAGCAGTTGAGCTGGGAATTCAGAACCCATCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGACAGAAAATGGAGCAGTTGAGCTGGGAATTCAGAACCCATCAAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         ACAAGGCACCTAAAGGTCCCACAGGTGAAAGACCCCTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGACAAGGCACCTAAAGGTCCCACAGGTGAAAGACCCCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGCAGGGAAAGACCCTGGCCCCCCAGACCCAAAGAAAGCTCCGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100585 CTGCAGGGAAAGACCCTGGCCCCCCAGACCCAAAGAAAGCTCCGGATCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCACCCTGAAGAAAGATGCCAAAGCCCCTGCCTCAGAGAAAGGGGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100635 CCCACCCTGAAGAAAGATGCCAAAGCCCCTGCCTCAGAGAAAGGGGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACCCTGGCCCAACCCTCAACTAGCAGCCAAGGCCCCAAAGGAGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100685 TACCCTGGCCCAACCCTCAACTAGCAGCCAAGGCCCCAAAGGAGAGGGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGGGGCGGGGGGCCCGCGGAGGGCAGTGCTGGGCCCCCGGCAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100735 ACAGGGGCGGGGGGCCCGCGGAGGGCAGTGCTGGGCCCCCGGCAGCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCCAGCAGACTGCGACACCTGAGACCAGCGTCAAGAAGCCCAAGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100785 CCCCAGCAGACTGCGACACCTGAGACCAGCGTCAAGAAGCCCAAGGCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGGGAGCCTCAGGCAGCCAGGATCCTGGAAAGCCCAGGGTGGGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100835 GCAGGGAGCCTCAGGCAGCCAGGATCCTGGAAAGCCCAGGGTGGGCAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGGCAGCAGAGGGCCAAGCAGCAGCCAGGAGGGGCTCACCTGCCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100885 AGGCAGCAGAGGGCCAAGCAGCAGCCAGGAGGGGCTCACCTGCCTTTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CATAGCCCCAGCTGTCCTGCCATCATCTCCAG         TTCTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100935 CATAGCCCCAGCTGTCCTGCCATCATCTCCAGGTG...TAGTTCTGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGCTGGCCAAGAAGCCCCCAAGCGAGGCATCAGAGCTCACCTTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101868 GCTGCTGGCCAAGAAGCCCCCAAGCGAGGCATCAGAGCTCACCTTTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGGTGCCCATGACCCACAGCCCCACGGATCCCAGGCCAGCCAAGGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101918 GGGTGCCCATGACCCACAGCCCCACGGATCCCAGGCCAGCCAAGGCAGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAAGGAAAGAACATCCTGGCAGAGAGCCAGAAGGAAGTGGGAGAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 GAAGGAAAGAACATCCTGGCAGAGAGCCAGAAGGAAGTGGGAGAGAAAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CCCAGGCCAGGCTGGCCAGGCTAAGATGCAAGGGGACACCTCGAGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CCCAGGCCAGGCTGGCCAGGCTAAGATGCAAGGGGACACCTCGAGGGGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGAGTTCCAGGCTGTTCCCTCAGAGAAATCCGAGGTGGGGCAGGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 TTGAGTTCCAGGCTGTTCCCTCAGAGAAATCCGAGGTGGGGCAGGCCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGTCTCACAGCCAGGGAGGAGGACTGCTTCCAGATTTTGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102118 TGTCTCACAGCCAGGGAGGAGGACTGCTTCCAGATTTTGGGTA...CAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGATTGCCCGCCACCTCCGGCCCCCTTCCCTCACCGCATGGTGGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103898 TGATTGCCCGCCACCTCCGGCCCCCTTCCCTCACCGCATGGTGGAGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGACCGGGAATGTCAGCAGTGAATTCAGTATGAACTCCAAGGAGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103948 GGACCGGGAATGTCAGCAGTGAATTCAGTATGAACTCCAAGGAGGCGCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GGAGG         TGGCAAGTTTGGGGCAGTCTGTACCTGCATGGAGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103998 GGAGGGTG...CAGTGGCAAGTTTGGGGCAGTCTGTACCTGCATGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGCCACAGGCCTCAAGCTGGCAGCCAAGGTCATCAAGAAACAGACTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104715 AGCCACAGGCCTCAAGCTGGCAGCCAAGGTCATCAAGAAACAGACTCCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AAGACAAG         GAAATGGTGTTGCTGGAGATTGAGGTCATGAAC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104765 AAGACAAGGTA...CAGGAAATGGTGTTGCTGGAGATTGAGGTCATGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGCTGAACCACCGCAATCTGATCCAGCTGTATGCAGCCATCGAGACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107058 CAGCTGAACCACCGCAATCTGATCCAGCTGTATGCAGCCATCGAGACTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GCATGAGATCGTCCTGTTCATGGAGTA         CATCGAGGGCGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 107108 GCATGAGATCGTCCTGTTCATGGAGTAGTG...CAGCATCGAGGGCGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AGCTCTTCGAGAGGATTGTGGATGAGGACTACCATCTGACCGAGGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107231 AGCTCTTCGAGAGGATTGTGGATGAGGACTACCATCTGACCGAGGTGGAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACCATGGTGTTTGTCAGGCAGATCTGTGACGGGATCCTCTTCATGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107281 ACCATGGTGTTTGTCAGGCAGATCTGTGACGGGATCCTCTTCATGCACAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 GATGAGGGTTTTGCACCTGGACCTCAAG         CCAGAGAACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 107331 GATGAGGGTTTTGCACCTGGACCTCAAGGTA...CAGCCAGAGAACATCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TGTGTGTCAACACCACCGGGCATTTGGTGAAGATCATTGACTTTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111252 TGTGTGTCAACACCACCGGGCATTTGGTGAAGATCATTGACTTTGGCCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCACGGAG         GTATAACCCCAACGAGAAGCTGAAGGTGAACTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111302 GCACGGAGGTA...CAGGTATAACCCCAACGAGAAGCTGAAGGTGAACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 TGGGACCCCAGAGTTCCTGTCACCTGAGGTGGTGAATTATGACCAAATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111466 TGGGACCCCAGAGTTCCTGTCACCTGAGGTGGTGAATTATGACCAAATCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CCGATAAGACAGACATGTGGAGTATGGGGGTGATCACCTACATGCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 111516 CCGATAAGACAGACATGTGGAGTATGGGGGTGATCACCTACATGCTGTG.

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1425      GCTGAGCGGCCTCTCCCCCTTCCTGGGAGATGATGACACAGAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111566 ..TAGGCTGAGCGGCCTCTCCCCCTTCCTGGGAGATGATGACACAGAGAC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTAAACAACGTTCTATCTGGCAACTGGTACTTTGATGAAGAGACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112168 CCTAAACAACGTTCTATCTGGCAACTGGTACTTTGATGAAGAGACCTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AGGCCGTATCAGACGAGGCCAAAGACTTTGTCTCCAACCTCATCGTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112218 AGGCCGTATCAGACGAGGCCAAAGACTTTGTCTCCAACCTCATCGTCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GACCAGAG         GGCCCGGATGAACGCTGCCCAGTGTCTCGCCCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 112268 GACCAGAGGTG...CAGGGCCCGGATGAACGCTGCCCAGTGTCTCGCCCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TCCCTGGCTCAACAACCTGGCGGAGAAAGCCAAACGCTGTAACCGACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112457 TCCCTGGCTCAACAACCTGGCGGAGAAAGCCAAACGCTGTAACCGACGCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTAAGTCCCAGATCTTGCTTAAGAAATACCTCATGAAGAGGCGCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112507 TTAAGTCCCAGATCTTGCTTAAGAAATACCTCATGAAGAGGCGCTGGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711          AAAAACTTCATTGCTGTCAGCGCTGCCAACCGCTTCAAGAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112557 GTA...TAGAAAAACTTCATTGCTGTCAGCGCTGCCAACCGCTTCAAGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .
   1752 GATCAGCAGCTCGGGGGCACTGATGGCTCTGGGGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114178 GATCAGCAGCTCGGGGGCACTGATGGCTCTGGGGGTC